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万見
- PDB-4mbr: 3.65 Angstrom Crystal Structure of Serine-rich Repeat Protein (Sr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4mbr
タイトル3.65 Angstrom Crystal Structure of Serine-rich Repeat Protein (Srr2) from Streptococcus agalactiae
要素Serine-rich repeat protein 2
キーワードPROTEIN BINDING / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID / serine-rich repeat protein / Srr2 / Fibrinogen Binding Glycoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / cell adhesion / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Immunoglobulin-like - #1290 / Immunoglobulin-like - #1280 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / KxYKxGKxW signal peptide / Adhesion domain superfamily / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like ...Immunoglobulin-like - #1290 / Immunoglobulin-like - #1280 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Fibrogen-binding domain 1 / KxYKxGKxW signal peptide / Adhesion domain superfamily / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine-rich repeat protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Streptococcus agalactiae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.65 Å
データ登録者Minasov, G. / Shuvalova, L. / Dubrovska, I. / Winsor, J. / Seo, H.S. / Seepersaud, R. / Doran, K.S. / Iverson, T.M. / Sullam, P.M. / Anderson, W.F. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2013
タイトル: Characterization of Fibrinogen Binding by Glycoproteins Srr1 and Srr2 of Streptococcus agalactiae.
著者: Seo, H.S. / Minasov, G. / Seepersaud, R. / Doran, K.S. / Dubrovska, I. / Shuvalova, L. / Anderson, W.F. / Iverson, T.M. / Sullam, P.M.
履歴
登録2013年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月13日Group: Database references
改定 1.22014年1月1日Group: Database references
改定 1.32017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine-rich repeat protein 2


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4811
ポリマ－38,4811
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.598, 97.598, 173.269
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 Serine-rich repeat protein 2


分子量: 38481.359 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 213-548 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptococcus agalactiae (バクテリア)
プラスミド: pET 28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q49RA6

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 5.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 77.06 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: Protein: 7.5mg/mL, 0.25M Sodium cloride, 0.01M Tris-HCl, pH 8.3. Screen: Trap96 (A11), 5M Sodium cloride. Cryo: 4M Sodium formate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年8月13日 / 詳細: Beryllium lenses
放射モノクロメーター: Diamond / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.65→30 Å / Num. all: 9911 / Num. obs: 9911 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 41
反射 シェル解像度: 3.65→3.71 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 0.69 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique all: 480 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Blu-IceMaxデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.8.0046精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 4MBO

4mbo


解像度: 3.65→29.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 57.052 / SU ML: 0.373
Isotropic thermal model: Thermal Factors Individually Refined
交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.461 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24073 471 4.8 %RANDOM
Rwork0.21336 ---
obs0.21465 9353 99.63 %-
all-9353 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 195.612 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.67 Å2-0 Å20 Å2
2---1.67 Å2-0 Å2
3---3.35 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.65→29.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2488 0 0 0 2488
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.022533
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022318
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7241.9423439
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85535361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg1.1985315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg12.12226.311122
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg6.4315438
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg5.406155
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2390
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0190.022911
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0170.02556
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.84512.551263
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other7.83612.5511262
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.95718.8461577
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other11.95718.8461578
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it9.37313.1031270
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other9.36913.1041271
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.20719.4271863
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined18.1223068
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other18.1253069
LS精密化 シェル解像度: 3.65→3.744 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.37 36 -
Rwork0.301 667 -
obs-667 100 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.34071.9932-1.39028.8099-2.12441.0677-0.5302-0.65980.29210.6861-0.0308-1.3395-0.14150.80660.5611.0932-0.0712-0.31551.48070.36190.857850.3826.145418.2189
26.8552-5.2363-3.553910.33392.55185.0881-0.4167-0.17120.3210.4282-0.47350.0424-0.12130.70960.89030.8206-0.0303-0.13640.55720.34180.460442.09368.389318.4931
36.36134.4934-0.97216.7062-2.44571.5976-0.6989-0.26490.0606-0.26240.0794-1.3142-0.09061.0970.61950.76820.0405-0.17711.03040.35050.315747.79074.350816.8094
410.78315.0756-3.24964.7408-1.38364.51410.0737-0.03310.0874-0.7595-0.4569-0.17970.09730.46290.38320.71050.43050.04080.44730.17590.161428.6562-18.753327.5507
55.5051-0.1642-1.86157.24230.01626.07280.39040.72680.9029-1.4364-0.39780.5894-0.2955-0.19810.00740.73960.1952-0.18340.21340.13930.351421.3365-13.702223.5897
66.72983.29250.24075.299-0.95635.45640.1607-0.25521.1579-0.4624-0.43330.0993-0.75030.52780.27260.62680.2684-0.03760.3224-0.09010.295425.3842-13.650832.0374
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A230 - 280
2X-RAY DIFFRACTION2A281 - 324
3X-RAY DIFFRACTION3A325 - 372
4X-RAY DIFFRACTION4A373 - 433
5X-RAY DIFFRACTION5A434 - 474
6X-RAY DIFFRACTION6A475 - 545

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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