PDB-4maf: Soybean ATP Sulfurylase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4maf

タイトル

Soybean ATP Sulfurylase

要素

ATP sulfurylase

キーワード

TRANSFERASE / ATP sulfurylase / sulfur metabolism

機能・相同性

機能・相同性情報

sulfate adenylyltransferase / sulfate adenylyltransferase (ATP) activity / sulfate assimilation / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Glycine max (ダイズ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.48 Å

データ登録者

Herrmann, J. / Ravilious, G.E. / McKinney, S.E. / Westfall, C.S. / Lee, S.G. / Krishnan, H.B. / Jez, J.M.

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Structure and mechanism of soybean ATP sulfurylase and the committed step in plant sulfur assimilation.
著者: Herrmann, J. / Ravilious, G.E. / McKinney, S.E. / Westfall, C.S. / Lee, S.G. / Baraniecka, P. / Giovannetti, M. / Kopriva, S. / Krishnan, H.B. / Jez, J.M.

履歴

登録	2013年8月16日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年3月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年4月2日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4maf.cif.gz	1.3 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4maf.ent.gz	1.1 MB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4maf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4maf_validation.pdf.gz	2.8 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4maf_full_validation.pdf.gz	2.9 MB	表示
XML形式データ	4maf_validation.xml.gz	118.3 KB	表示
CIF形式データ	4maf_validation.cif.gz	160.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4maf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ma/4maf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xnjS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4dal-3 2pun-d 3rhd-2 4f3x-3 2y4l-d 3sq5-5 6x9l-1 6te5-d 2olc-d 4lm8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#116 - 2009年8月硫酸転移酵素 (Sulfotransferases) 類似性 (8)

登録構造単位

A: ATP sulfurylase

B: ATP sulfurylase

C: ATP sulfurylase

D: ATP sulfurylase

E: ATP sulfurylase

F: ATP sulfurylase

G: ATP sulfurylase

H: ATP sulfurylase

ヘテロ分子

368 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: ATP sulfurylase

H: ATP sulfurylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: ATP sulfurylase

C: ATP sulfurylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92 kDa, 2 ポリマー
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3

D: ATP sulfurylase

E: ATP sulfurylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92 kDa, 2 ポリマー
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4

F: ATP sulfurylase

G: ATP sulfurylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
92 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	204.268, 230.751, 159.197
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	21
Space group name H-M	C222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-1097- HOH
2	1	E-1087- HOH
3	1	G-1045- HOH
4	1	G-1051- HOH
5	1	G-1059- HOH

#1: タンパク質	ATP sulfurylase 分子量: 45592.191 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 49-449 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Glycine max (ダイズ) / プラスミド: pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta (DE3) / 参照: UniProt: Q8SAG1, sulfate adenylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-ADX / ADENOSINE-5'-PHOSPHOSULFATE / アデノシン5′-ホスホ硫酸タイプ: RNA linking / 分子量: 427.284 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₁₀PS
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 825 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.57 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.17 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.3 詳細: 0.1 M HEPES, pH 7.3, 18% PEG-8000, 0.2 M NaCl, 5 mM APS, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月28日
放射	モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.48→48.211 Å / Num. obs: 123420 / % possible obs: 93.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / B_iso Wilson estimate: 33.69 Å² / R_sym value: 0.094 / Net I/σ(I): 18

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-3000		データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.1_1168)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 1XNJ

1xnj

解像度: 2.48→48.21 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.66 / 立体化学のターゲット値: MLHL

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2215	6234	5.05 %	random
R_work	0.1726	-	-	-
obs	0.1751	123420	93.48 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.48→48.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	25446	0	216	825	26487

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	26334
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.149	35774
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.273	10047
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.075	3878
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	4626

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.48-2.5112	0.2845	212	0.2331	3830	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5112-2.5408	0.3124	205	0.2246	3866	X-RAY DIFFRACTION	94
2.5408-2.5718	0.2896	240	0.2174	3956	X-RAY DIFFRACTION	95
2.5718-2.6043	0.2659	220	0.2099	3938	X-RAY DIFFRACTION	95
2.6043-2.6386	0.2772	212	0.2068	3959	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6386-2.6747	0.2702	230	0.2026	3939	X-RAY DIFFRACTION	96
2.6747-2.7129	0.2621	228	0.201	3943	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7129-2.7534	0.2502	213	0.1995	3992	X-RAY DIFFRACTION	96
2.7534-2.7965	0.2947	226	0.1916	3914	X-RAY DIFFRACTION	95
2.7965-2.8423	0.2446	227	0.1954	3962	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8423-2.8913	0.256	202	0.199	3935	X-RAY DIFFRACTION	95
2.8913-2.9439	0.2781	208	0.2056	3942	X-RAY DIFFRACTION	95
2.9439-3.0005	0.2689	199	0.2111	3941	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0005-3.0617	0.2615	201	0.204	3940	X-RAY DIFFRACTION	95
3.0617-3.1283	0.2558	190	0.2081	3954	X-RAY DIFFRACTION	95
3.1283-3.201	0.2802	199	0.2133	3941	X-RAY DIFFRACTION	94
3.201-3.2811	0.2664	215	0.2124	3931	X-RAY DIFFRACTION	94
3.2811-3.3698	0.2441	218	0.1981	3901	X-RAY DIFFRACTION	94
3.3698-3.4689	0.2658	196	0.192	3925	X-RAY DIFFRACTION	94
3.4689-3.5808	0.2632	195	0.1839	3914	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5808-3.7088	0.1908	202	0.1706	3896	X-RAY DIFFRACTION	93
3.7088-3.8572	0.1822	209	0.1572	3902	X-RAY DIFFRACTION	93
3.8572-4.0327	0.1839	191	0.1442	3893	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0327-4.2452	0.1851	175	0.1343	3913	X-RAY DIFFRACTION	92
4.2452-4.5109	0.169	193	0.1309	3870	X-RAY DIFFRACTION	92
4.5109-4.8589	0.1701	207	0.1322	3854	X-RAY DIFFRACTION	92
4.8589-5.3473	0.1788	214	0.1381	3828	X-RAY DIFFRACTION	91
5.3473-6.1198	0.2103	216	0.1531	3817	X-RAY DIFFRACTION	90
6.1198-7.7052	0.1781	190	0.1591	3828	X-RAY DIFFRACTION	89
7.7052-48.2198	0.1686	201	0.1457	3762	X-RAY DIFFRACTION	85

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0338	1.107	0.3275	2.4396	-0.0032	0.5189	0.0841	-0.3487	-0.3987	-0.0579	0.1038	0.0039	0.0749	-0.1331	-0.1499	0.35	-0.002	-0.0114	0.3295	0.1373	0.4595	13.3887	-85.3747	-27.4386
2	0.9475	0.0572	-0.5597	1.3099	0.5076	1.2394	-0.086	-0.1468	-0.2162	0.3813	-0.1345	0.3529	0.2586	-0.27	0.1009	0.281	-0.058	0.1077	0.3202	0.0062	0.2727	-13.3492	-25.9165	-23.5926
3	0.862	-0.386	-0.1139	1.3817	0.3672	0.5738	0.0099	0.1517	-0.1284	-0.0674	0.0391	-0.0442	0.0432	0.0486	-0.0262	0.12	-0.0094	0.0157	0.2028	-0.0092	0.1908	13.3464	-32.1516	-52.2135
4	1.3465	0.7099	0.7193	1.3976	0.7045	0.9372	0.316	-0.4743	-0.2051	0.5118	-0.1901	-0.1618	0.4223	-0.2902	-0.0644	0.4703	-0.1017	-0.0959	0.3599	0.0305	0.2523	-32.2661	-27.0318	-67.4289
5	0.9974	-0.606	-0.4084	1.4068	0.769	0.878	-0.0249	0.1851	-0.3591	-0.0349	-0.2066	0.5427	0.1197	-0.3106	0.1542	0.2042	0.0045	0.0133	0.2885	-0.0806	0.4264	-61.15	-29.945	-94.197
6	1.0599	0.0807	-0.0665	1.4109	0.0851	0.7391	-0.0475	0.4268	-0.0999	-0.3853	0.1114	-0.3559	-0.0097	0.1419	-0.0389	0.4526	-0.1377	0.1968	0.5464	-0.1276	0.4985	-36.1388	-88.265	-12.1305
7	1.3061	-0.1761	0.2921	0.9452	0.5692	1.2349	-0.1424	-0.0591	0.197	-0.0363	-0.0168	0.187	-0.288	-0.1586	0.1303	0.2605	0.0759	-0.0724	0.3041	-0.0086	0.3338	-63.249	-84.239	16.095
8	1.7495	0.2905	0.1294	1.8351	0.0159	0.632	-0.4473	0.429	-0.1395	-1.1247	0.5254	0.9597	-0.068	-0.1134	-0.1113	0.9952	-0.2149	-0.6557	0.5498	0.3157	1.1132	-14.3826	-88.4809	-54.5023

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN H

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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