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- PDB-4m8q: Ontogeny of recognition specificity and functionality for the ant... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m8q
タイトルOntogeny of recognition specificity and functionality for the anti-HIV neutralizing antibody 4E10
要素
  • 4E10 epitope scaffold T117
  • GEP1 Fv heavy chain
  • GEP1 Fv light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HIV / 4E10 / GEP / germline / FV / immunoglobulin / antibody / 4E10 epitope
機能・相同性
機能・相同性情報


pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation ...pentameric IgM immunoglobulin complex / monomeric IgA immunoglobulin complex / secretory IgA immunoglobulin complex / glomerular filtration / CD22 mediated BCR regulation / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / immunoglobulin complex / Initial triggering of complement / FCGR activation / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Role of phospholipids in phagocytosis / Scavenging of heme from plasma / antigen binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCGR3A-mediated phagocytosis / FCERI mediated MAPK activation / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / blood microparticle / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain ...Mannitol-specific EII; Chain A / Mannitol-specific EII; Chain A / : / Immunoglobulin V-Type / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin V-set domain / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Immunoglobulin kappa variable 3-20 / Immunoglobulin kappa variable 3-20
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.89 Å
データ登録者Finton, K.A.K.
引用ジャーナル: Plos Pathog. / 年: 2014
タイトル: Ontogeny of Recognition Specificity and Functionality for the Broadly Neutralizing Anti-HIV Antibody 4E10.
著者: Finton, K.A. / Friend, D. / Jaffe, J. / Gewe, M. / Holmes, M.A. / Larman, H.B. / Stuart, A. / Larimore, K. / Greenberg, P.D. / Elledge, S.J. / Stamatatos, L. / Strong, R.K.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年10月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.source
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GEP1 Fv heavy chain
B: GEP1 Fv light chain
C: 4E10 epitope scaffold T117
H: GEP1 Fv heavy chain
L: GEP1 Fv light chain
S: 4E10 epitope scaffold T117


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6296
ポリマ－88,6296
非ポリマー00
水00
1
A: GEP1 Fv heavy chain
B: GEP1 Fv light chain
S: 4E10 epitope scaffold T117


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3153
ポリマ－44,3153
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3180 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area16540 Å2
手法PISA
2
C: 4E10 epitope scaffold T117
H: GEP1 Fv heavy chain
L: GEP1 Fv light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3153
ポリマ－44,3153
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3080 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area16140 Å2
手法PISA
3
A: GEP1 Fv heavy chain
B: GEP1 Fv light chain
S: 4E10 epitope scaffold T117

C: 4E10 epitope scaffold T117
H: GEP1 Fv heavy chain
L: GEP1 Fv light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,6296
ポリマ－88,6296
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_454x-1,y,z-11
Buried area8160 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area30780 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.561, 77.674, 77.823
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: 抗体 GEP1 Fv heavy chain


分子量: 13656.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 GEP1 Fv light chain / Ig kappa chain V-III region HIC


分子量: 12211.589 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 21-129 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P18136, UniProt: P01619*PLUS
#3: タンパク質 4E10 epitope scaffold T117


分子量: 18446.848 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.38 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.1M KCl, 12% w/v PEG 8000, 5% v/v glycerol, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月17日
放射モノクロメーター: osmic varimax / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.89→24.61 Å / Num. all: 18013 / Num. obs: 17941 / % possible obs: 99.6 %
反射 シェル解像度: 2.89→2.95 Å / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.89→24.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.902 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.866 / SU B: 50.231 / SU ML: 0.428 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 2.013 / ESU R Free: 0.501 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.30168 919 5.1 %RANDOM
Rwork0.26091 ---
all0.26294 17221 --
obs0.26294 17070 99.12 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 57.088 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.66 Å20 Å2-2.53 Å2
2--2.84 Å20 Å2
3----0.87 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.89→24.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5424 0 0 0 5424
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0040.0195563
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.024823
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.7331.9417634
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.6473.00110987
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.6865758
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.77424.213197
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.44115679
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.381516
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0460.2875
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.0216559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.021268
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.89→2.963 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.662 74 -
Rwork0.44 1147 -
obs--92.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.87010.07630.41765.7089-0.17365.72280.06350.0644-0.22070.30860.0905-0.46950.85740.0664-0.1540.24480.0876-0.15410.2898-0.0860.21710.971-27.383-48.436
22.6837-0.5510.34843.83280.34317.597-0.364-0.77380.50780.33910.5379-0.2779-0.17930.2332-0.17390.2670.2566-0.29470.584-0.27380.36357.701-14.832-32.497
35.09752.30590.53329.23183.39063.59470.1255-0.34790.61920.44180.01060.5803-0.46030.2254-0.13610.3562-0.05570.16770.3675-0.01630.442825.2658.1122.978
45.40380.02320.24836.29891.19533.54260.0475-0.1941-0.03630.4785-0.19570.55450.1601-0.03640.14820.06480.00010.07620.25540.01860.092416.722-17.77813.521
55.6378-0.926-1.32824.57752.18629.3020.47010.72970.1652-0.6483-0.5464-0.0494-0.69560.01670.07630.18430.1575-0.0410.41140.06910.096118.602-12.804-7.138
63.7919-1.0586-1.07485.0826-0.93463.7940.24590.12930.7022-0.96490.2601-0.8549-0.46570.0921-0.5060.3480.0260.23510.3682-0.19680.7511.546-10.251-68.108
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A1 - 113
2X-RAY DIFFRACTION2B1 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3C13 - 160
4X-RAY DIFFRACTION4H1 - 112
5X-RAY DIFFRACTION5L1 - 105
6X-RAY DIFFRACTION6S8 - 161

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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