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- PDB-4m8l: crystal structure of RpiA-R5P complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m8l
タイトルcrystal structure of RpiA-R5P complex
要素Ribose-5-phosphate isomerase A
キーワードISOMERASE / Structural Genomics / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID
機能・相同性
機能・相同性情報


ribose-5-phosphate isomerase / ribose-5-phosphate isomerase activity / pentose-phosphate shunt, non-oxidative branch
類似検索 - 分子機能
Ribose-5-phosphate isomerase, type A, subgroup / Ribose 5-phosphate isomerase, type A / Ribose 5-phosphate isomerase A (phosphoriboisomerase A) / Rossmann fold - #1360 / ACT domain / NagB/RpiA transferase-like / Alpha-Beta Plaits / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
RIBULOSE-5-PHOSPHATE / FORMAMIDE / Ribose-5-phosphate isomerase A
類似検索 - 構成要素
生物種Francisella tularensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.37 Å
データ登録者Rostankowski, R. / Borek, D. / Orlikowska, M. / Nakka, C. / Grimshaw, S. / Otwinowski, Z. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
引用ジャーナル: TO BE PUBLISHED
タイトル: crystal structure of RpiA-R5P complex
著者: Rostankowski, R. / Borek, D. / Orlikowska, M. / Nakka, C. / Grimshaw, S. / Otwinowski, Z. / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年10月9日Group: Other
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ribose-5-phosphate isomerase A
B: Ribose-5-phosphate isomerase A
C: Ribose-5-phosphate isomerase A
D: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)100,92154
ポリマ－97,9774
非ポリマー2,94450
水5,260292
1
A: Ribose-5-phosphate isomerase A
C: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,69132
ポリマ－48,9882
非ポリマー1,70230
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2400 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18720 Å2
手法PISA
2
B: Ribose-5-phosphate isomerase A
D: Ribose-5-phosphate isomerase A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,23122
ポリマ－48,9882
非ポリマー1,24220
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)168.203, 151.958, 36.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.98, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALAA8 - 2238 - 223
21VALVALBB8 - 2238 - 223
12VALVALAA8 - 2238 - 223
22VALVALCC8 - 2238 - 223
13VALVALAA7 - 2237 - 223
23VALVALDD7 - 2237 - 223
14LEULEUBB8 - 2248 - 224
24LEULEUCC8 - 2248 - 224
15VALVALBB8 - 2238 - 223
25VALVALDD8 - 2238 - 223
16VALVALCC8 - 2238 - 223
26VALVALDD8 - 2238 - 223

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Ribose-5-phosphate isomerase A / Phosphoriboisomerase A / PRI


分子量: 24494.209 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Francisella tularensis (バクテリア)
遺伝子: rpiA, FTW_1255 / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: A4IYN5, ribose-5-phosphate isomerase
#2: 糖
ChemComp-5RP / RIBULOSE-5-PHOSPHATE / リブロ-ス5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C5H11O8P
#3: 化合物...
ChemComp-ARF / FORMAMIDE / ホルムアミド


タイプ: L-peptide NH3 amino terminus / 分子量: 45.041 Da / 分子数: 41 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH3NO
#4: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 292 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.22 M magnesium chloride 0.1M Tris pH 6.5, 21% (w/v) PEG 4000, additive: 40% formamide, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97918 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2010年7月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.37→50 Å / Num. obs: 34431 / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Rsym value: 0.09 / Net I/σ(I): 13.354
反射 シェル解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.328 / Mean I/σ(I) obs: 3.709 / Rsym value: 0.328 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3KWM

3kwm


解像度: 2.37→36.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.913 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.89 / SU B: 9.362 / SU ML: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.79 / ESU R Free: 0.317 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27434 1728 5 %RANDOM
Rwork0.2375 ---
obs0.2394 32703 92.94 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 39.183 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.28 Å20 Å20.09 Å2
2--0.97 Å20 Å2
3----0.69 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.37→36.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6650 0 184 292 7126
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0196918
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026984
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9991.9989308
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.844316039
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3735880
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.92326.259270
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.294151276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.5431525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0520.21140
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.027852
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021582
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A139680.05
12B139680.05
21A139040.06
22C139040.06
31A136790.08
32D136790.08
41B138930.07
42C138930.07
51B135180.09
52D135180.09
61C136770.07
62D136770.07
LS精密化 シェル解像度: 2.37→2.428 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 114 -
Rwork0.266 2181 -
obs--83.45 %

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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