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- PDB-4m8b: Fungal Protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m8b
タイトルFungal Protein
要素
  • Chain A of dsDNA containing the cis-regulatory element
  • Chain B of dsDNA containing the cis-regulatory element
  • YHR177W
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / WOPR fungal-pathogenesis transcription / WOPR domain / transcription factor / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性Gti1/Pac2 family / Gti1/Pac2 family / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleus / DNA / DNA (> 10) / Uncharacterized protein YHR177W
機能・相同性情報
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Rosenberg, O.S. / Lohse, M.L. / Stroud, R.M. / Johnson, A.D.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Structure of a new DNA-binding domain which regulates pathogenesis in a wide variety of fungi.
著者: Lohse, M.B. / Rosenberg, O.S. / Cox, J.S. / Stroud, R.M. / Finer-Moore, J.S. / Johnson, A.D.
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年7月2日Group: Database references
改定 1.22014年7月23日Group: Database references
改定 1.32014年8月20日Group: Database references
改定 1.42024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chain A of dsDNA containing the cis-regulatory element
B: Chain B of dsDNA containing the cis-regulatory element
R: YHR177W
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7364
ポリマ－35,6743
非ポリマー621
水1,65792
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4330 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area16080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.293, 103.401, 73.178
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: DNA鎖 Chain A of dsDNA containing the cis-regulatory element


分子量: 6196.987 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 6-201 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA synthesis through standard methods and annealing of double stranded DNA.
#2: DNA鎖 Chain B of dsDNA containing the cis-regulatory element


分子量: 6072.946 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: DNA synthesis through standard methods and annealing of double stranded DNA.
#3: タンパク質 YHR177W


分子量: 23404.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: a pET21 based vector with an N-terminal 8-his tag followed by a 3C protease cleavage site
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: YHR177W, Yhr177wp / プラスミド: H3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Bl21(DE3) / 参照: UniProt: P38867
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 92 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.79 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.31 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 2 uL drops were a 1 to 1 mixture of protein with a well solution of 9 mM Calcium chloride, 10 mM Spermine, 50 mM Sodium cacodylate pH 7, 4.5% Isopropanol, 3.5% Ethylene glycol. Cryoprotection ...詳細: 2 uL drops were a 1 to 1 mixture of protein with a well solution of 9 mM Calcium chloride, 10 mM Spermine, 50 mM Sodium cacodylate pH 7, 4.5% Isopropanol, 3.5% Ethylene glycol. Cryoprotection involved a 4 to 6 mixture of 25% Glucose/Ethylene Glycol and well solution., VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.115869 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.115869 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→68.012 Å / Num. all: 19969 / Num. obs: 19969 / % possible obs: 93.6 % / 冗長度: 3.6 % / Rsym value: 0.057 / Net I/σ(I): 9.7
反射 シェル解像度: 2.61→2.75 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.512 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique all: 2684 / Rsym value: 0.512 / % possible all: 87.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
SOLVE位相決定
PHENIX精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: The starting model was a poor initial model built from MAD phases of a SeMet derivative.

解像度: 2.61→38.25 Å
Rfactor反射数
Rfree0.2354 2159
Rwork0.1977 -
all-19835
obs-18341
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→38.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1484 817 4 92 2397
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONfhenix_bonds0.003
X-RAY DIFFRACTIONfhenix_angles0.897
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.6753 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3682 130 -
Rwork0.3228 --
obs-1168 85.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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