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万見
- PDB-4m88: Crystal structure of extracellular ligand-binding receptor from V... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m88
タイトルCrystal structure of extracellular ligand-binding receptor from Verminephrobacter eiseniae ef01-2
要素Extracellular ligand-binding receptor
キーワードTRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS / PSI-BIOLOGY / MIDWEST CENTER FOR STRUCTURAL GENOMI / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / ABA-sanwich / solute binding protein / amino acid / extracellular
機能・相同性Leucine-binding protein domain / Periplasmic binding protein / Response regulator / Periplasmic binding protein-like I / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Extracellular ligand-binding receptor
機能・相同性情報
生物種Verminephrobacter eiseniae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.762 Å
データ登録者Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of extracellular ligand-binding receptor from Verminephrobacter eiseniae ef01-2
著者: Wu, R. / Endres, M. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics
履歴
登録2013年8月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月4日Group: Data collection
改定 1.22013年12月18日Group: Structure summary
改定 1.32018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular ligand-binding receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1675
ポリマ－37,7991
非ポリマー3684
水1,802100
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.076, 95.810, 50.300
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.56, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Extracellular ligand-binding receptor / ABC TRANSPORTER / SUBSTRATE BINDING PROTEIN (AMINO ACID)


分子量: 37798.770 Da / 分子数: 1 / 断片: SUBSTRATE BINDING PROTEIN (AMINO ACID) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Verminephrobacter eiseniae (バクテリア)
株: EF01-2 / 遺伝子: Veis_2660 / プラスミド: PMCSG73 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)MAGIC / 参照: UniProt: A1WL96
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.49 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Sodium Acetate:Acetic Acid pH 4.5, 30% (w/v) PEG 8000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97897
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月21日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111, channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97897 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.76→50 Å / Num. all: 31127 / Num. obs: 30220 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / Rsym value: 0.034 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.76→1.79 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique all: 1561 / Rsym value: 0.643 / % possible all: 98.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.762→31.666 Å / SU ML: 0.17 / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 20.51 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2088 1530 5.07 %
Rwork0.172 --
obs0.1738 30180 96.18 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.762→31.666 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2610 0 24 100 2734
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072679
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1033619
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.105986
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.07407
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005477
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.762-1.81890.2805990.20861968206773
1.8189-1.88390.26171400.2012429256990
1.8839-1.95930.26371470.19742642278998
1.9593-2.04850.23141460.17772682282899
2.0485-2.15650.21451600.1762672283299
2.1565-2.29150.20731360.16612699283599
2.2915-2.46840.22431460.167326782824100
2.4684-2.71670.21531400.172727062846100
2.7167-3.10950.23321380.170727262864100
3.1095-3.91650.19941470.160127112858100
3.9165-31.67080.16121310.16922737286899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.72420.55850.32153.80210.85522.4186-0.0565-0.0569-0.0243-0.25630.0644-0.0201-0.09420.2022-0.00660.08130.00020.02070.0923-0.00940.111718.068512.308912.5701
20.4827-0.3341-0.45560.84021.09292.49880.0066-0.01270.0598-0.0631-0.0076-0.0075-0.1210.0144-0.00770.12080.0016-0.00640.14850.01030.15316.379426.762617.8855
32.9456-0.44930.41192.0538-0.35262.0204-0.09030.07720.13150.0750.0337-0.0264-0.0312-0.01150.05650.1093-0.00430.00910.0746-0.00170.10479.123332.495937.0629
40.406-0.10510.20512.10761.50522.76540.0116-0.0624-0.12890.20710.0909-0.12210.23830.1561-0.09560.14850.0123-0.02070.14180.02110.158413.38869.704631.0032
52.2026-0.09841.77450.7565-0.46023.44590.0974-0.0461-0.127-0.10750.00180.12190.0627-0.2323-0.11660.113-0.0038-0.0130.0890.00470.15055.13758.866110.114
61.05280.00141.4170.44690.41964.94220.1727-0.032-0.13710.01350.07270.02190.2227-0.4446-0.22350.0949-0.0215-0.00640.15120.02460.1530.752512.678225.7391
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 26 through 78 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 79 through 188 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 189 through 256 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 257 through 307 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 308 through 343 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 344 through 379 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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