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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m85 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus Mu50 | ||||||
要素 | N-acetyltransferase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / GNAT fold / acetyltransferase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Srivastava, P. / Khandokar, Y. / Forwood, J.K. | ||||||
引用 | ジャーナル: To be Published タイトル: Expression,purification and X-ray crystallography of N-acetyltransferase from Staphylococcus aureus 著者: Srivastava, P. / Khandokar, Y. / Forwood, J.K. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4m85.cif.gz | 164.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4m85.ent.gz | 132.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4m85.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4m85_validation.pdf.gz | 443 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4m85_full_validation.pdf.gz | 446.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4m85_validation.xml.gz | 32.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4m85_validation.cif.gz | 46.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/4m85 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m8/4m85 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 1u6mS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21658.879 Da / 分子数: 4 / 断片: enzyme / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌) 株: Mu50 / 遺伝子: SAV1040 / プラスミド: pMCSG21 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q99V53, UniProt: A0A0H3JUR0*PLUS #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.58 % |
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結晶化 | 温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 22%PEG8000,50mM Potassium phosphate monobasic, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 296K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月13日 |
放射 | モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9537 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→36.28 Å / Num. all: 53259 / Num. obs: 49478 / % possible obs: 92.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Rmerge(I) obs: 0.083 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: pdb entry 1U6M 解像度: 2→36.28 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.924 / SU B: 4.949 / SU ML: 0.134 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.225 / ESU R Free: 0.186 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.369 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→36.28 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.052 Å / Total num. of bins used: 20
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