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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m84 | ||||||
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タイトル | Calcium-Dependent Protein Kinase 1 from Toxoplasma gondii (TgCDPK1) in complex with inhibitor UW1455 | ||||||
![]() | Calmodulin-domain protein kinase 1 | ||||||
![]() | TRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / serine/threonine protein kinase / transferase / calcium-binding / ATP-binding / bumped kinase inhibitor / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() calcium-dependent protein serine/threonine kinase activity / calcium/calmodulin-dependent protein kinase activity / calmodulin binding / intracellular signal transduction / phosphorylation / calcium ion binding / ATP binding / membrane / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Merritt, E.A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Potent and selective inhibitors of CDPK1 from T. gondii and C. parvum based on a 5-aminopyrazole-4-carboxamide scaffold. 著者: Zhang, Z. / Ojo, K.K. / Vidadala, R. / Huang, W. / Geiger, J.A. / Scheele, S. / Choi, R. / Reid, M.C. / Keyloun, K.R. / Rivas, K. / Siddaramaiah, L.K. / Comess, K.M. / Robinson, K.P. / Merta, ...著者: Zhang, Z. / Ojo, K.K. / Vidadala, R. / Huang, W. / Geiger, J.A. / Scheele, S. / Choi, R. / Reid, M.C. / Keyloun, K.R. / Rivas, K. / Siddaramaiah, L.K. / Comess, K.M. / Robinson, K.P. / Merta, P.J. / Kifle, L. / Hol, W.G. / Parsons, M. / Merritt, E.A. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. / Van Voorhis, W.C. / Fan, E. #1: ![]() タイトル: Toxoplasma gondii calcium-dependent protein kinase 1 is a target for selective kinase inhibitors. 著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. ...著者: Ojo, K.K. / Larson, E.T. / Keyloun, K.R. / Castaneda, L.J. / Derocher, A.E. / Inampudi, K.K. / Kim, J.E. / Arakaki, T.L. / Murphy, R.C. / Zhang, L. / Napuli, A.J. / Maly, D.J. / Verlinde, C.L. / Buckner, F.S. / Parsons, M. / Hol, W.G. / Merritt, E.A. / Van Voorhis, W.C. #2: ![]() タイトル: Multiple determinants for selective inhibition of apicomplexan calcium-dependent protein kinase CDPK1. 著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / ...著者: Larson, E.T. / Ojo, K.K. / Murphy, R.C. / Johnson, S.M. / Zhang, Z. / Kim, J.E. / Leibly, D.J. / Fox, A.M. / Reid, M.C. / Dale, E.J. / Perera, B.G. / Kim, J. / Hewitt, S.N. / Hol, W.G. / Verlinde, C.L. / Fan, E. / Van Voorhis, W.C. / Maly, D.J. / Merritt, E.A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 204 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 163.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 752 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 757.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 55226.914 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 30-507 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: AAG53993, CDPK1, TGGT1_059880, TGVEG_042030 / プラスミド: AVA0421 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q9BJF5, Ca2+/calmodulin-dependent protein kinase |
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#2: 化合物 | ChemComp-21E / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.69 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 24% PEG 3350, 0.275 M ammonium citrate, 5 mM DTT, 2 mM UW1455, pH 7.5, vapor diffusion, sitting drop, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月7日 |
放射 | モノクロメーター: Side scattering bent cube-root I-beam single crystal; asymmetric cut 4.965 degs. プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.127 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.998→48.673 Å / Num. obs: 28948 / % possible obs: 94.6 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 37.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Net I/σ(I): 10 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: PDB ENTRY 3SX9 解像度: 1.998→48.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / WRfactor Rfree: 0.2548 / WRfactor Rwork: 0.1982 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / FOM work R set: 0.8093 / SU B: 11.43 / SU ML: 0.156 / SU R Cruickshank DPI: 0.2318 / SU Rfree: 0.1995 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.232 / ESU R Free: 0.199 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 139.14 Å2 / Biso mean: 54.6328 Å2 / Biso min: 25.33 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.998→48.67 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.998→2.05 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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