[日本語] English
万見
- PDB-4m7g: Streptomyces Erythraeus Trypsin -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m7g
タイトルStreptomyces Erythraeus Trypsin
要素Trypsin-like protease
キーワードHYDROLASE / Serine Protease
機能・相同性
機能・相同性情報


trypsin / serine-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin ...: / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Trypsin / Trypsin-like protease
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 0.81 Å
データ登録者Blankenship, E. / Vukoti, K. / Miyagi, M. / Lodowski, D.T.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Conformational flexibility in the catalytic triad revealed by the high-resolution crystal structure of Streptomyces erythraeus trypsin in an unliganded state.
著者: Blankenship, E. / Vukoti, K. / Miyagi, M. / Lodowski, D.T.
履歴
登録2013年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年10月1日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Trypsin-like protease


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3411
ポリマ－23,3411
非ポリマー00
水6,359353
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.958, 61.249, 74.149
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 Trypsin-like protease


分子量: 23340.789 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 43-272 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharopolyspora erythraea (バクテリア)
プラスミド: PQE-80L / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q54137, UniProt: P24664*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 353 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.62 %
結晶化温度: 298 K / pH: 7.9
詳細: 10 mM calcium chloride, 100 mM HEPES pH 7.0, 2.72 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.688
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年11月26日
放射モノクロメーター: CRYO-COOLED SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.688 Å / 相対比: 1
反射解像度: 0.79→61.38 Å / Num. obs: 234158 / % possible obs: 99.8 %
反射 シェル解像度: 0.79→0.83 Å / 冗長度: 5.1 % / % possible all: 96.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
ARP/wARPモデル構築
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1SGT

1sgt


解像度: 0.81→47.22 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.987 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.984 / SU B: 0.286 / SU ML: 0.008 / Isotropic thermal model: anisotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.009 / ESU R Free: 0.01 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.12 11678 5 %RANDOM
Rwork0.109 ---
obs0.112 220874 99.5 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.61 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.44 Å20 Å2-0 Å2
2--0.45 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 0.81→47.22 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1613 0 0 353 1966
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.0191959
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021829
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0321.9542717
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.09934221
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6715285
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12726.83579
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.20215299
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.924154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1240.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0212438
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02408
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0110.9471060
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9420.9381059
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2651.431367
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.5131324
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.1311.184899
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.709877
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.0661.6011317
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.9839.1862528
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.4468.3752289
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.71231959
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free20.091550
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.89752194
LS精密化 シェル解像度: 0.81→0.81 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.333 874 -
Rwork0.341 15727 -
obs--96.86 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る