PDB-4m78: Crystal structure of Lsm2-8 complex, space group P21

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m78

タイトル

Crystal structure of Lsm2-8 complex, space group P21

要素

(U6 snRNA-associated Sm-like protein ...) x 7

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / Sm Like Protein / RNA splicing / STRUCTURAL PROTEIN

機能・相同性

機能・相同性情報

mRNA decay by 5' to 3' exoribonuclease / Lsm1-7-Pat1 complex / U6 snRNP / deadenylation-dependent decapping of nuclear-transcribed mRNA / P-body assembly / U4/U6 snRNP / sno(s)RNA-containing ribonucleoprotein complex / spliceosomal tri-snRNP complex / tRNA processing / nuclear-transcribed mRNA catabolic process ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.794 Å

データ登録者

Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yan, C. / Shi, Y.

引用

ジャーナル: Nature / 年: 2014
タイトル: Crystal structures of the Lsm complex bound to the 3' end sequence of U6 small nuclear RNA.
著者: Zhou, L. / Hang, J. / Zhou, Y. / Wan, R. / Lu, G. / Yin, P. / Yan, C. / Shi, Y.

履歴

登録	2013年8月12日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2013年12月11日	Group: Database references
改定 1.2	2014年2月19日	Group: Database references
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb4m78.ent.gz	349.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

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文書・詳細版	4m78_full_validation.pdf.gz	577.1 KB	表示
XML形式データ	4m78_validation.xml.gz	39.2 KB	表示
CIF形式データ	4m78_validation.cif.gz	53.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m78 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m7/4m78	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4m75SC 4m77C 4m7aC 4m7dC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4m7a-1 4m7a-2 4m7d-1 4m7d-2 4m77-2 4m77-1 1i5l-2 1i4k-2 1jri-2 1h64-3 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (7) #107 - 2008年11月機械受容チャネル (Mechanosensitive Channels) 類似性 (1)

登録構造単位

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

H: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

I: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

J: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

K: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

L: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

M: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

N: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

151 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

B: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

C: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

D: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

E: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

F: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

G: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.4 kDa, 7 ポリマー
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2

H: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8

I: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2

J: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3

K: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6

L: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5

M: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7

N: U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
75.4 kDa, 7 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	79.721, 76.638, 113.554
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 97.00, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

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U6 snRNA-associated Sm-like protein ... , 7種, 14分子 AHBICJDKELFMGN

#1: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm8 分子量: 10722.324 Da / 分子数: 2 / 変異: K17L,C22S,I38L,C51S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM8, YJR022W, J1464, YJR83.16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47093
#2: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm2 / Small nuclear ribonucleoprotein D homolog SNP3 分子量: 11161.822 Da / 分子数: 2 / 変異: C45S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM2, SMX5, SNP3, YBL026W, YBL0425 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P38203
#3: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm3 / SmX4 protein 分子量: 10007.131 Da / 分子数: 2 / 変異: C37S,C63S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM3, SMX4, USS2, YLR438C-A / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P57743
#4: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm6 分子量: 9406.579 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM6, YDR378C, D9481.18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q06406
#5: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm5 分子量: 10432.954 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM5, YER146W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40089
#6: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm7 分子量: 13027.045 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM7, YNL147W, N1202, N1780 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P53905
#7: タンパク質	U6 snRNA-associated Sm-like protein LSm4 分子量: 10627.117 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: LSM4, SDB23, USS1, YER112W / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P40070

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非ポリマー , 1種, 53分子

#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.28 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 100mM sodium cacodylate 6.5, 25% Jeffamine ED2001, 20mM BaCl2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月8日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.794→30 Å / Num. all: 34154 / Num. obs: 33539 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射シェル	解像度: 2.794→2.9 Å / % possible all: 83

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
ADSC	Quantum	データ収集
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.7.3_928)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M75

4m75

解像度: 2.794→29.068 Å / SU ML: 0.53 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 30.19 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2936	1702	5.08 %
R_work	0.2535	-	-
obs	0.2555	33508	98.67 %
all	-	33960	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / B_sol: 42.477 Å² / k_sol: 0.296 e/Å³

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.1482 Å²	0 Å²	0.0606 Å²
2-	-	9.462 Å²	0 Å²
3-	-	-	2.6133 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.794→29.068 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8112	0	0	53	8165

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	8192
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.376	11045
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	18.71	3043
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.092	1358
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1378

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.7938-2.8759	0.4297	110	0.4041	2299	X-RAY DIFFRACTION	86
2.8759-2.9687	0.4412	164	0.3815	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9687-3.0747	0.3856	155	0.3362	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0747-3.1976	0.329	140	0.3127	2656	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1976-3.3429	0.3435	154	0.2784	2668	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3429-3.5189	0.3183	124	0.2552	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5189-3.739	0.2911	135	0.2426	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
3.739-4.027	0.2913	133	0.2476	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
4.027-4.4309	0.2585	140	0.2116	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4309-5.0692	0.2112	157	0.1839	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0692-6.3755	0.302	137	0.2667	2705	X-RAY DIFFRACTION	100
6.3755-29.0699	0.2918	153	0.2582	2759	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.4453	-0.2448	0.7136	2.0328	-0.2489	7.8425	-0.0854	0.729	0.6241	-0.2794	0.0205	-0.0261	0.1148	0.1528	0.1793	0.3018	-0.0283	-0.0127	0.3451	0.0777	0.3859	77.935	15.9563	28.8191
2	6.21	-0.065	2.5357	5.2808	-0.5566	5.5774	-0.6683	0.1621	0.8518	-0.1844	0.5081	-0.0593	-0.481	0.0955	0.1063	0.2659	-0.0353	-0.043	0.4138	-0.0473	0.5167	94.2693	18.0465	42.1018
3	3.7296	-0.3852	-0.0636	3.5449	-0.6398	3.8447	-0.193	-0.1892	0.1279	0.0619	0.1542	-0.4599	0.0276	-0.0741	-0.0247	0.1515	0.084	0.0243	0.4476	-0.0787	0.3495	102.1488	3.7068	46.4393
4	3.9393	1.2813	-1.1714	4.8993	0.6398	4.4314	0.241	-0.8563	-0.0341	0.674	0.2376	0.0139	-0.1719	-0.0677	-0.254	0.4089	0.0831	0.0951	0.5606	0.0802	0.2634	94.9512	-11.032	56.2418
5	4.4979	-0.0632	0.3508	1.8819	-0.4712	2.9824	0.0216	-0.9113	-1.1545	0.6684	0.1611	0.2752	0.4399	0.1016	0.0972	0.215	0.2064	0.1398	0.0259	0.2485	0.5154	78.9384	-18.3484	52.9953
6	4.6715	0.8405	2.633	5.7448	-2.09	4.5734	-0.1772	-0.1557	-0.4855	-0.2323	0.4337	0.5727	0.4363	-0.2605	-0.2657	0.2846	-0.0196	0.0515	0.339	0.0376	0.4099	65.2282	-13.1569	42.5182
7	6.159	1.866	-0.4647	6.1943	0.7771	4.9518	-0.1526	0.6095	0.3856	-0.4207	0.3024	0.6725	-0.1053	-0.3394	-0.147	0.3024	-0.0082	-0.0546	0.3968	0.0278	0.369	64.2619	4.2185	32.0781
8	4.4813	1.0074	1.5844	4.649	-1.1022	7.072	0.2889	-0.3239	0.0302	-0.0577	-0.0751	0.9798	0.7026	-0.9384	-0.15	0.3895	-0.1559	-0.0347	0.463	0.0259	0.5316	93.924	-35.6318	10.0794
9	6.5193	-0.5125	2.3919	6.6883	1.3895	4.6332	0.2414	-0.444	-0.6931	0.2971	0.1848	0.2923	0.9958	-0.3181	-0.2502	0.4668	-0.0153	-0.0889	0.3339	0.0339	0.3382	110.3783	-37.1643	23.6215
10	4.0103	-0.2446	-1.2659	6.2869	1.6075	4.6865	0.0695	-0.0867	-0.0215	0.4117	0.154	-0.0199	0.2659	-0.0075	-0.1983	0.266	-0.0213	-0.0107	0.3741	-0.0248	0.2433	115.2208	-22.5109	30.4581
11	6.3063	-0.1872	-0.756	5.5766	-0.9517	5.7828	-0.3281	0.0835	0.1471	0.117	0.2687	-0.6016	-0.078	0.3322	0.0815	0.2051	-0.0733	0.0196	0.3339	-0.0544	0.3024	122.5589	-7.6546	21.3744
12	4.1025	0.7078	0.8566	2.8769	0.4081	7.2848	-0.0917	-0.1684	0.4499	-0.5372	-0.1023	-0.4353	-0.899	0.4842	0.0688	0.4272	-0.069	0.0246	0.1311	-0.0432	0.1912	116.2465	-0.75	5.6219
13	6.7848	2.3054	0.7452	6.7635	0.4705	4.212	-0.0333	-0.0785	0.5099	-0.3871	-0.078	0.5761	-0.3712	-0.3643	0.0624	0.4769	0.0541	-0.0815	0.3314	-0.0168	0.3103	103.6789	-6.2914	-5.4894
14	4.9746	-1.0467	-0.4075	5.9426	-0.3114	5.3236	0.0859	0.4285	-0.0161	-0.6988	-0.0151	0.3446	0.3184	-0.4409	0.0604	0.3668	-0.0434	-0.1555	0.3803	-0.0104	0.3451	94.053	-24.2571	-4.2949

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain D
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain E
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain F
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain G
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain H
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain I
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain J
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain K
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain L
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain M
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain N

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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