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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m6t | ||||||
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タイトル | Structure of human Paf1 and Leo1 complex | ||||||
![]() | RNA polymerase II-associated factor 1 homolog, Linker, RNA polymerase-associated protein LEO1 | ||||||
![]() | Transcription Regulator / Paf1-Leo1 subcomplex / transcription elongator | ||||||
機能・相同性 | ![]() RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Cdc73/Paf1 complex / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / mRNA 3'-end processing / stem cell population maintenance / RNA polymerase II complex binding / protein localization to nucleus / RNA Polymerase II Transcription Elongation ...RNA polymerase II C-terminal domain phosphoserine binding / Cdc73/Paf1 complex / endodermal cell fate commitment / negative regulation of myeloid cell differentiation / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / mRNA 3'-end processing / stem cell population maintenance / RNA polymerase II complex binding / protein localization to nucleus / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / fibrillar center / Wnt signaling pathway / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / cellular response to lipopolysaccharide / intracellular membrane-bounded organelle / centrosome / chromatin binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / membrane / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Shen, Y. / Qin, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural insights into Paf1 complex assembly and histone binding 著者: Chu, X. / Qin, X. / Xu, H. / Li, L. / Wang, Z. / Li, F. / Xie, X. / Zhou, H. / Shen, Y. / Long, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 48.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 34.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 702.3 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 705.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 11.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
| x 6||||||||
単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 21270.889 Da / 分子数: 1 断片: UNP residues 170-250 of Paf1, UNP residues 370-462 of LEO1 由来タイプ: 組換発現 詳細: chimera of RNA polymerase II-associated factor 1 homolog, Linker, RNA polymerase-associated protein LEO1 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() |
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#2: 化合物 | ChemComp-SAM / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.96 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 3.5M sodium formate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月10日 |
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.498→50 Å / Num. all: 14138 / Num. obs: 14136 / % possible obs: 99.75 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 43.6 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / % possible all: 99.9 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 30.536 Å2 / ksol: 0.353 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 85.56 Å2 / Biso mean: 45.8081 Å2 / Biso min: 27.55 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.498→38.788 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 5
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