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万見
- PDB-4m6f: Dimer of the G-Segment Invertase bound to a DNA substrate -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m6f
タイトルDimer of the G-Segment Invertase bound to a DNA substrate
要素
  • (gix site analog) x 2
  • DNA-invertase
キーワードHYDROLASE/DNA / Helix-turn-helix / catalytic domain / DNA Binding Domain / recombinase / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral tropism switching / 合成酵素; リン酸エステル結合を形成 / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / DNA strand exchange activity / ligase activity / DNA integration / host cell cytoplasm / hydrolase activity / symbiont entry into host cell / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Site-specific recombinases signature 2. / Resolvase, HTH domain / Helix-turn-helix domain of resolvase / Recombinase, conserved site / Site-specific recombinases active site. / Resolvase/invertase-type recombinase catalytic domain profile. / Resolvase, N-terminal catalytic domain / Resolvase-like, N-terminal catalytic domain superfamily / Resolvase, N terminal domain / Resolvase, N terminal domain / Homeobox-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Serine recombinase gin
類似検索 - 構成要素
生物種Enterobacteria phage Mu (ファージ)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 4.99 Å
データ登録者Ritacco, C.J. / Wang, J. / Steitz, T.A.
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2014
タイトル: Exploiting large non-isomorphous differences for phase determination of a G-segment invertase-DNA complex.
著者: Ritacco, C.J. / Steitz, T.A. / Wang, J.
履歴
登録2013年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22020年1月29日Group: Data collection / Database references / Source and taxonomy
カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / reflns / struct_ref_seq_dif
Item: _pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._pdbx_entity_src_syn.details / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.32024年2月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-invertase
B: gix site analog
C: gix site analog


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4363
ポリマ－32,4363
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6010 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.800, 119.800, 343.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 DNA-invertase


分子量: 21714.197 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Enterobacteria phage Mu (ファージ) / 参照: UniProt: P03015
#2: DNA鎖 gix site analog


分子量: 5246.429 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 gix site analog


分子量: 5475.620 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 3

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試料調製

結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 3-5% Ammonium Sulfate 20% ethylene glycol 100 mM MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
31001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンAPS 24-ID-E11.0849
シンクロトロンNSLS X29A21.0849
シンクロトロンNSLS X29A31.14019
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 315r1CCD2012年7月22日
DECTRIS PILATUS 6M2PIXEL2012年12月4日
DECTRIS PILATUS 6M3PIXEL2011年8月22日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
3GRAPHITESINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.08491
21.140191
反射解像度: 4.99→30 Å / % possible obs: 94.5 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.111 / Rsym value: 12.05
反射 シェル解像度: 4.97→5.25 Å / % possible all: 94.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CBASSデータ収集
SHELXS位相決定
CNS1.1精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 4.99→30 Å / σ(F): 1 / 立体化学のターゲット値: DEN
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.288 685 random
Rwork0.229 --
obs0.23 6853 -
原子変位パラメータBiso mean: 335 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.3 Å2--
2--16.3 Å2-
3----32.6 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 4.99→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1476 720 0 0 2196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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