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- PDB-4m6a: N-Terminal beta-Strand Swapping in a Consensus Derived Alternativ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m6a
タイトルN-Terminal beta-Strand Swapping in a Consensus Derived Alternative Scaffold Driven by Stabilizing Hydrophobic Interactions
要素Tencon
キーワードDE NOVO PROTEIN / Tencon / FN3-like domain / alternative scaffold / b-strand swapping
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Luo, J. / Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Chan, W. / Jocobs, S.A. / O'neil, K.T. / Gilliland, G.L.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: N-terminal beta-strand swapping in a consensus-derived alternative scaffold driven by stabilizing hydrophobic interactions.
著者: Luo, J. / Teplyakov, A. / Obmolova, G. / Malia, T.J. / Chan, W. / Jacobs, S.A. / O'Neil, K.T. / Gilliland, G.L.
履歴
登録2013年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月12日Group: Database references
改定 1.22014年6月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Tencon
B: Tencon
C: Tencon
D: Tencon
E: Tencon
F: Tencon
G: Tencon
H: Tencon
I: Tencon
J: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,02010
ポリマ－99,02010
非ポリマー00
水3,279182
1
A: Tencon
B: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8042
ポリマ－19,8042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4170 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area9200 Å2
手法PISA
2
C: Tencon
D: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8042
ポリマ－19,8042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4190 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area9280 Å2
手法PISA
3
E: Tencon
F: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8042
ポリマ－19,8042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9270 Å2
手法PISA
4
G: Tencon
H: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8042
ポリマ－19,8042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4210 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area9300 Å2
手法PISA
5
I: Tencon
J: Tencon


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8042
ポリマ－19,8042
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4150 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area8870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.370, 41.880, 128.180
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 92.82, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Tencon


分子量: 9901.954 Da / 分子数: 10 / 断片: FN3-like domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / プラスミド: pET24 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 182 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1 M sodium acetate buffer, pH 4.6, 25% PEG 4K, 0.2 M ammonium sulfate, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2007年3月15日
放射モノクロメーター: VariMax HF / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→35 Å / Num. all: 25822 / Num. obs: 23524 / % possible obs: 91.1 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.4 % / Biso Wilson estimate: 46.1 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 60.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CrystalClearデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: dev_896)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 3tes

3tes


解像度: 2.71→35 Å / SU ML: 0.52 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 31.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2903 1231 5.23 %random
Rwork0.2322 ---
obs0.2353 23524 91.15 %-
all-23524 --
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 36.739 Å2 / ksol: 0.319 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-7.5361 Å20 Å26.8747 Å2
2--1.9326 Å2-0 Å2
3----9.4687 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6675 0 0 182 6857
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5499305
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.3212425
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0351078
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031204
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.81990.38361110.33111759X-RAY DIFFRACTION66
2.8199-2.94820.37911180.32422209X-RAY DIFFRACTION82
2.9482-3.10350.43231500.3162441X-RAY DIFFRACTION92
3.1035-3.29780.39661370.2782585X-RAY DIFFRACTION96
3.2978-3.55230.30361270.23092637X-RAY DIFFRACTION96
3.5523-3.90930.29781630.23332610X-RAY DIFFRACTION97
3.9093-4.4740.30371400.21472631X-RAY DIFFRACTION97
4.474-5.6330.2351400.18452678X-RAY DIFFRACTION98
5.633-35.04870.19181450.20342743X-RAY DIFFRACTION96

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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