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- PDB-4m68: Crystal structure of the mouse MLKL kinase-like domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m68
タイトルCrystal structure of the mouse MLKL kinase-like domain
要素Mixed lineage kinase domain-like protein
キーワードSIGNALING PROTEIN / Kinase-like (キナーゼ) / substrate of RIP3 / RIP3
機能・相同性
機能・相同性情報


RIPK1-mediated regulated necrosis / execution phase of necroptosis / Regulation of necroptotic cell death / necroptotic signaling pathway / TRPチャネル / protein homotrimerization / necroptotic process / 細胞結合 / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway ...RIPK1-mediated regulated necrosis / execution phase of necroptosis / Regulation of necroptotic cell death / necroptotic signaling pathway / TRPチャネル / protein homotrimerization / necroptotic process / 細胞結合 / defense response to virus / cell surface receptor signaling pathway / protein-containing complex binding / protein kinase binding / ATP binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily ...Adaptor protein Cbl, N-terminal domain superfamily / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mixed lineage kinase domain-like protein
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.696 Å
データ登録者Xie, T. / Peng, W. / Yan, C. / Wu, J. / Shi, Y.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2013
タイトル: Structural Insights into RIP3-Mediated Necroptotic Signaling
著者: Xie, T. / Peng, W. / Yan, C. / Wu, J. / Gong, X. / Shi, Y.
履歴
登録2013年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年10月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月6日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mixed lineage kinase domain-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3502
ポリマ－32,2581
非ポリマー921
水5,224290
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)41.970, 61.522, 60.074
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.29, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mixed lineage kinase domain-like protein / mMLKL


分子量: 32258.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Mlkl / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9D2Y4
#2: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル / グリセリン


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 290 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THIS SEQUENCE IS ISOFORM 2 OF Q9D2Y4 (MLKL_MOUSE).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.3M potassium formate, 13% PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX325HE / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月5日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→40 Å / Num. all: 39964 / Num. obs: 39125 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1 / Biso Wilson estimate: 14.97 Å2
反射 シェル解像度: 1.6→1.66 Å / % possible all: 86.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4M67

4m67


解像度: 1.696→27.916 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.34 / FOM work R set: 0.8515 / SU ML: 0.18 / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.95 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.216 1687 5.07 %random
Rwork0.1935 ---
all0.1947 33452 --
obs0.1947 33258 99.42 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 37.824 Å2 / ksol: 0.335 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 96.14 Å2 / Biso mean: 27.4528 Å2 / Biso min: 6.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.6264 Å20 Å22.8347 Å2
2---2.9249 Å20 Å2
3---7.7064 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.696→27.916 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2138 0 6 290 2434
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062226
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0243008
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063335
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009389
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.174862
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 12

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.6959-1.74580.27211570.24662473263094
1.7458-1.80220.26981520.23342588274099
1.8022-1.86660.24911240.210326562780100
1.8666-1.94130.21321250.204926312756100
1.9413-2.02960.18381290.198726442773100
2.0296-2.13660.21971550.201726302785100
2.1366-2.27040.21661340.195526432777100
2.2704-2.44560.23341370.202626502787100
2.4456-2.69150.22991490.201726372786100
2.6915-3.08050.20891390.200526532792100
3.0805-3.87950.19791640.173726472811100
3.8795-27.91940.20451220.174227192841100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -5.0801 Å / Origin y: 10.3438 Å / Origin z: -10.5902 Å
111213212223313233
T0.0284 Å20.0097 Å20.0002 Å2-0.0374 Å2-0.0047 Å2--0.0048 Å2
L2.0733 °2-0.3506 °20.0504 °2-1.6745 °2-0.1363 °2--0.887 °2
S0.0507 Å °0.2622 Å °0.0445 Å °-0.1703 Å °-0.0444 Å °-0.0757 Å °0.0223 Å °0.0813 Å °0.0053 Å °
精密化 TLSグループSelection details: ALL

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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