[日本語] English
万見
- PDB-4m5n: The Identification, Analysis and Structure-Based Development of N... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m5n
タイトルThe Identification, Analysis and Structure-Based Development of Novel Inhibitors of 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase
要素2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / FOLATE BIOSYNTHESIS / Diphosphotransferases / PTERIN / ATP binding / Inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / folic acid biosynthetic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能
7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase signature. / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase, HPPK / 7,8-Dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase HPPK superfamily / 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase (HPPK) / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / 6-amino-1,9-dihydro-2H-purine-2-thione / 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Yun, M. / Hoagland, D. / Kumar, G. / Waddell, B. / Rock, C.O. / Lee, R.E. / White, S.W.
引用ジャーナル: Bioorg.Med.Chem. / 年: 2014
タイトル: The identification, analysis and structure-based development of novel inhibitors of 6-hydroxymethyl-7,8-dihydropterin pyrophosphokinase.
著者: Yun, M.K. / Hoagland, D. / Kumar, G. / Waddell, M.B. / Rock, C.O. / Lee, R.E. / White, S.W.
履歴
登録2013年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月16日Group: Database references
改定 1.22014年6月11日Group: Non-polymer description
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
B: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,20210
ポリマ－36,7602
非ポリマー1,4428
水5,026279
1
A: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1015
ポリマ－18,3801
非ポリマー7214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,1015
ポリマ－18,3801
非ポリマー7214
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.305, 107.305, 41.795
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine pyrophosphokinase / 6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin pyrophosphokinase / PPPK / 7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin- ...6-hydroxymethyl-7 / 8-dihydropterin pyrophosphokinase / PPPK / 7 / 8-dihydro-6-hydroxymethylpterin-pyrophosphokinase / HPPK


分子量: 18380.008 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K12 / 遺伝子: folK, b0142, JW0138 / プラスミド: pET14b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P26281, 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase
#2: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-APC / DIPHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENOSYL ESTER / ALPHA,BETA-METHYLENEADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / α,β-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-CPP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-YH7 / 6-amino-1,9-dihydro-2H-purine-2-thione / 6-アミノ-7H-プリン-2-チオ-ル


分子量: 167.192 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H5N5S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 279 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.45 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M Sodium cacodylate, 1M tri-Sodium citrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年3月3日 / 詳細: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator
放射モノクロメーター: double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 35855 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.9 % / Rsym value: 0.104 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル解像度: 2→2.05 Å / 冗長度: 2.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2142 / Rsym value: 0.365 / % possible all: 82.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SERGUIデータ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M5M

4m5m


解像度: 2→35.124 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 19.5 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1918 1828 5.1 %Random
Rwork0.1594 ---
obs0.161 35827 98.28 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.86 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 40.6 Å2 / ksol: 0.374 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.1639 Å2-0 Å2-0 Å2
2--1.1639 Å2-0 Å2
3----2.3278 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35.124 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2560 0 88 279 2927
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082759
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.233805
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.7731029
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.078412
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005477
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05210.23481110.24522198X-RAY DIFFRACTION83
2.0521-2.11250.29271370.2112586X-RAY DIFFRACTION97
2.1125-2.18070.23591320.17882631X-RAY DIFFRACTION99
2.1807-2.25860.21591440.17022656X-RAY DIFFRACTION100
2.2586-2.3490.16991500.16412695X-RAY DIFFRACTION100
2.349-2.45590.21731440.16862644X-RAY DIFFRACTION100
2.4559-2.58540.21941420.16832643X-RAY DIFFRACTION100
2.5854-2.74730.20951480.16132669X-RAY DIFFRACTION100
2.7473-2.95930.21361420.16232663X-RAY DIFFRACTION100
2.9593-3.25690.19531440.1592654X-RAY DIFFRACTION100
3.2569-3.72780.18611400.14262659X-RAY DIFFRACTION100
3.7278-4.69480.1451440.13032666X-RAY DIFFRACTION100
4.6948-35.1240.1691500.16022635X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.53450.2118-0.07511.9887-0.60722.12640.0175-0.076-0.0901-0.0359-0.0639-0.18080.22720.22460.00220.1130.06430.00420.15090.00290.098836.106-22.1505-7.2342
21.34830.20140.09772.06770.60592.1120.0301-0.06550.0948-0.0133-0.07930.1761-0.2326-0.22730.00140.10990.0693-0.00470.1484-0.00780.097317.5751-8.830113.6691
30.0780.0901-0.08820.0988-0.09530.0966-0.03510.05760.0959-0.2835-0.1929-0.05530.30740.14210.29880.21610.06410.04180.29050.01540.221338.4409-22.2654-17.0547
40.35830.84910.07732.2817-0.18920.4788-0.0390.19420.0484-0.1008-0.1537-0.0517-0.1625-0.18570.20340.23020.0516-0.04580.2785-0.01180.18515.2313-8.71883.8205
50.00010.0001-0-0.00010.00010.0008-0.03120.0359-0.01330.03290.00570.00970.0162-0.0285-0.00040.12850.0021-0.01790.2789-0.05030.302343.2729-15.9893-8.8116
60.0001-0.00050.00010.00050.00020.0003-0.02610.02810.00170.0313-0.0107-0.0157-0.01850.0178-0.00170.1124-0.0060.00650.30110.03130.291210.3743-15.011212.0902
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID -1:158 )A-1 - 158
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN B AND RESID -1:158 )B-1 - 158
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 503:503 )A503
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN B AND RESID 203:203 )B203
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 504:504 )A504
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN B AND RESID 204:204 )B204

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る