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万見
- PDB-4m59: Crystal structure of the pentatricopeptide repeat protein PPR10 i... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m59
タイトルCrystal structure of the pentatricopeptide repeat protein PPR10 in complex with an 18-nt psaJ RNA element
要素
  • Chloroplast pentatricopeptide repeat protein 10
  • psaJ RNA
キーワードRNA BINDING PROTEIN/RNA / pentatricopeptide repeats / superhelical / RNA binding protein / RNA / RNA BINDING PROTEIN-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


mRNA stabilization / chloroplast stroma / mRNA processing / mRNA binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
PPR repeat / PPR repeat / PPR repeat family / Pentatricopeptide repeat domain / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Pentatricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / RNA / RNA (> 10) / Pentatricopeptide repeat-containing protein 10, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Yin, P. / Li, Q. / Yan, C. / Liu, Y. / Yan, N.
引用ジャーナル: Nature / 年: 2013
タイトル: Structural basis for the modular recognition of single-stranded RNA by PPR proteins.
著者: Yin, P. / Li, Q. / Yan, C. / Liu, Y. / Liu, J. / Yu, F. / Wang, Z. / Long, J. / He, J. / Wang, H.W. / Wang, J. / Zhu, J.K. / Shi, Y. / Yan, N.
履歴
登録2013年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年10月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年11月20日Group: Database references
改定 1.22013年12月18日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloroplast pentatricopeptide repeat protein 10
B: Chloroplast pentatricopeptide repeat protein 10
D: psaJ RNA
C: psaJ RNA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)169,8575
ポリマ－169,7624
非ポリマー951
水2,054114
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area13780 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area62850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.428, 83.428, 226.913
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質 Chloroplast pentatricopeptide repeat protein 10 / Pentatricopeptide repeat10


分子量: 79285.609 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 69-786 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: ppr10, ZEAMMB73_867042 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8Y6I0
#2: RNA鎖 psaJ RNA


分子量: 5595.259 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: This RNA oligo is synthesized by TAKARA company.
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 114 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 5

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% PEG 3350, 8% Tacsimate, 0.1M MES, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9067 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9067 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→40 Å / Num. all: 56165 / Num. obs: 54087 / % possible obs: 96.3 % / Observed criterion σ(F): 1 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 2.45→2.54 Å / % possible all: 98

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4M57

4m57


解像度: 2.46→39.87 Å / SU ML: 0.43 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.17 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 2744 5.08 %
Rwork0.26 --
obs0.261 54006 96.2 %
all-56121 -
溶媒の処理減衰半径: 0.98 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 57.81 Å2 / ksol: 0.28 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.1831 Å20 Å2-0 Å2
2--0.1831 Å2-0 Å2
3----2.8848 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→39.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10381 647 5 114 11147
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01511286
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.99915430
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.3724156
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071803
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061867
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4576-2.50.40211370.39772572X-RAY DIFFRACTION98
2.5-2.54540.43131230.39822612X-RAY DIFFRACTION98
2.5454-2.59440.37191300.38682641X-RAY DIFFRACTION98
2.5944-2.64730.38641390.39272550X-RAY DIFFRACTION98
2.6473-2.70490.3971390.37152613X-RAY DIFFRACTION98
2.7049-2.76780.37221410.37142603X-RAY DIFFRACTION97
2.7678-2.8370.37191200.3622584X-RAY DIFFRACTION97
2.837-2.91370.3961590.35592554X-RAY DIFFRACTION97
2.9137-2.99940.36211390.32952597X-RAY DIFFRACTION97
2.9994-3.09620.32941490.32362554X-RAY DIFFRACTION96
3.0962-3.20680.32661680.31962518X-RAY DIFFRACTION96
3.2068-3.33510.33541310.30442583X-RAY DIFFRACTION96
3.3351-3.48680.29711340.28472486X-RAY DIFFRACTION95
3.4868-3.67050.23171290.25462514X-RAY DIFFRACTION94
3.6705-3.90030.21721480.23962493X-RAY DIFFRACTION93
3.9003-4.20120.24891390.21042465X-RAY DIFFRACTION92
4.2012-4.62340.24031280.19972410X-RAY DIFFRACTION91
4.6234-5.29110.23481350.21672512X-RAY DIFFRACTION94
5.2911-6.66110.2921440.27522673X-RAY DIFFRACTION100
6.6611-39.87120.28631120.2132728X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.9442-0.6898-2.54153.14852.57924.98690.05230.01030.5480.16390.1522-0.0526-0.1557-0.2564-0.18880.29140.0875-0.08250.54530.06030.4279-33.408964.4765-14.1033
22.36410.26641.11870.6071-0.7442.8481-0.05910.08020.10390.20710.01430.3258-0.00060.14440.10.39750.1214-0.0240.4993-0.0850.552218.15461.6869-7.9505
31.20190.10711.29523.0332.18054.32930.39250.0332-0.64750.03760.08610.3210.47520.2717-0.43050.49380.1481-0.16680.8405-0.04830.71669.268822.74036.6413
40.76580.37070.64161.67121.83626.7562-0.1564-0.0651-0.10080.33920.060.07550.29690.05290.09350.36330.06830.01990.44340.03690.287635.496641.0835-2.5171
51.7161-0.2288-0.5336.71993.49683.2106-0.242-0.11550.0464-0.11140.2859-0.2991-0.3049-0.1534-0.03220.43110.1787-0.08440.72060.00610.412-16.403247.6207-1.9631
61.9095-2.05840.33543.32241.1064.29290.18070.25050.168-0.1125-0.1184-0.3168-0.5684-0.0228-0.07350.41830.0371-0.12020.5672-0.04221.0406-6.882885.7278-19.5306
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(CHAIN A AND RESID 74:277 )
2X-RAY DIFFRACTION2(CHAIN A AND RESID 348:548 )
3X-RAY DIFFRACTION3(CHAIN A AND RESID 595:748 )
4X-RAY DIFFRACTION4(CHAIN B AND RESID 72:277 )
5X-RAY DIFFRACTION5(CHAIN B AND RESID 350:548 )
6X-RAY DIFFRACTION6(CHAIN B AND RESID 595:748 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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