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- PDB-4m4v: Structural evaluation R171L mutant of the aspergillus fumigatus k... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m4v
タイトルStructural evaluation R171L mutant of the aspergillus fumigatus kdnase (sialidase)
要素Extracellular sialidase/neuraminidase, putative
キーワードHYDROLASE / KDNase
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-sialidase activity / ganglioside catabolic process / oligosaccharide catabolic process / exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / exo-alpha-sialidase / intracellular membrane-bounded organelle / membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
BNR repeat-like domain / Sialidase family / Sialidase / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / Neuraminidase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / NITRATE ION / Exo-alpha-sialidase
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus fumigatus (カビ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Telford, J.C. / Taylor, G.L.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Active site mutants of a fungal KDNase
著者: Yeung, J.Y. / Telford, J.C. / S Shidmoossavee, F. / Bennet, A.J. / Taylor, G.L. / Moore, M.M.
履歴
登録2013年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年9月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_struct_conn_angle ...chem_comp / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id ..._chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Extracellular sialidase/neuraminidase, putative
B: Extracellular sialidase/neuraminidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,30411
ポリマ－92,4652
非ポリマー8399
水21,4021188
1
A: Extracellular sialidase/neuraminidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,8557
ポリマ－46,2331
非ポリマー6226
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Extracellular sialidase/neuraminidase, putative
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4494
ポリマ－46,2331
非ポリマー2163
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.880, 57.970, 94.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.890, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 3分子 AB

#1: タンパク質 Extracellular sialidase/neuraminidase, putative


分子量: 46232.559 Da / 分子数: 2 / 変異: R171L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus fumigatus (カビ) / 株: ATCC MYA-4609 / Af293 / CBS 101355 / FGSC A1100 / 遺伝子: AFUA_4G13800 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4WQS0, exo-alpha-sialidase
#2: 糖 ChemComp-DAN / 2-DEOXY-2,3-DEHYDRO-N-ACETYL-NEURAMINIC ACID / Neu5Ac2en / N-アセチル-2,3-ジデヒドロ-2-デオキシ-α-ノイラミン酸


タイプ: D-saccharide / 分子量: 291.255 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H17NO8

-
非ポリマー , 4種, 1196分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.54 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 20% (w/v) PEG 3350, 0.2M sodium nitrate, pH 7, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2012年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.836→12.394 Å / Num. all: 70446 / Num. obs: 70446 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.3 % / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 13.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
1.84-1.943.60.2782.73584999620.27896.9
1.94-2.054.20.2153.54150197680.215100
2.05-2.194.30.164.73971591680.16100
2.19-2.374.40.1335.73744085420.133100
2.37-2.64.40.1037.43487478830.103100
2.6-2.94.50.0888.63231471840.088100
2.9-3.354.50.06311.62836662800.063100
3.35-4.114.50.04415.52447853820.044100
4.11-5.814.50.03617.21896041780.036100
5.81-12.3944.50.03915936420990.03989.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.16データスケーリング
REFMAC5.5.0109精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 2XCY

2xcy


解像度: 1.84→12.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.3 / SU B: 2.293 / SU ML: 0.071 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.126 / ESU R Free: 0.119 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1935 3535 5 %RANDOM
Rwork0.1539 ---
obs0.1559 70404 99.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 69.48 Å2 / Biso mean: 12.0909 Å2 / Biso min: 2.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.05 Å20 Å2-0.05 Å2
2--0.14 Å20 Å2
3----0.11 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.84→12.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5912 0 55 1188 7155
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0226223
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2011.9488470
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9155805
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.74623.093291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.39915966
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.1761558
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0790.2889
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214909
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.4961.53872
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.89826201
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.41832351
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.3284.52252
LS精密化 シェル解像度: 1.836→1.883 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.268 248 -
Rwork0.211 4507 -
all-4755 -
obs--93.55 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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