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万見
- PDB-4m4g: Crystal structure of ligand binding domain of CysB, a LysR member... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m4g
タイトルCrystal structure of ligand binding domain of CysB, a LysR member from Salmonella typhimurium LT2 in complex with effector ligand, N-acetylserine.
要素HTH-type transcriptional regulator CysB
キーワードGENE REGULATION / wHTH motif/ PBP type II alpha/beta fold / Rossmann fold / LTTR / Transcriptional Regulation / O-acetyl serine / N-acetyl serine binding / DNA binding / Cytoplasmic
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine biosynthetic process / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / N-ACETYL-SERINE / HTH-type transcriptional regulator CysB
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Mittal, M. / Singh, A.K. / Kumaran, S.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of ligand binding domain of CysB, a LysR member from Salmonella typhimurium LT2 in complex with effector ligand, N-acetylserine
著者: Mittal, M. / Singh, A.K. / Kumaran, S.
履歴
登録2013年8月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年8月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HTH-type transcriptional regulator CysB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,9194
ポリマ－27,5181
非ポリマー4003
水1086
1
A: HTH-type transcriptional regulator CysB
ヘテロ分子

A: HTH-type transcriptional regulator CysB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,8378
ポリマ－55,0362
非ポリマー8016
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_554-x,y,-z-1/21
Buried area2760 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area20770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.736, 74.300, 104.732
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-403-

PEG

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要素

#1: タンパク質 HTH-type transcriptional regulator CysB / Cys regulon transcriptional activator


分子量: 27518.223 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: IPTG Inducible
由来: (組換発現) Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhimurium (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: cysB, STM1713 / プラスミド: Pet28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P06614
#2: 化合物 ChemComp-SAC / N-ACETYL-SERINE / N-アセチル-L-セリン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 2 / 断片: SAC / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 断片: PEG / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.73 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 30%(w/v) PEG8000, 0.1M Sodium cacodylate, 0.2M Sodium acetate trihydrate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E+ SUPERBRIGHT / 波長: 1.5417 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年7月24日 / 詳細: MSC/Yale double focusing mirrors
放射モノクロメーター: Graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5417 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→50 Å / Num. all: 30495 / Num. obs: 30495 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.069 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 22.67

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→26.183 Å / SU ML: 0.4 / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 28.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2755 299 4.66 %Random
Rwork0.2194 ---
obs0.2219 6422 99.35 %-
all-6422 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→26.183 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1833 0 27 6 1866
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051902
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8872597
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.548659
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004334
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 2 / % reflection obs: 99 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork
2.7-3.40010.35741500.25713003
3.4001-26.18420.24651490.20663120

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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