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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m4f | ||||||
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タイトル | Radiation damage study of Cu T6-insulin - 0.01 MGy | ||||||
![]() | (Insulin) x 2 | ||||||
![]() | HORMONE / Copper binding | ||||||
機能・相同性 | ![]() estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate ...estradiol secretion / negative regulation of lactation / positive regulation of blood circulation / glucose import in response to insulin stimulus / positive regulation of cell maturation / positive regulation of lactation / response to L-arginine / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / negative regulation of appetite / response to butyrate / feeding behavior / response to growth hormone / response to food / positive regulation of Rho protein signal transduction / positive regulation of peptide hormone secretion / protein secretion / negative regulation of lipid catabolic process / response to glucose / response to nutrient levels / positive regulation of protein secretion / insulin receptor binding / positive regulation of insulin secretion / hormone activity / glucose metabolic process / glucose homeostasis / response to heat / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / positive regulation of gene expression / negative regulation of apoptotic process / extracellular space / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Frankaer, C.G. / Harris, P. / Stahl, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Towards accurate structural characterization of metal centres in protein crystals: the structures of Ni and Cu T6 bovine insulin derivatives. 著者: Frankaer, C.G. / Mossin, S. / Stahl, K. / Harris, P. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 438.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 438.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 8.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2339.645 Da / 分子数: 2 / 断片: Insulin A chain (UNP residues 85-105) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 3403.927 Da / 分子数: 2 / 断片: Insulin B chain (UNP residues 25-54) / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) ![]() ![]() #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.35 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 詳細: 0.05M sodium citrate, 15%(v/v) acetone, 7.5mM copper(II)acetate, pH 7.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: AGILENT ATLAS CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月27日 |
放射 | モノクロメーター: Multilayered mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.9→16.83 Å / Num. all: 6472 / Num. obs: 6358 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): -2 / Observed criterion σ(I): -3 |
反射 シェル | 解像度: 1.9→1.97 Å / % possible all: 99.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.9→16.279 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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