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- PDB-4m3m: Influenza Neuraminidase in complex with a stereomutated analogue ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m3m
タイトルInfluenza Neuraminidase in complex with a stereomutated analogue of Oseltamivir carboxylate
要素Neuraminidaseノイラミニダーゼ
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / Sialidase (ノイラミニダーゼ) / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


exo-alpha-(2->3)-sialidase activity / exo-alpha-(2->6)-sialidase activity / exo-alpha-(2->8)-sialidase activity / ノイラミニダーゼ / viral budding from plasma membrane / carbohydrate metabolic process / host cell plasma membrane / virion membrane / 生体膜 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 34 / ノイラミニダーゼ / Neuraminidase - #10 / Sialidase superfamily / 6 Propeller / ノイラミニダーゼ / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-22N / ノイラミニダーゼ / ノイラミニダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Kerry, P.S.
引用ジャーナル: Org.Biomol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Synthesis, structure and inhibitory activity of a stereoisomer of oseltamivir carboxylate.
著者: Sartori, A. / Dell'amico, L. / Battistini, L. / Curti, C. / Rivara, S. / Pala, D. / Kerry, P.S. / Pelosi, G. / Casiraghi, G. / Rassu, G. / Zanardi, F.
履歴
登録2013年8月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,6684
ポリマ－43,1231
非ポリマー5463
水7,710428
1
A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子

A: Neuraminidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)174,67316
ポリマ－172,4904
非ポリマー2,18312
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_465-x-1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_565-y,x+1,z1
crystal symmetry operation4_455y-1,-x,z1
Buried area17030 Å2
ΔGint-113 kcal/mol
Surface area45360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.832, 90.832, 111.987
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-763-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Neuraminidase / ノイラミニダーゼ


分子量: 43122.520 Da / 分子数: 1 / 断片: unp residues 80-469 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
株: A/Duck/Ukraine/1/1963 (H3N8) / 参照: UniProt: Q0A480, UniProt: Q07599*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-22N / (3R,4S,5S)-4-(acetylamino)-5-amino-3-(pentan-3-yloxy)cyclohex-1-ene-1-carboxylic acid / stereomutated oseltamivir carboxylate / (3R)-3β-(1-エチルプロポキシ)-4β-(アセチルアミノ)-5β-アミノ-1-シクロヘキセン-1-カルボン酸


分子量: 284.351 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H24N2O4
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン / N-アセチルグルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.07 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1M MES, 0.2M MgCl2, 10% PEG 4000, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

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データ収集

放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2013年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 23659 / % possible obs: 89.24 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Biso Wilson estimate: 23.58 Å2

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.3位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→24.578 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.21 / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 26.06 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2155 1777 7.56 %
Rwork0.1739 --
obs0.1769 23507 88.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 68.31 Å2 / Biso mean: 19.386 Å2 / Biso min: 6.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→24.578 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3022 0 35 428 3485
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073143
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1474253
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.077454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005550
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.211121
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 13

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0998-2.15660.3095880.2321921100950
2.1566-2.220.2634930.21021129122260
2.22-2.29160.24611100.19871339144971
2.2916-2.37340.27891290.19981553168283
2.3734-2.46840.28971420.1931781192396
2.4684-2.58060.23741580.20071890204899
2.5806-2.71650.26431490.20791852200199
2.7165-2.88650.23781500.19611851200199
2.8865-3.10890.23291510.19191856200798
3.1089-3.4210.21681480.17241892204099
3.421-3.91440.15261540.1518782032100
3.9144-4.92520.17021530.13671865201898
4.9252-24.57970.21251520.164919232075100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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