+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m3i | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | X-ray crystal structure of the ruthenium complex [Ru(TAP)2(dppz-{Me2})]2+ bound to d(CCGGTACCGG) | ||||||
![]() | Synthetic DNA CCGGTACCGG | ||||||
![]() | DNA / Intercalation / Semi-intercalation / minor-groove binder / light-switch / bending / kinking | ||||||
機能・相同性 | : / Chem-RML / DNA![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Niyazi, H. / Teixeira, S. / Mitchell, E. / Forsyth, T. / Cardin, C. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: X-ray crystal structure of the ruthenium complex [Ru(TAP)2(dppz-{Me2})]2+ bound to d(CCGGTACCGG) 著者: Niyazi, H. / Teixeira, S. / Mitchell, E. / Forsyth, T. / Cardin, C. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 19.2 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 12.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1021.6 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 4.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 5.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||||||
単位格子 |
| ||||||||||||
Components on special symmetry positions |
|
-
要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3045.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: Purchased Synthetic Construct | ||||
---|---|---|---|---|---|
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-BA / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.68 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 10ul drop containing 1ul of 4mM-[Ru(TAP)2(dppz-{Me2})]2+, 1ul of 1 mM d(CCGGTACCGG)2, and a 8ul addition containing 12mM spermine, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, 40mM sodium cacodylate pH 7.0, ...詳細: 10ul drop containing 1ul of 4mM-[Ru(TAP)2(dppz-{Me2})]2+, 1ul of 1 mM d(CCGGTACCGG)2, and a 8ul addition containing 12mM spermine, 10% 2-methyl-2,4-pentanediol, 40mM sodium cacodylate pH 7.0, 80mM NaCl and 20mM BaCl2. This was equilibrated against 1ml of 35% 2-methyl-,4-pantanediol. , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年7月10日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0332 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→53.28 Å / Num. obs: 3114 / Observed criterion σ(I): 2 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]()
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 53.991 Å2
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→37.67 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Total num. of bins used: 20
|