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- PDB-6qjs: Crystal structure of a DNA dodecamer containing a tetramethylpipe... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qjs
タイトルCrystal structure of a DNA dodecamer containing a tetramethylpiperidinoxyl (nitroxide) spin label
要素DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*(S6M)P*GP*CP*G)-3')
キーワードDNA / Nitroxide / Spin label / Tetramethylpiperidinoxyl
機能・相同性COBALT HEXAMMINE(III) / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Hardwick, J.S. / Haugland, M.M. / Ptchelkine, D. / Brown, T. / Anderson, E.E.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/M019195/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/J001694/1 英国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2020
タイトル: 2'-Alkynyl spin-labelling is a minimally perturbing tool for DNA structural analysis.
著者: Hardwick, J.S. / Haugland, M.M. / El-Sagheer, A.H. / Ptchelkine, D. / Beierlein, F.R. / Lane, A.N. / Brown, T. / Lovett, J.E. / Anderson, E.A.
履歴
登録2019年1月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年2月24日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*(S6M)P*GP*CP*G)-3')
B: DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*(S6M)P*GP*CP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,3866
ポリマ－7,7412
非ポリマー6444
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1830 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area4820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.999, 42.999, 97.493
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*CP*AP*AP*AP*TP*TP*(S6M)P*GP*CP*G)-3')


分子量: 3870.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物
ChemComp-NCO / COBALT HEXAMMINE(III)


分子量: 161.116 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CoH18N6
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.4 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Potassium chloride (10 mM), sodium chloride (80 mM), magnesium chloride (20 mM), sodium cacodylate (40 mM, pH 5.5), MPD (35% v/v), Hexammine cobalt(III) chloride (2 mM)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年1月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.481
11-h,-k,l20.519
反射解像度: 1.8→37.24 Å / Num. obs: 9926 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.8→1.83 Å / Rmerge(I) obs: 0.589

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0218精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1s2r

1s2r


解像度: 1.8→37.24 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.883 / SU B: 1.849 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.022 / ESU R Free: 0.023 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25138 555 5.6 %RANDOM
Rwork0.21307 ---
obs0.21532 9365 96.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 33.733 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.14 Å20 Å20 Å2
2--10.14 Å20 Å2
3----20.29 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→37.24 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 484 28 7 519
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.012566
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.02354
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6721.54882
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2873804
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1190.276
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.030.02278
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8473.498566
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8443.499567
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.2055.221883
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.36632.765744
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.36632.77744
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.797→1.843 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.213 32 -
Rwork0.252 657 -
obs--94.13 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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