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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4m2x | ||||||
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タイトル | Mycobacterium tuberculosis dihydrofolate reductase complexed with trimetrexate (TMQ) | ||||||
![]() | Dihydrofolate reductase | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE/OXIDOREDUCTASE INHIBITOR / Structural Genomics / TB Structural Genomics Consortium / TBSGC / reductase / NADPH binding / Hydride transfer / OXIDOREDUCTASE-OXIDOREDUCTASE INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() glycine biosynthetic process / NADP+ binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Jung, H. / Sacchettini, J.C. / TB Structural Genomics Consortium (TBSGC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Selective inhibitors for dihydrofolate reductase from mycobacterium tuberculosis 著者: Jung, H. / Sacchettini, J.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 147.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 116.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ACEG
#1: タンパク質 | 分子量: 17943.271 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: folA, dfrA, Rv2763c, MT2833, MTV002.28c / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: P0A546, UniProt: P9WNX1*PLUS, dihydrofolate reductase |
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-非ポリマー , 5種, 129分子 ![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/TMQ.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/TMQ.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/PO4.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-NDP / #3: 化合物 | ChemComp-TMQ / #4: 化合物 | ChemComp-ACT / #5: 化合物 | ChemComp-PO4 / | #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.17 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.37 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: 15% PEG 6000, 100 mM sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 120 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月18日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: graphite / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.542 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.26→67.7 Å / Num. obs: 27037 / % possible obs: 95.7 % / Observed criterion σ(F): 3 / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 1.96 % / Biso Wilson estimate: 32.928 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.069 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 7.2 / Scaling rejects: 400 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | Bsol: 45.869 Å2 / ksol: 0.411 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 73.88 Å2 / Biso mean: 32.8138 Å2 / Biso min: 17.35 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→30.8564 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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