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- PDB-4m0x: Crystal structure of 2-chloromuconate cycloisomerase from Rhodoco... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m0x
タイトルCrystal structure of 2-chloromuconate cycloisomerase from Rhodococcus opacus 1CP
要素Chloromuconate cycloisomerase
キーワードISOMERASE / chloromuconate
機能・相同性
機能・相同性情報


chloromuconate cycloisomerase activity / muconate cycloisomerase activity / catabolic process / manganese ion binding
類似検索 - 分子機能
Muconate/chloromuconate cycloisomerase / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal ...Muconate/chloromuconate cycloisomerase / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Chloromuconate cycloisomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus opacus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Ferraroni, M. / Kolomytseva, M.
引用ジャーナル: Biochim.Biophys.Acta / 年: 2014
タイトル: Structural basis for the substrate specificity and the absence of dehalogenation activity in 2-chloromuconate cycloisomerase from Rhodococcus opacus 1CP.
著者: Kolomytseva, M. / Ferraroni, M. / Chernykh, A. / Golovleva, L. / Scozzafava, A.
履歴
登録2013年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Chloromuconate cycloisomerase
B: Chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,5655
ポリマ－79,4202
非ポリマー1453
水3,459192
1
A: Chloromuconate cycloisomerase
B: Chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子

A: Chloromuconate cycloisomerase
B: Chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子

A: Chloromuconate cycloisomerase
B: Chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子

A: Chloromuconate cycloisomerase
B: Chloromuconate cycloisomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,26220
ポリマ－317,6808
非ポリマー58112
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation3_545-y+1/2,x-1/2,z1
crystal symmetry operation4_555y+1/2,-x+1/2,z1
Buried area23410 Å2
ΔGint-172 kcal/mol
Surface area91290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.110, 121.110, 110.560
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-501-

HOH

21A-603-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Chloromuconate cycloisomerase


分子量: 39710.031 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Rhodococcus opacus (バクテリア) / 株: 1CP / 参照: UniProt: Q8G9L1
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 192 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8
詳細: 15% PEG 8000, pH 8.0, vapor diffusion, temperature 296K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X12 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2008年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→28.706 Å / Num. all: 25628 / Num. obs: 25628 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 6.7 % / Rsym value: 0.135 / Net I/σ(I): 9.6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique allRsym value% possible all
2.6-2.746.70.4941.52478736910.49499.8
2.74-2.916.70.3652.12359635050.36599.8
2.91-3.116.80.25232226332920.25299.7
3.11-3.366.80.1694.42081530720.16999.5
3.36-3.686.80.1186.11922628430.11899.5
3.68-4.116.80.0947.11746425800.09499.3
4.11-4.756.70.0927.11543122880.09299.2
4.75-5.816.70.1324.71303319500.13298.6
5.81-8.226.60.097.11004215310.0998.5
8.22-29.2026.20.04811.954118760.04895.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation2.75 Å19.97 Å
Translation2.75 Å19.97 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.9データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1muc

1muc


解像度: 2.7→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / WRfactor Rfree: 0.2512 / WRfactor Rwork: 0.165 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8102 / SU B: 13.178 / SU ML: 0.265 / SU Rfree: 0.3688 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.369 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.265 1152 5 %RANDOM
Rwork0.1767 ---
obs0.1811 22931 98.71 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso max: 94.53 Å2 / Biso mean: 37.3434 Å2 / Biso min: 6.88 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.46 Å20 Å2-0 Å2
2---2.46 Å20 Å2
3---4.91 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5346 0 3 192 5541
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.0195442
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7031.9737411
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6315727
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.4723.85200
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.91415862
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.4381539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2869
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.0214085
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3613.6832917
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.7845.5183641
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.73.8042525
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.769 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.386 84 -
Rwork0.291 1559 -
all-1643 -
obs--99.64 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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