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- PDB-1mdl: MANDELATE RACEMASE MUTANT K166R CO-CRYSTALLIZED WITH (R)-MANDELATE -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1mdl
タイトルMANDELATE RACEMASE MUTANT K166R CO-CRYSTALLIZED WITH (R)-MANDELATE
要素MANDELATE RACEMASE
キーワードISOMERASE / MANDELATE PATHWAY / MAGNESIUM
機能・相同性
機能・相同性情報


mandelate racemase / mandelate racemase activity / mandelate catabolic process / amino acid catabolic process / hydro-lyase activity / carbohydrate catabolic process / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
Mandelate racemase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / : / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like ...Mandelate racemase / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 2. / : / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme family signature 1. / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, conserved site / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, N-terminal domain / Mandelate racemase/muconate lactonizing enzyme, C-terminal / Mandelate racemase / muconate lactonizing enzyme, C-terminal domain / Enolase C-terminal domain-like / Enolase C-terminal domain-like / Enolase-like C-terminal domain / Enolase-like, N-terminal domain / Enolase-like, N-terminal / Enolase-like, C-terminal domain superfamily / Enolase-like; domain 1 / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(R)-MANDELIC ACID / (S)-MANDELIC ACID / Mandelate racemase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Clifton, J.G. / Petsko, G.A.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 1995
タイトル: Mechanism of the reaction catalyzed by mandelate racemase: structure and mechanistic properties of the K166R mutant.
著者: Kallarakal, A.T. / Mitra, B. / Kozarich, J.W. / Gerlt, J.A. / Clifton, J.G. / Petsko, G.A. / Kenyon, G.L.
#1: ジャーナル: Biochemistry / 年: 1991
タイトル: Mechanism of the Reaction Catalyzed by Mandelate Racemase. 2. Crystal Structure of Mandelate Racemase at 2.5-A Resolution: Identification of the Active Site and Possible Catalytic Residues
著者: Neidhart, D.J. / Howell, P.L. / Petsko, G.A. / Powers, V.M. / Li, R.S. / Kenyon, G.L. / Gerlt, J.A.
#2: ジャーナル: Nature / 年: 1990
タイトル: Mandelate Racemase and Muconate Lactonizing Enzyme are Mechanistically Distinct and Structurally Homologous
著者: Neidhart, D.J. / Kenyon, G.L. / Gerlt, J.A. / Petsko, G.A.
履歴
登録1996年3月29日処理サイト: BNL
改定 1.01996年10月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月24日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年11月29日Group: Derived calculations / Other
カテゴリ: pdbx_database_status / struct_conf / struct_conf_type
Item: _pdbx_database_status.process_site
改定 1.42018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: struct_ref_seq_dif / Item: _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MANDELATE RACEMASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9594
ポリマ－38,6311
非ポリマー3293
水3,099172
1
A: MANDELATE RACEMASE
ヘテロ分子
x 8


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)311,67432
ポリマ－309,0458
非ポリマー2,62924
水1448
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,-y,-z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
crystal symmetry operation3_555-y,x,z1
crystal symmetry operation4_555y,-x,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
crystal symmetry operation5_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation2_555-x,-y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)125.320, 125.320, 106.420
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Space group name H-MI422

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要素

#1: タンパク質 MANDELATE RACEMASE


分子量: 38630.609 Da / 分子数: 1 / 変異: K166R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 解説: TRC PROMOTER / 遺伝子: MANDELATE RACEMASE / プラスミド: PKT230 / 遺伝子 (発現宿主): MANDELATE RACEMASE / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P11444, mandelate racemase
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-RMN / (R)-MANDELIC ACID / (R)-(-)-マンデル酸


分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3
#4: 化合物 ChemComp-SMN / (S)-MANDELIC ACID / (S)-マンデル酸


分子量: 152.147 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 172 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
構成要素の詳細THIS IS THE STRUCTURE OF THE MANDELATE RACEMASE MUTANT LYSINE 166 -> ARGININE CO-CRYSTALLIZED WITH ...THIS IS THE STRUCTURE OF THE MANDELATE RACEMASE MUTANT LYSINE 166 -> ARGININE CO-CRYSTALLIZED WITH THE SUBSTRATE (R)-MANDELIC ACID. THE SUBSTRATE THAT IS BOUND AT THE ACTIVE SITE IS RESIDUE 399 FOR CONSISTENCY WITH THE NOMENCLATURE OF PREVIOUS MANDELATE RACEMASE STRUCTURES. IT HAS THE RESIDUE NAME SMN BECAUSE IT IS THE (S)-ISOMER. THE (S)-ENANTIOMER PRESUMABLY AROSE FROM THE SLOW RACEMIZATION OF (R)-MANDELATE. THERE IS A SECOND SUBSTRATE MOLECULE IN THE STRUCTURE; IT IS LOCATED IN THE REGION LEADING TO THE ACTIVE SITE. THIS MOLECULE IS THE (R)-STEREOISOMER. IT IS RESIDUE 398 AND, BY ANALOGY, HAS THE RESIDUE NAME RMN.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
結晶化
*PLUS
pH: 7.5 / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Mitra, B., (1995) Biochemistry, 34, 2777.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
150 mMTris1drop
210 mM1dropMgCl2
350 mM(S)-atrolactate1drop
45 mMatrolactate1drop
530 %1reservoirNH4(SO4)2
63 %(v/v)acetone1reservoir

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データ収集

放射光源波長: 1.5418
検出器タイプ: SIEMENS / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 1992年11月12日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射Num. obs: 33438 / % possible obs: 90.5 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.11
反射
*PLUS
最高解像度: 1.85 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
TNT精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化解像度: 1.85→20 Å / σ(F): 1 /
Rfactor反射数
Rwork0.184 -
obs-32004
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2700 0 23 172 2895
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealWeight数
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0190.02
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3.133758
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d241644
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes0.020.0260
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes0.0210.02406
X-RAY DIFFRACTIONt_it0.0832409
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0.0830.110
ソフトウェア
*PLUS
名称: TNT / 分類: refinement
精密化
*PLUS
Rfactor obs: 0.184
溶媒の処理
*PLUS
原子変位パラメータ
*PLUS
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev idealWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_deg24
X-RAY DIFFRACTIONt_planar_d0.020.02
X-RAY DIFFRACTIONt_plane_restr0.0210.02

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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