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万見
- PDB-4m0i: CRYSTAL STRUCTURE OF SYNTHETIC HIV-1 CAPSID C-TERMINAL DOMAIN (CT... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4m0i
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF SYNTHETIC HIV-1 CAPSID C-TERMINAL DOMAIN (CTD) C198S mutant
要素HIV-1 CAPSID PROTEIN
キーワードVIRAL PROTEIN / HIV-1 CAPSID / CORE PROTEIN / HIV-1 CAPSID C-TERMINAL DOMAIN / AIDS
機能・相同性
機能・相同性情報


viral process / viral capsid
類似検索 - 分子機能
Retrovirus capsid C-terminal domain / Non-ribosomal Peptide Synthetase Peptidyl Carrier Protein; Chain A / : / gag protein p24 N-terminal domain / Retroviral nucleocapsid Gag protein p24, C-terminal domain / Gag protein p24 C-terminal domain / Retrovirus capsid, C-terminal / Retrovirus capsid, N-terminal / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Howell, K. / Tolbert, W.D. / Pazgier, M. / Lu, W.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Molecular basis of disulfide bonding-regulated HIV-1 capsid assembly
著者: Howell, K. / Li, C. / Tolbert, W.D. / Beckett, D. / Pazgier, M. / Lu, W.
履歴
登録2013年8月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年12月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 650HELIX DETERMINATION METHOD: AUTHOR DETERMINED

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,5151
ポリマ－9,5151
非ポリマー00
水362
1
A: HIV-1 CAPSID PROTEIN

A: HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0302
ポリマ－19,0302
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555-x,-y,z1
Buried area1430 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area8360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.001, 59.001, 61.176
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number80
Space group name H-MI41

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要素

#1: タンパク質 HIV-1 CAPSID PROTEIN


分子量: 9514.855 Da / 分子数: 1 / 断片: C-TERMINAL DOMAIN, residues 146-231 / 変異: C198S / 由来タイプ: 合成
詳細: This sequence is the HIV-1 CAPSID C-TERMINAL DOMAIN with the cysteine 198 to serine mutation
由来: (合成) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
参照: UniProt: Q71B91
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 2 M ammonium sulfate, 100 mM sodium cacodylate pH 6.5, and 200 mM sodium chloride, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 294K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL7-1 / 波長: 0.9753 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月4日 / 詳細: RH COATED FLAT MIRROR
放射モノクロメーター: SI(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9753 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 2648 / % possible obs: 99.1 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 30.7
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.669 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / % possible all: 99.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LRY

3lry


解像度: 2.8→30.61 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 25.209 / SU ML: 0.42 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 1.086 / ESU R Free: 0.4 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29379 117 4.5 %RANDOM
Rwork0.236 ---
all0.23893 2508 --
obs0.23893 2486 99.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 94.951 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.52 Å20 Å20 Å2
2--0.52 Å2-0 Å2
3----1.04 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→30.61 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数565 0 0 2 567
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.02574
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5731.979775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.755570
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg43.51925.18527
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg20.8915108
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg24.233154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.287
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021428
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it7.3929.225283
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it11.63113.83352
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.4359.636291
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined17.887.1572357
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.526 9 -
Rwork0.404 184 -
obs--99.48 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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