PDB-4m0g: The crystal structure of an adenylosuccinate synthetase from Baci...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4m0g

タイトル

The crystal structure of an adenylosuccinate synthetase from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor.

要素

Adenylosuccinate synthetase

キーワード

LIGASE / structural genomics / The Center for Structural Genomics of Infectious Diseases / CSGID

機能・相同性

機能・相同性情報

adenylosuccinate synthase / adenylosuccinate synthase activity / IMP metabolic process / 'de novo' AMP biosynthetic process / GTP binding / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus anthracis (炭疽菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

多波長異常分散 / 解像度: 2.152 Å

データ登録者

Tan, K. / Zhou, M. / Zhang, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) / Center for Structural Genomics of Infectious Diseases (CSGID)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of an adenylosuccinate synthetase from Bacillus anthracis str. Ames Ancestor.
著者: Tan, K. / Zhou, M. / Zhang, R. / Kwon, K. / Anderson, W.F. / Joachimiak, A.

履歴

登録	2013年8月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年8月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月30日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4m0g.cif.gz	335.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4m0g.ent.gz	273.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4m0g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/4m0g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/m0/4m0g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	3ue9-2 1nht-1 1ch8-2 1cib-2 4dqp-1 4m9d-d 3lv2-d 1kkf-1 2bwn-2 5te2-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetTrack: CSGID-IDP01765

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Adenylosuccinate synthetase

B: Adenylosuccinate synthetase

ヘテロ分子

96 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.498, 76.498, 342.797
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

詳細

Experimentally unknown. It is predicted that chains A and B form a dimer.

#1: タンパク質	Adenylosuccinate synthetase / AMPSase / AdSS / IMP--aspartate ligase 分子量: 47977.211 Da / 分子数: 2 / 変異: Y370C / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus anthracis (炭疽菌) / 株: Ames Ancestor / 遺伝子: BAS5320, BA_5716, GBAA_5716, purA / プラスミド: pMCSG7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)magic / 参照: UniProt: Q81JI9, adenylosuccinate synthase
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 273 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.93 %
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 詳細: 25% (w/v) PEG1500, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 289K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97940, 0.97957

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2009年4月6日 / 詳細: mirror

放射

モノクロメーター: Si 111 crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.9794	1
2	0.97957	1

反射

解像度: 2.15→46 Å / Num. all: 55297 / Num. obs: 55297 / % possible obs: 97.3 % / Observed criterion σ(F): -5 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 9.1 % / R_merge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 40.2

反射シェル

解像度: 2.15→2.19 Å / 冗長度: 8.8 % / R_merge(I) obs: 0.643 / Mean I/σ(I) obs: 4.3 / Num. unique all: 2781 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
SBC-Collect		データ収集
SHELXD		位相決定
MLPHARE		位相決定
直接法		モデル構築
ARP		モデル構築
WARP		モデル構築
HKL-3000		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
直接法		位相決定

精密化

構造決定の手法:

多波長異常分散 / 解像度: 2.152→45.742 Å / SU ML: 0.25 / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.243	2804	5.1 %	random
R_work	0.1915	-	-	-
all	0.1942	54941	-	-
obs	0.1942	54941	96.89 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.152→45.742 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6403	0	1	273	6677

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6517
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.037	8837
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.087	2370
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.07	1010
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1152

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.1519-2.189	0.3071	129	0.2371	2611	X-RAY DIFFRACTION	98
2.189-2.2288	0.2964	140	0.2295	2568	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2288-2.2717	0.3286	159	0.2216	2593	X-RAY DIFFRACTION	99
2.2717-2.318	0.3403	138	0.223	2646	X-RAY DIFFRACTION	99
2.318-2.3684	0.2822	134	0.2141	2580	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3684-2.4235	0.2492	124	0.2113	2623	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4235-2.4841	0.2778	136	0.2085	2647	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4841-2.5513	0.2831	140	0.2035	2624	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5513-2.6263	0.2711	115	0.2139	2636	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6263-2.7111	0.2975	148	0.2187	2594	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7111-2.808	0.26	148	0.2153	2627	X-RAY DIFFRACTION	99
2.808-2.9204	0.2761	140	0.2127	2638	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9204-3.0533	0.3246	142	0.2175	2647	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0533-3.2142	0.2795	131	0.2145	2644	X-RAY DIFFRACTION	98
3.2142-3.4155	0.2346	142	0.1971	2643	X-RAY DIFFRACTION	98
3.4155-3.6791	0.2159	136	0.172	2665	X-RAY DIFFRACTION	98
3.6791-4.0492	0.2104	135	0.1537	2541	X-RAY DIFFRACTION	93
4.0492-4.6346	0.1787	149	0.1539	2399	X-RAY DIFFRACTION	88
4.6346-5.8373	0.2008	157	0.1745	2488	X-RAY DIFFRACTION	89
5.8373-45.7528	0.2603	161	0.2028	2723	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7027	-0.1503	0.0993	1.7782	-0.2316	1.3009	0.0968	0.078	-0.564	-0.2841	-0.0541	-0.0247	0.5956	-0.1255	-0.0494	0.5548	0.0007	0.0316	0.2911	-0.0082	0.369	12.3403	-2.9835	19.3254
2	1.7221	-0.8526	0.5581	2.4736	1.5679	4.3355	-0.005	-0.1072	-0.1241	0.1592	-0.0503	-0.1088	0.2508	0.0731	0.094	0.3467	-0.0006	0.0587	0.2577	0.0536	0.316	26.4637	8.1717	34.4789
3	1.9195	0.3458	-0.4915	1.7251	-0.723	2.033	0.0335	0.0401	-0.2284	-0.1642	0.1727	0.4524	0.4988	-0.4793	-0.1698	0.4651	-0.0951	-0.0234	0.3388	0.0311	0.4536	-7.3606	-2.8804	28.0093
4	4.5708	-0.6315	-1.3498	2.8555	0.3644	2.7766	0.1894	-0.0163	0.4333	0.0037	-0.0312	0.1793	-0.6467	-0.3202	-0.1552	0.5034	0.0596	0.0489	0.4198	0.0776	0.456	0.4662	31.22	19.1725
5	1.391	-0.6973	-0.1074	2.6619	1.1567	3.3346	-0.0307	0.0727	0.5374	-0.0217	0.0627	-0.0636	-0.4463	-0.0853	-0.0796	0.4884	0.0393	0.1129	0.4723	-0.0085	0.5256	-2.7589	32.7438	34.3607
6	3.2555	-0.8887	0.8152	1.4179	-0.4485	1.4257	0.0282	-0.2598	0.0895	0.4392	-0.0103	0.084	-0.045	-0.1814	0.0057	0.5751	-0.0097	0.1228	0.3752	-0.0358	0.3594	6.7866	20.5547	47.1745
7	1.2048	0.0759	-0.3441	0.8856	-0.186	1.767	0.0297	0.0131	0.1502	0.0273	0.0266	0.1392	-0.2982	-0.0947	-0.0735	0.412	0.035	0.0213	0.2626	-0.0194	0.3105	10.1667	31.0382	14.0003

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 0 through 106 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 107 through 199 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 200 through 429 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 1 through 26 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 27 through 89 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 90 through 199 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 200 through 428 )

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