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- PDB-4lzj: Crystal Structure of MurQ from H.influenzae with bound inhibitor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lzj
タイトルCrystal Structure of MurQ from H.influenzae with bound inhibitor
要素N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / Alpha-Beta-Alpha sandwich / MurQ / YfeU / Protein-Ligand complex / NAD(P)/FAD-binding Rossmann fold / D-muramitol 6-phosphate / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase / amino sugar catabolic process / N-acetylmuramic acid catabolic process / 1,6-anhydro-N-acetyl-beta-muramic acid catabolic process / ether hydrolase activity / carbon-oxygen lyase activity / peptidoglycan turnover / carbohydrate derivative binding
類似検索 - 分子機能
N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase MurQ / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1080 / Glucokinase regulatory protein, conserved site / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase/glucokinase regulatory protein / C-terminal lid domain of glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein N-terminal SIS domain / Glucokinase regulatory protein family signature. / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. ...N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase MurQ / Helicase, Ruva Protein; domain 3 - #1080 / Glucokinase regulatory protein, conserved site / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase/glucokinase regulatory protein / C-terminal lid domain of glucokinase regulatory protein / Glucokinase regulatory protein N-terminal SIS domain / Glucokinase regulatory protein family signature. / SIS domain / SIS domain / SIS domain profile. / SIS domain superfamily / Glucose-6-phosphate isomerase like protein; domain 1 / Helicase, Ruva Protein; domain 3 / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-22H / PHOSPHATE ION / N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.405 Å
データ登録者Hazra, S. / Blanchard, J.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2013
タイトル: Structure of MurNAc 6-phosphate hydrolase (MurQ) from Haemophilus influenzae with a bound inhibitor.
著者: Hadi, T. / Hazra, S. / Tanner, M.E. / Blanchard, J.S.
履歴
登録2013年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年2月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
B: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
C: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
D: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1998
ポリマ－130,2594
非ポリマー9404
水9,530529
1
A: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
D: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6004
ポリマ－65,1292
非ポリマー4702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7640 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area21940 Å2
手法PISA
2
B: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
C: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,6004
ポリマ－65,1292
非ポリマー4702
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8870 Å2
ΔGint-38 kcal/mol
Surface area20880 Å2
手法PISA
3
B: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
C: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
ヘテロ分子

A: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
D: N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,1998
ポリマ－130,2594
非ポリマー9404
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_455x-1,y,z1
Buried area17870 Å2
ΔGint-79 kcal/mol
Surface area41450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)76.492, 113.335, 143.917
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP22121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-508-

HOH

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要素

#1: タンパク質
N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase / MurNAc-6-P etherase / N-acetylmuramic acid 6-phosphate hydrolase / N-acetylmuramic acid 6-phosphate lyase


分子量: 32564.734 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: murQ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P44862, N-acetylmuramic acid 6-phosphate etherase
#2: 化合物 ChemComp-22H / 2-(acetylamino)-3-O-[(1R)-1-carboxyethyl]-2-deoxy-6-O-phosphono-D-glucitol


分子量: 375.266 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H22NO11P
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 529 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.63 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.2 M NaCl, 0.1 M Bis-Tris:HCl, pH 5.5, 25% (w/v) PEG-3350, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298.0K

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データ収集

回折平均測定温度: 298 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器検出器: IMAGE PLATE
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→42.52 Å / Num. all: 49352 / Num. obs: 48045

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-3000データ収集
PHENIXモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.1_1168)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1NRI

1nri


解像度: 2.405→44.52 Å / SU ML: 0.28 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.19 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2251 2422 5.04 %
Rwork0.1657 --
obs0.1687 48045 97.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.405→44.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8766 0 58 529 9353
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0088938
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.19712086
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3313438
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0751491
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051547
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4048-2.45390.27961180.17031957X-RAY DIFFRACTION73
2.4539-2.50720.27621160.18092404X-RAY DIFFRACTION88
2.5072-2.56550.24171520.19112605X-RAY DIFFRACTION97
2.5655-2.62970.3011260.19172735X-RAY DIFFRACTION99
2.6297-2.70080.26811420.18712692X-RAY DIFFRACTION100
2.7008-2.78030.27151420.19462727X-RAY DIFFRACTION100
2.7803-2.870.28551400.19182737X-RAY DIFFRACTION100
2.87-2.97250.30411580.19722744X-RAY DIFFRACTION100
2.9725-3.09150.23611430.18712726X-RAY DIFFRACTION100
3.0915-3.23220.25451370.18752746X-RAY DIFFRACTION100
3.2322-3.40250.24141520.17732745X-RAY DIFFRACTION100
3.4025-3.61560.24161470.17592758X-RAY DIFFRACTION100
3.6156-3.89460.191450.1542774X-RAY DIFFRACTION100
3.8946-4.28630.23731410.15412711X-RAY DIFFRACTION98
4.2863-4.90580.16181510.12382785X-RAY DIFFRACTION100
4.9058-6.17820.19021520.15442823X-RAY DIFFRACTION100
6.1782-44.52760.16181600.14082954X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -16.758 Å / Origin y: 27.7892 Å / Origin z: 171.7257 Å
111213212223313233
T0.099 Å2-0.0397 Å20.0486 Å2-0.0765 Å2-0.003 Å2--0.0833 Å2
L0.4675 °2-0.1544 °20.2119 °2-0.2685 °2-0.0243 °2--0.406 °2
S-0.0011 Å °0.0197 Å °-0.0353 Å °0.0024 Å °0.0227 Å °0.0365 Å °-0.0181 Å °-0.0138 Å °-0.0183 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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