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- PDB-4lz8: Crystal structures of GLuR2 ligand-binding-domain in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lz8
タイトルCrystal structures of GLuR2 ligand-binding-domain in complex with glutamate and positive allosteric modulators
要素Glutamate receptor 2
キーワードTRANSPORT PROTEIN / AMPA receptor / allosteric modulator
機能・相同性
機能・相同性情報


spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / extracellularly glutamate-gated ion channel activity ...spine synapse / dendritic spine neck / dendritic spine head / Activation of AMPA receptors / perisynaptic space / AMPA glutamate receptor activity / ligand-gated monoatomic cation channel activity / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / response to lithium ion / extracellularly glutamate-gated ion channel activity / immunoglobulin binding / AMPA glutamate receptor complex / kainate selective glutamate receptor activity / ionotropic glutamate receptor complex / cellular response to glycine / asymmetric synapse / regulation of receptor recycling / Unblocking of NMDA receptors, glutamate binding and activation / glutamate receptor binding / positive regulation of synaptic transmission / extracellular ligand-gated monoatomic ion channel activity / glutamate-gated receptor activity / response to fungicide / glutamate-gated calcium ion channel activity / presynaptic active zone membrane / regulation of synaptic transmission, glutamatergic / ionotropic glutamate receptor binding / somatodendritic compartment / dendrite membrane / cellular response to brain-derived neurotrophic factor stimulus / ligand-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of presynaptic membrane potential / cytoskeletal protein binding / dendrite cytoplasm / ionotropic glutamate receptor signaling pathway / SNARE binding / dendritic shaft / synaptic transmission, glutamatergic / synaptic membrane / transmitter-gated monoatomic ion channel activity involved in regulation of postsynaptic membrane potential / PDZ domain binding / protein tetramerization / postsynaptic density membrane / establishment of protein localization / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / terminal bouton / receptor internalization / cerebral cortex development / synaptic vesicle membrane / synaptic vesicle / presynapse / signaling receptor activity / presynaptic membrane / amyloid-beta binding / growth cone / scaffold protein binding / chemical synaptic transmission / perikaryon / postsynaptic membrane / dendritic spine / postsynaptic density / neuron projection / axon / neuronal cell body / glutamatergic synapse / dendrite / synapse / protein-containing complex binding / protein kinase binding / cell surface / endoplasmic reticulum / protein-containing complex / identical protein binding / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region ...Ionotropic glutamate receptor, metazoa / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ionotropic glutamate receptor, L-glutamate and glycine-binding domain / Ligated ion channel L-glutamate- and glycine-binding site / Ligand-gated ion channel / : / Ionotropic glutamate receptor / Eukaryotic homologues of bacterial periplasmic substrate binding proteins. / Receptor, ligand binding region / Receptor family ligand binding region / Periplasmic binding protein-like II / Periplasmic binding protein-like I / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-1YX / GLUTAMIC ACID / Glutamate receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Pandit, J.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: Discovery and Characterization of a Novel Dihydroisoxazole Class of alpha-Amino-3-hydroxy-5-methyl-4-isoxazolepropionic acid (AMPA) Receptor Potentiators.
著者: Patel, N.C. / Schwarz, J. / Hou, X.J. / Hoover, D.J. / Xie, L. / Fliri, A.J. / Gallaschun, R.J. / Lazzaro, J.T. / Bryce, D.K. / Hoffmann, W.E. / Hanks, A.N. / McGinnis, D. / Marr, E.S. / ...著者: Patel, N.C. / Schwarz, J. / Hou, X.J. / Hoover, D.J. / Xie, L. / Fliri, A.J. / Gallaschun, R.J. / Lazzaro, J.T. / Bryce, D.K. / Hoffmann, W.E. / Hanks, A.N. / McGinnis, D. / Marr, E.S. / Gazard, J.L. / Hajos, M. / Scialis, R.J. / Hurst, R.S. / Shaffer, C.L. / Pandit, J. / O'Donnell, C.J.
履歴
登録2013年7月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22017年7月26日Group: Refinement description / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / software
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glutamate receptor 2
B: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,65313
ポリマ－91,0323
非ポリマー1,62110
水6,233346
1
A: Glutamate receptor 2
C: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)61,5397
ポリマ－60,6882
非ポリマー8525
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1690 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area23060 Å2
手法PISA
2
B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子

B: Glutamate receptor 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,22712
ポリマ－60,6882
非ポリマー1,54010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area1590 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area23350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)113.676, 164.953, 47.498
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
31C

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Refine code: 4

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11THRTHRMETMETAA394 - 40817 - 31
21THRTHRMETMETBB394 - 40817 - 31
31THRTHRMETMETCC394 - 40817 - 31
12ARGARGALAALAAA420 - 67743 - 177
22ARGARGALAALABB420 - 67743 - 177
32ARGARGALAALACC420 - 67743 - 177
13VALVALCYSCYSAA681 - 773181 - 273
23VALVALCYSCYSBB681 - 773181 - 273
33VALVALCYSCYSCC681 - 773181 - 273
14GLUGLUGLUGLUAD801
24GLUGLUGLUGLUBI804
34GLUGLUGLUGLUCM803

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要素

#1: タンパク質 Glutamate receptor 2 / GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / ...GluR-2 / AMPA-selective glutamate receptor 2 / GluR-B / GluR-K2 / Glutamate receptor ionotropic / AMPA 2 / GluA2 / AMPA receptor


分子量: 30343.840 Da / 分子数: 3 / 断片: SEE REMARK 999 / 変異: G389R,L390G,E391A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Gria2, Glur2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P19491
#2: 化合物 ChemComp-GLU / GLUTAMIC ACID / グルタミン酸


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.129 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H9NO4
#3: 化合物 ChemComp-1YX / N-[(3S)-1-{2-fluoro-4-[(5S)-5-{[(propan-2-ylsulfonyl)amino]methyl}-4,5-dihydro-1,2-oxazol-3-yl]phenyl}pyrrolidin-3-yl]acetamide


分子量: 426.505 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H27FN4O4S
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 346 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細PROTEIN CONSTRUCT COMPRISES UNP RESIDUES 404-527 AND UNP RESIDUES 653-796 CONNECTED BY A GT LINKER.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.71 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1 uL 7 mg/mL protein in 10 mM (S)-Glu, 10 mM HEPES, pH 7.5, 20 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 150 uM ligand (from 30 mM DMSO stock) + 1 uL reservoir (10% PEG8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M ...詳細: 1 uL 7 mg/mL protein in 10 mM (S)-Glu, 10 mM HEPES, pH 7.5, 20 mM sodium chloride, 1 mM EDTA, 150 uM ligand (from 30 mM DMSO stock) + 1 uL reservoir (10% PEG8000, 0.1 M zinc acetate, 0.1 M sodium acetate, pH 5.5), crystals appeared in 3-5 days, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E DW / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS HTC / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→93.659 Å / Num. obs: 74948 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Χ2: 1.633 / Net I/σ(I): 15.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique allΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
1.85-1.925.671811.243194.3
1.92-1.996.172871.29195.20.745
1.99-2.086.172201.3721950.469
2.08-2.196.172591.458194.70.298
2.19-2.336.173441.518196.20.217
2.33-2.516.374911.542196.80.158
2.51-2.766.675941.682198.80.103
2.76-3.16776671.845198.60.066
3.16-3.997.177692.053199.40.04
3.99-506.881362.007199.70.03

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1LBC

1lbc


解像度: 1.85→93.659 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / WRfactor Rfree: 0.2157 / WRfactor Rwork: 0.1844 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.8507 / SU B: 6.915 / SU ML: 0.096 / SU R Cruickshank DPI: 0.142 / SU Rfree: 0.1333 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.133 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2316 3834 5.1 %RANDOM
Rwork0.1963 ---
obs0.1982 74877 96.85 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 100.96 Å2 / Biso mean: 20.2948 Å2 / Biso min: -1.24 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2--0.35 Å20 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→93.659 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6035 0 93 346 6474
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0226263
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024348
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8611.9778424
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.016310644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2955766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.01224.39246
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.15151177
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.9541530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2930
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.026922
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021216
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0581.53820
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.3581.51592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.81526129
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.92332443
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.4294.52295
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 3250 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Dom-IDAuth asym-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
1AMEDIUM POSITIONAL0.40.5
2BMEDIUM POSITIONAL0.450.5
3CMEDIUM POSITIONAL0.440.5
1AMEDIUM THERMAL0.82
2BMEDIUM THERMAL0.852
3CMEDIUM THERMAL0.842
LS精密化 シェル解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.459 278 -
Rwork0.431 5002 -
all-5280 -
obs--93.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1644-0.57470.37524.3835-0.64912.0762-0.06210.01170.10210.0275-0.05220.1358-0.06720.23270.11430.0357-0.0093-0.00140.08740.01240.018873.08236.58949.18
23.877-0.5748-2.16443.15920.3275.2864-0.4288-0.2263-0.3385-0.15680.0179-0.1670.85050.74140.41090.27210.17340.0780.21890.06790.061180.3221.74132.057
33.07350.43240.05422.2992-0.10142.3182-0.01790.10970.18570.05770.0278-0.05810.08490.2818-0.010.03360.0379-0.01320.0645-0.00480.017570.44375.6258.794
42.30420.0738-0.14914.08090.4942.39740.01260.0695-0.2407-0.0961-0.14510.25250.1361-0.03940.13250.06590.0238-0.00610.0371-0.00910.049660.02362.94841.932
52.62390.0022-0.13724.42110.53562.3348-0.0622-0.0372-0.3024-0.17630.0681-0.270.2214-0.0725-0.00590.0706-0.03230.00520.06490.00080.057749.62117.14248.886
63.2526-0.57341.23552.7061-0.52164.6625-0.13030.08550.2152-0.00880.01180.1781-0.517-0.36360.11850.20220.00180.01660.1446-0.00350.041742.25931.9232.004
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A801
2X-RAY DIFFRACTION1A393 - 499
3X-RAY DIFFRACTION1A732 - 773
4X-RAY DIFFRACTION2A500 - 508
5X-RAY DIFFRACTION2A632 - 728
6X-RAY DIFFRACTION3B804
7X-RAY DIFFRACTION3B394 - 499
8X-RAY DIFFRACTION3B732 - 773
9X-RAY DIFFRACTION4B500 - 508
10X-RAY DIFFRACTION4B632 - 728
11X-RAY DIFFRACTION5C803
12X-RAY DIFFRACTION5C394 - 499
13X-RAY DIFFRACTION5C732 - 773
14X-RAY DIFFRACTION6C500 - 508
15X-RAY DIFFRACTION6C632 - 728

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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