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- PDB-4lxf: Crystal structure of M. tuberculosis TreS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lxf
タイトルCrystal structure of M. tuberculosis TreS
要素Trehalose synthase
キーワードISOMERASE / (alpha/beta) barrel / amylase / trehalose / maltose
機能・相同性
機能・相同性情報


Oligo-1,6-glucosidase; domain 2 / Oligo-1,6-glucosidase; Domain 2 / Golgi alpha-mannosidase II / Glycosidases / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha-Beta Complex / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Roy, R. / Besra, G.S. / Futterer, K.
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2013
タイトル: Synthesis of alpha-glucan in mycobacteria involves a hetero-octameric complex of trehalose synthase TreS and Maltokinase Pep2.
著者: Roy, R. / Usha, V. / Kermani, A. / Scott, D.J. / Hyde, E.I. / Besra, G.S. / Alderwick, L.J. / Futterer, K.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22013年12月25日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Trehalose synthase
B: Trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)142,51115
ポリマ－141,3942
非ポリマー1,11713
水82946
1
A: Trehalose synthase
B: Trehalose synthase
ヘテロ分子

A: Trehalose synthase
B: Trehalose synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)285,02230
ポリマ－282,7884
非ポリマー2,23426
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554-y,-x,-z-2/31
Buried area12850 Å2
ΔGint-211 kcal/mol
Surface area76760 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)161.640, 161.640, 139.110
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(1), (1), (1)
2given(-0.992654, 0.06144, -0.104229), (-0.039932, -0.979566, -0.197118), (-0.11421, -0.191508, 0.974824)78.05856, -57.41048, -1.70678

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要素

#1: タンパク質 Trehalose synthase


分子量: 70696.945 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: ligation sites: NdeI, HindIII
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37Rv / 遺伝子: Rv0126, RVBD_0126 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: I6X8K8, maltose alpha-D-glucosyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.85 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M NaCitrate, 0.5 M (NH4)2SO4, 1 M Li2SO4, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月7日
放射モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→29.2 Å / Num. all: 63561 / Num. obs: 63561 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 70.6 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rsym value: 0.06 / Net I/σ(I): 16.1
反射 シェル解像度: 2.6→2.74 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Rsym value: 0.668 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2ZE0, 1UOK, 2PWE, 1WZA

2ze0

1uok

2pwe

1wza


解像度: 2.6→29.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 24.115 / SU ML: 0.225 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.336 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24041 3226 5.1 %RANDOM
Rwork0.21331 ---
all0.21469 60392 --
obs0.21469 60392 99.59 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 69.239 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.03 Å21.51 Å2-0 Å2
2--3.03 Å2-0 Å2
3----4.54 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→29.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8737 0 62 46 8845
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.029063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0031.94712398
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.06151112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.09523.304451
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.292151226
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3541565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0710.21314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0217252
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.668 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.383 222 -
Rwork0.36 4293 -
obs--99.52 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.075-0.1644-0.37940.5086-0.10762.05910.1096-0.0956-0.0920.01640.12420.1566-0.037-0.5823-0.23380.02320.0077-0.01270.28620.15980.174752.814-47.564-23.042
21.9459-0.72051.04060.9675-0.71842.3036-0.0837-0.35470.16570.2220.0458-0.2698-0.08950.30260.03790.11990.0986-0.00810.4419-0.01380.179327.937-6.436-20.221
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A10 - 600
2X-RAY DIFFRACTION2B10 - 600

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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