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- PDB-4lxb: Crystal Structure Analysis of thrombin in complex with compound D58 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lxb
タイトルCrystal Structure Analysis of thrombin in complex with compound D58
要素
  • Hirudin variant-1
  • Prothrombin
  • Prothrombin, Thrombin light chain
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / serine proteases / antithrombotic agents / dual thrombin/factor Xa inhi / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of serine-type peptidase activity / positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway ...negative regulation of serine-type peptidase activity / positive regulation of lipid kinase activity / cytolysis by host of symbiont cells / positive regulation of phospholipase C-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / thrombospondin receptor activity / Defective factor XII causes hereditary angioedema / thrombin / regulation of blood coagulation / neutrophil-mediated killing of gram-negative bacterium / ligand-gated ion channel signaling pathway / Defective F8 cleavage by thrombin / Platelet Aggregation (Plug Formation) / negative regulation of astrocyte differentiation / negative regulation of platelet activation / positive regulation of collagen biosynthetic process / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / positive regulation of blood coagulation / negative regulation of fibrinolysis / Gamma-carboxylation of protein precursors / Transport of gamma-carboxylated protein precursors from the endoplasmic reticulum to the Golgi apparatus / Common Pathway of Fibrin Clot Formation / Removal of aminoterminal propeptides from gamma-carboxylated proteins / fibrinolysis / regulation of cytosolic calcium ion concentration / Intrinsic Pathway of Fibrin Clot Formation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / acute-phase response / Regulation of Complement cascade / negative regulation of proteolysis / Cell surface interactions at the vascular wall / lipopolysaccharide binding / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / growth factor activity / serine-type endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of insulin secretion / platelet activation / response to wounding / positive regulation of protein localization to nucleus / Golgi lumen / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / blood coagulation / antimicrobial humoral immune response mediated by antimicrobial peptide / Thrombin signalling through proteinase activated receptors (PARs) / heparin binding / regulation of cell shape / positive regulation of cell growth / G alpha (q) signalling events / collagen-containing extracellular matrix / blood microparticle / positive regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cell surface receptor signaling pathway / positive regulation of protein phosphorylation / G protein-coupled receptor signaling pathway / endoplasmic reticulum lumen / serine-type endopeptidase activity / signaling receptor binding / positive regulation of cell population proliferation / calcium ion binding / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain ...Hirudin / Proteinase inhibitor I14, hirudin / Thrombin inhibitor hirudin / Hirudin/antistatin / Prothrombin/thrombin / Thrombin light chain / Thrombin light chain domain superfamily / : / Thrombin light chain / Kringle domain / Kringle / Kringle, conserved site / Kringle superfamily / Kringle domain signature. / Kringle domain profile. / Kringle domain / Vitamin K-dependent carboxylation/gamma-carboxyglutamic (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain / Gamma-carboxyglutamic acid-rich (GLA) domain superfamily / Vitamin K-dependent carboxylation domain. / Gla domain profile. / Domain containing Gla (gamma-carboxyglutamate) residues. / Kringle-like fold / Serine proteases, trypsin family, histidine active site / Serine proteases, trypsin family, serine active site / Peptidase S1A, chymotrypsin family / Serine proteases, trypsin family, histidine active site. / Serine proteases, trypsin family, serine active site. / Serine proteases, trypsin domain profile. / Trypsin-like serine protease / Serine proteases, trypsin domain / Trypsin / Trypsin-like serine proteases / Thrombin, subunit H / Peptidase S1, PA clan, chymotrypsin-like fold / Peptidase S1, PA clan / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7R9 / Prothrombin / Hirudin variant-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Hirudo medicinalis (医用ビル)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.61 Å
データ登録者Stehlin-Gaon, C. / Bocskei, Z.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: 5-Chlorothiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-methyl-3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)benzenesulfonylamino]-3-(4-methylpiperazin-1-yl)-3-oxopropyl]amide (SAR107375), a selective and potent ...タイトル: 5-Chlorothiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-methyl-3-(2-oxopyrrolidin-1-yl)benzenesulfonylamino]-3-(4-methylpiperazin-1-yl)-3-oxopropyl]amide (SAR107375), a selective and potent orally active dual thrombin and factor Xa inhibitor.
著者: Meneyrol, J. / Follmann, M. / Lassalle, G. / Wehner, V. / Barre, G. / Rousseaux, T. / Altenburger, J.M. / Petit, F. / Bocskei, Z. / Schreuder, H. / Alet, N. / Herault, J.P. / Millet, L. / ...著者: Meneyrol, J. / Follmann, M. / Lassalle, G. / Wehner, V. / Barre, G. / Rousseaux, T. / Altenburger, J.M. / Petit, F. / Bocskei, Z. / Schreuder, H. / Alet, N. / Herault, J.P. / Millet, L. / Dol, F. / Florian, P. / Schaeffer, P. / Sadoun, F. / Klieber, S. / Briot, C. / Bono, F. / Herbert, J.M.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年6月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Derived calculations / カテゴリ: diffrn_radiation / struct_conn
Item: _diffrn_radiation.pdbx_diffrn_protocol / _diffrn_radiation.pdbx_monochromatic_or_laue_m_l / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 1.22020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_ptnr1_PDB_ins_code / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
H: Prothrombin, Thrombin light chain
I: Hirudin variant-1
L: Prothrombin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4567
ポリマ－35,5403
非ポリマー9154
水6,143341
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area13060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.623, 71.274, 72.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.840, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11H-468-

HOH

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要素

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タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 IL

#2: タンパク質・ペプチド Hirudin variant-1 / Hirudin-1 / Hirudin-I / Lepirudin


分子量: 1663.668 Da / 分子数: 1 / Fragment: unp residues 53-65 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) Hirudo medicinalis (医用ビル) / 参照: UniProt: P01050
#3: タンパク質・ペプチド Prothrombin / Thrombin heavy chain


分子量: 4096.534 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: purchased from Bachem / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 2分子 H

#1: タンパク質 Prothrombin, Thrombin light chain


分子量: 29780.219 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: blood / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P00734, thrombin
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 344分子

#5: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物 ChemComp-7R9 / 5-Chloro-thiophene-2-carboxylic acid [(S)-2-[2-difluoromethoxy-3-(2-oxo-piperidin-1-yl)-benzenesulfonylamino]-3-((S)-3-dimethylamino-pyrrolidin-1-yl)-3-oxo-propyl]-amide


分子量: 648.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H32ClF2N5O6S2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 0.1 M SODIUM PHASPHATE PH=7.3, 20% PEG8000, 5MG/ML THROMBIN, 0.2 M NACL, 1 mM INHIBNITOR, pH 7.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2007年6月25日 / 詳細: Osmic blue mirrors
放射モノクロメーター: Osmic blue mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.61→50 Å / Num. obs: 38471 / % possible obs: 83.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.3 % / Biso Wilson estimate: 26.05 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.049 / Χ2: 0.99 / Net I/σ(I): 12.7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.61-1.676.70.67239730.953186.3
1.67-1.737.40.48942010.922191.3
1.73-1.817.40.32341880.959191.9
1.81-1.917.30.26436091.007178.3
1.91-2.037.30.15132411.04170.4
2.03-2.197.60.09543510.947194.6
2.19-2.47.30.07328100.992161.1
2.4-2.757.60.05144611.054196.6
2.75-3.477.50.03344991.003197.4
3.47-507.10.02731381.041166.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
BUSTER-TNTBUSTER 2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
CrystalClearデータ収集
HKL-2000データ削減
AMoRE位相決定
BUSTER2.11.5精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.61→34.68 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9586 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9476 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2284 1934 5.05 %RANDOM
Rwork0.19 ---
all0.2274 38471 --
obs0.1918 38322 83.41 %-
原子変位パラメータBiso max: 115.69 Å2 / Biso mean: 32.1307 Å2 / Biso min: 14.05 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2033 Å20 Å2-0.4787 Å2
2--0.2572 Å20 Å2
3----0.4605 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.212 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.61→34.68 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2341 0 58 341 2740
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d882SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes63HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes372HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2496HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion300SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3085SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2496HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3411HARMONIC21.04
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.93
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion14.6
LS精密化 シェル解像度: 1.61→1.65 Å / Total num. of bins used: 19
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2559 165 5.21 %
Rwork0.2259 2999 -
all0.2274 3164 -
obs--83.41 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.39750.68080.12751.13430.15570.98480.1187-0.1163-0.06990.0751-0.09710.01030.0593-0.0528-0.0216-0.0466-0.0235-0.0051-0.07430.0097-0.041114.4612-1.196515.8595
20.13760.97350.67670.59380.00530.68070.02080.0484-0.00470.0329-0.0472-0.0139-0.06150.07360.02640.001-0.03320.009-0.0168-0.0010.013529.101110.517111.5871
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ H|* }H16 - 301
2X-RAY DIFFRACTION2{ L|* }L1 - 14

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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