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万見
- PDB-4lx5: X-ray crystal structure of the M6" riboswitch aptamer bound to py... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lx5
タイトルX-ray crystal structure of the M6" riboswitch aptamer bound to pyrimido[4,5-d]pyrimidine-2,4-diamine (PPDA)
要素Mutated adenine riboswitch aptamer
キーワードRNA / Riboswitch / Gene expression platform
機能・相同性pyrimido[4,5-d]pyrimidine-2,4-diamine / : / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.13 Å
データ登録者Dunstan, M.S. / Leys, D.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2014
タイトル: Modular riboswitch toolsets for synthetic genetic control in diverse bacterial species.
著者: Robinson, C.J. / Vincent, H.A. / Wu, M.C. / Lowe, P.T. / Dunstan, M.S. / Leys, D. / Micklefield, J.
履歴
登録2013年7月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年8月20日Group: Database references
改定 1.22018年1月24日Group: Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.name
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mutated adenine riboswitch aptamer
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,9456
ポリマ－22,6851
非ポリマー2595
水30617
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.050, 149.710, 24.400
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: RNA鎖 Mutated adenine riboswitch aptamer


分子量: 22685.416 Da / 分子数: 1 / 変異: U28G, G42C, U47C, U51C / 由来タイプ: 合成 / 詳細: in vitro transcription / 由来: (合成) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 参照: GenBank: AE016796
#2: 化合物 ChemComp-29G / pyrimido[4,5-d]pyrimidine-2,4-diamine


分子量: 162.152 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H6N6
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 17 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Synthetic construct from In vitro transcription

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9
詳細: 3M 1,6 hexanediol, 0.1M Tris (pH 9.0) , VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年7月14日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.13→46.6 Å / Num. all: 10788 / Num. obs: 10766 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(F): 2.13 / Observed criterion σ(I): 2.13 / Biso Wilson estimate: 59.89 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.8_1069精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3LA5

3la5


解像度: 2.13→46.6 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 1 / SU ML: 0.31 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 32.97 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2567 513 4.78 %
Rwork0.199 --
obs0.2017 10722 99.72 %
all-10788 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 63.9851 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.31 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.13→46.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 1502 16 17 1535
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0051690
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9862626
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.301849
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042355
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.13-2.34440.40411290.30632487X-RAY DIFFRACTION100
2.3444-2.68360.38631280.29822501X-RAY DIFFRACTION100
2.6836-3.38090.29191290.22972529X-RAY DIFFRACTION100
3.3809-46.62310.2121270.16512692X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.4992-1.01420.45512.1474-1.03490.43470.93230.3378-1.80820.2536-0.8803-1.3741-0.2482-0.3313-0.11850.22480.19090.00020.4613-0.10251.486610.59966.29964.2192
21.8647-1.43581.4035.2275-0.84671.59430.33370.2030.0509-0.4239-0.08790.5065-0.01130.0015-0.08330.36590.04260.00280.4249-0.0050.4539-10.143230.0316-4.9918
31.9677-0.40441.37322.43340.84551.5562-0.0558-0.38280.07321.61460.6221-1.79-0.44520.5864-0.65460.77390.0721-0.18780.7477-0.1510.632811.215721.42869.8235
42.9439-0.38181.45756.77220.29493.268-0.0580.52490.0241-0.65710.06191.7154-0.38750.1595-0.0810.52590.0056-0.17790.3766-0.07390.3999-9.345317.3554-6.8239
53.3889-1.4258-0.10981.6521.45582.080.33080.1962-1.2908-0.766-0.58382.965-0.2008-0.874-0.08870.40740.0709-0.28730.42030.04971.1362-20.449922.7089-3.6732
61.3208-1.17540.78317.45911.15383.4127-0.17130.1758-1.42730.1470.4641-1.01270.439-0.3498-0.19360.27050.01760.04380.5768-0.13140.931413.24796.10744.2547
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 13 through 23 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 24 through 46 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 47 through 51 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 52 through 61 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 62 through 72 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 73 through 83 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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