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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lvq | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the M. tuberculosis phosphate binding protein PstS3 | ||||||
要素 | Phosphate-binding protein PstS 3 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / Phosphate binding protein / Extracellular | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 biological process involved in interaction with host => GO:0051701 / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / cell wall / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mycobacterium tuberculosis (結核菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å | ||||||
データ登録者 | Ferraris, D.M. / Rizzi, M. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proteins / 年: 2014 タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis phosphate binding protein PstS3. 著者: Ferraris, D.M. / Spallek, R. / Oehlmann, W. / Singh, M. / Rizzi, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 4lvq.cif.gz | 128.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb4lvq.ent.gz | 104.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 4lvq.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 4lvq_validation.pdf.gz | 454.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 4lvq_full_validation.pdf.gz | 466.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 4lvq_validation.xml.gz | 27 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 4lvq_validation.cif.gz | 37.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lv/4lvq | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 38809.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌) 遺伝子: pstS3, phoS2, Rv0928, MT0955, MTCY21C12.22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A5Y2, UniProt: P9WGT7*PLUS #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 12% w/v PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å | ||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月25日 | ||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.97625 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||
Reflection twin | Operator: l,-k,h / Fraction: 0.16 | ||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 26706 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 22.68 Å2 | ||||||||||||||||||
反射 シェル |
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→38.505 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.816 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.685 / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 33.18 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 18.993 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.505 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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