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- PDB-4lvq: Crystal structure of the M. tuberculosis phosphate binding protei... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lvq
タイトルCrystal structure of the M. tuberculosis phosphate binding protein PstS3
要素Phosphate-binding protein PstS 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Phosphate binding protein / Extracellular
機能・相同性
機能・相同性情報


biological process involved in interaction with host => GO:0051701 / cell wall / biological process involved in interaction with host / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / cell division ...biological process involved in interaction with host => GO:0051701 / cell wall / biological process involved in interaction with host / phosphate ion transmembrane transport / cellular response to phosphate starvation / phosphate ion binding / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / peptidoglycan-based cell wall / symbiont-mediated suppression of host innate immune response / cell division / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphate ABC transporter, substrate-binding protein PstS / : / PBP domain / PBP superfamily domain / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Prokaryotic membrane lipoprotein lipid attachment site profile. / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Phosphate-binding protein PstS 3 / Phosphate-binding protein PstS 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Ferraris, D.M. / Rizzi, M.
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2014
タイトル: Crystal structure of the Mycobacterium tuberculosis phosphate binding protein PstS3.
著者: Ferraris, D.M. / Spallek, R. / Oehlmann, W. / Singh, M. / Rizzi, M.
履歴
登録2013年7月26日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年3月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年4月2日Group: Database references
改定 1.22014年9月3日Group: Database references
改定 1.32019年7月17日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42024年11月27日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate-binding protein PstS 3
B: Phosphate-binding protein PstS 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,8094
ポリマ－77,6192
非ポリマー1902
水3,225179
1
A: Phosphate-binding protein PstS 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9052
ポリマ－38,8101
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Phosphate-binding protein PstS 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,9052
ポリマ－38,8101
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.207, 229.253, 39.103
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.03, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質 Phosphate-binding protein PstS 3 / PBP 3 / PstS-3 / Antigen Ag88


分子量: 38809.742 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
遺伝子: pstS3, phoS2, Rv0928, MT0955, MTCY21C12.22 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A5Y2, UniProt: P9WGT7*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 179 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.26 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M MES monohydrate, pH 6.5, 12% w/v PEG 20000, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年5月25日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: l,-k,h / Fraction: 0.16
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 26706 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 22.68 Å2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.3-2.6430.274.8196.5
2.64-4030.177.3197.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
PHASER位相決定
REFMAC5.7.0032精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
DNAデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.3→38.505 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.816 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.685 / σ(F): 1.48 / 位相誤差: 33.18 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 2136 8 %
Rwork0.2358 --
obs0.2389 26706 96.98 %
all-20888 -
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 18.993 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.22 Å2-0.06 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→38.505 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4676 0 10 179 4865
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014782
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5616512
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1621668
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.064722
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008876
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3-2.38420.33131980.29321626X-RAY DIFFRACTION87
2.3842-2.44690.3414990.28311764X-RAY DIFFRACTION93
2.4469-2.51680.32281980.29021565X-RAY DIFFRACTION86
2.5168-2.59540.3013990.26911756X-RAY DIFFRACTION92
2.5954-2.68490.2984990.26331609X-RAY DIFFRACTION89
2.6849-2.78820.32321980.26281652X-RAY DIFFRACTION86
2.7882-2.90940.2282990.24781671X-RAY DIFFRACTION93
2.9094-3.05490.2704990.2571776X-RAY DIFFRACTION93
3.0549-3.23480.25011980.23111620X-RAY DIFFRACTION88
3.2348-3.46610.3222990.22111699X-RAY DIFFRACTION92
3.4661-3.78210.2573990.20981696X-RAY DIFFRACTION91
3.7821-4.2580.26881980.19461650X-RAY DIFFRACTION88
4.258-5.12630.2379990.19431745X-RAY DIFFRACTION92
5.1263-8.0840.24431980.25021655X-RAY DIFFRACTION88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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