MobM Relaxase Domain (MOBV; Mob_Pre) bound to plasmid pMV158 oriT DNA (22nt). Mn-bound crystal structure at pH 4.6
要素
ACTTTAT oligonucleotide
ATAAAGTATAGTGTG oligonucleotide
Plasmid recombination enzyme
キーワード
DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA complex / Pfam Family: Mob_Pre (PF01076). MOBv Family of Relaxases / relaxase/endonuclease / oriT DNA / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
モノクロメーター: channel cut ESRF monochromator Crystal Type Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.9→48.1 Å / Num. obs: 25154 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 28.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 8.2
反射 シェル
解像度: 1.9→2 Å / % possible all: 99.6
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
BEST
データ収集
PHASER
位相決定
REFMAC
5.5.0102
精密化
iMOSFLM
データ削減
SCALA
データスケーリング
精密化
解像度: 1.9→48.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 9.641 / SU ML: 0.137 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.147 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.24774
1301
4.9 %
RANDOM
Rwork
0.20567
-
-
-
obs
0.20768
25154
99.65 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK