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- PDB-4lv4: A noncompetitive inhibitor for M. tuberculosis's class IIa fructo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lv4
タイトルA noncompetitive inhibitor for M. tuberculosis's class IIa fructose 1,6-bisphosphate aldolase
要素Fructose-bisphosphate aldolase
キーワードLYASE/LYASE INHIBITOR / CLASS II FRUCTOSE-1 / 6-BISPHOSPHATE ALDOLASE / ZINC ENZYME / MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS / DIHYDROXYACETONE / GLYCERALDEHYDE-3-PHOSPHATE / ALDOL CONDENSATION / GLYCOLYSIS / LYASE / METAL-BINDING / 8-HYDROXYQUINOLINE-2-CARBOXYLIC ACID / LYASE-LYASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cell wall / fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / zymogen binding / peptidoglycan-based cell wall / glycolytic process / extracellular region / zinc ion binding / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase, class II, yeast/E. coli subtype / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 1. / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 2. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-II / Fructose-bisphosphate aldolase class-II / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-hydroxyquinoline-2-carboxylic acid / ACETATE ION / Fructose-bisphosphate aldolase / Fructose-bisphosphate aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Capodagli, G.C. / Pegan, S.D.
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2014
タイトル: A Noncompetitive Inhibitor for Mycobacterium tuberculosis's Class IIa Fructose 1,6-Bisphosphate Aldolase.
著者: Capodagli, G.C. / Sedhom, W.G. / Jackson, M. / Ahrendt, K.A. / Pegan, S.D.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年1月29日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,9527
ポリマ－37,2761
非ポリマー6766
水6,431357
1
A: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)151,81028
ポリマ－149,1044
非ポリマー2,70524
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_585-x,-y+3,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z1
crystal symmetry operation4_585x,-y+3,-z1
Buried area11720 Å2
ΔGint-88 kcal/mol
Surface area44090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)60.559, 118.933, 165.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-586-

HOH

詳細THE SECOND, THIRD, AND FOURTH PARTS OF THE BIOLOGICAL ASSEMBLY IS GENERATED BY THE TWO FOLD AXES: -X, -Y+1, Z ; X-1/2, -Y+1/2, Z+1/2; X, -Y+1, -Z.

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Fructose-bisphosphate aldolase / FBP aldolase / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase


分子量: 37276.105 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
株: H37RV / 遺伝子: fba, MT0379, MTCY13E10.25c, Rv0363c / プラスミド: PET17B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: P67475, UniProt: P9WQA3*PLUS, fructose-bisphosphate aldolase

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非ポリマー , 5種, 363分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-8HC / 8-hydroxyquinoline-2-carboxylic acid / 8-ヒドロキシキノリン-2-カルボン酸


分子量: 189.167 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7NO3
#4: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#5: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 357 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.17 %
結晶化温度: 293 K / pH: 4.5
詳細: 26% PEG 300, 0.1 M sodium acetate, 2.5 mM 8-HYDROXYQUINOLINE-2-CARBOXYLIC ACID, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 4.2.2 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: NOIR-1 / 検出器: CCD / 日付: 2013年1月26日
放射モノクロメーター: Si 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→50 Å / Num. all: 36148 / Num. obs: 36003 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 23.96 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.099 / Net I/σ(I): 10.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
2.08-2.143.50.285196.3
2.14-2.183.80.241198.8
2.18-2.2240.2261100
2.22-2.264.10.277199.9
2.26-2.314.10.2841100
2.31-2.374.10.211100
2.37-2.424.10.2081100
2.42-2.494.10.2199.9
2.49-2.564.10.1921100
2.56-2.654.10.1771100
2.65-2.744.10.1721100
2.74-2.854.10.1531100
2.85-2.984.10.1381100
2.98-3.144.10.1271100
3.14-3.334.10.1131100
3.33-3.594.10.106199.9
3.59-3.954.10.095199.9
3.95-4.524.10.065199.8
4.52-5.74.10.047199.7
5.7-503.90.034198.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation7.05 Å45.18 Å
Translation7.05 Å45.18 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.2位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4DEF

4def


解像度: 2.08→45.18 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.08 / SU ML: 0.15 / 位相誤差: 19.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.191 1799 5 %
Rwork0.161 --
obs0.163 35977 98.5 %
all-36514 -
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 30.79 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.08→45.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2393 0 40 357 2790
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0092568
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.063489
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.475927
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.074388
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004453
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0759-2.13210.20291160.17322177X-RAY DIFFRACTION83
2.1321-2.19480.21521250.1752658X-RAY DIFFRACTION100
2.1948-2.26560.29841280.21652620X-RAY DIFFRACTION100
2.2656-2.34660.19991430.16592633X-RAY DIFFRACTION100
2.3466-2.44060.18431350.15282627X-RAY DIFFRACTION100
2.4406-2.55160.20321190.15752680X-RAY DIFFRACTION100
2.5516-2.68610.1911520.15642625X-RAY DIFFRACTION100
2.6861-2.85440.2051490.16782662X-RAY DIFFRACTION100
2.8544-3.07470.2111520.16072630X-RAY DIFFRACTION100
3.0747-3.38410.20471330.16882691X-RAY DIFFRACTION100
3.3841-3.87350.14871530.14782660X-RAY DIFFRACTION100
3.8735-4.87930.16981400.13842710X-RAY DIFFRACTION100
4.8793-45.18760.18821540.17352805X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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