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- PDB-4luk: The crystal structure of the P132A, Y133G mutant of Pyrococcus fu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4luk
タイトルThe crystal structure of the P132A, Y133G mutant of Pyrococcus furiosus phosphoglucose isomerase in complex with manganese and 5-phospho-D-arabinonate.
要素Glucose-6-phosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Cupin Fold / Glucose 6-phsphate and Fructose 6-phosphate binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


glucose-6-phosphate isomerase / glucose-6-phosphate isomerase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / iron ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glucose-6-phosphate isomerase, prokaryote / Glucose-6-phosphate isomerase, archaea/bacteria / Glucose-6-phosphate isomerase (GPI) / RmlC-like cupin domain superfamily / Jelly Rolls / RmlC-like jelly roll fold / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / 5-PHOSPHOARABINONIC ACID / Glucose-6-phosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.41 Å
データ登録者Baker, P.J. / Almourfi, F.M.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Correlated mutation analysis as a tool for smart library design to improve protein performance.
著者: Baker, P.J. / Almourfi, F.M. / Raedts, J. / Joosten, H.-J. / Hendriks, S. / Kengen, S.W.M. / Hage, W.R. / Schaap, P.J. / Sedelnikova, S.E. / Van der Oost, J.
履歴
登録2013年7月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年7月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月24日Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,9237
ポリマ－21,3731
非ポリマー5496
水3,513195
1
A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子

A: Glucose-6-phosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,84514
ポリマ－42,7472
非ポリマー1,09912
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area6110 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area17260 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.850, 43.280, 58.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 122.90, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-495-

HOH

詳細The second part of the biological assembly is generated by the two fold axis: -X, Y, -Z

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要素

#1: タンパク質 Glucose-6-phosphate isomerase / GPI / Phosphoglucose isomerase / PGI / Phosphohexose isomerase / PHI


分子量: 21373.275 Da / 分子数: 1 / 変異: P132A, Y133G / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: pgiA, PF0196 / プラスミド: pET24d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P83194, glucose-6-phosphate isomerase
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 糖 ChemComp-PA5 / 5-PHOSPHOARABINONIC ACID / D-アラビノン酸5-りん酸


タイプ: saccharide / 分子量: 246.109 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H11O9P
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 195 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.64 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.35 M MgCl2, 0.1 M sodium acetate PH 5.5 and 19% PEG4000, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年5月15日 / 詳細: Diamond IO3
放射モノクロメーター: Diamond IO3 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.41→28.92 Å / Num. all: 32797 / Num. obs: 32797 / % possible obs: 91.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.41→1.44 Å / 冗長度: 2.4 % / Rmerge(I) obs: 0.349 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique all: 1460 / % possible all: 55.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.5.0109精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X7N

1x7n


解像度: 1.41→28.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 3.172 / SU ML: 0.054 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.072 / ESU R Free: 0.072 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21388 1663 5.1 %RANDOM
Rwork0.15009 ---
obs0.15336 31134 100 %-
all-32797 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.299 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.79 Å20 Å2-1.83 Å2
2--2.35 Å20 Å2
3----2.56 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.41→28.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1510 0 32 195 1737
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221576
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021096
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0641.9672122
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.72632666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9545188
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.06824.52173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.58715266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.722156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0211728
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02322
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it37.2211.5934
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other21.171.5387
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it35.50421503
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it86.293642
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it78.1634.5619
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr52.30232672
LS精密化 シェル解像度: 1.406→1.443 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.435 72 -
Rwork0.326 1386 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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