PDB-4lug: Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase PPA1 from Arabidop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lug

タイトル

Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase PPA1 from Arabidopsis thaliana

要素

Inorganic pyrophosphatase

キーワード

HYDROLASE / Hydrolysis of pyrophosphate / Magnesium ion binding / Metal binding

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of starch metabolic process / sucrose metabolic process / cell wall biogenesis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / lipid storage / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.93 Å

データ登録者

Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Inorganic pyrophosphatase PPA1 from Arabidopsis thaliana
著者: Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M. / Sikorski, M. / Jaskolski, M.

履歴

登録	2013年7月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2014年7月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lug.cif.gz	162.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lug.ent.gz	128.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lug.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	4lug_validation.pdf.gz	430 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lug_full_validation.pdf.gz	432.4 KB	表示
XML形式データ	4lug_validation.xml.gz	16.4 KB	表示
CIF形式データ	4lug_validation.cif.gz	23.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4lug ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lu/4lug	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1twlS 1ygz 3emj 3fq3 3i4q 3tr4 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5ls0-2 5ls0-1 5ucq-d 5ty5-1 3fq3-4 5ty5-2 3fq3-3 5o34-d 6ki8-d 7dk8-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Inorganic pyrophosphatase

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

41.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

A: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

B: Inorganic pyrophosphatase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
62.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.02, 82.02, 175.08
Angle α, β, γ (deg.)	90, 90, 120
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-493- HOH
2	1	B-499- HOH

#1: タンパク質	Inorganic pyrophosphatase / At1g01050/T25K16_5 分子量: 20790.850 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-212 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: PPa1 / プラスミド: pMCSG48 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21Magic / 参照: UniProt: Q93V56, inorganic diphosphatase
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 173 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.73 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.87 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: 0.1M succinic acid, 15%(w/v) PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

BESSY

/ ビームライン: 14.1 / 波長: 0.91841 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月17日 / 詳細: mirrors

放射

モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.91841 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.93→41.01 Å / Num. all: 33078 / Num. obs: 32974 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.8 % / B_iso Wilson estimate: 40.84 Å² / R_merge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 18.76

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	R_merge F obs	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	R_rim(I) all	% possible all
1.93-2.05	0.841	0.598	2.04	17337	5353	5274	0.71	98.5
2.05-2.19	0.433	0.332	4.19	19303	5005	5000	0.387	99.9
2.19-2.36	0.234	0.18	7.48	18128	4690	4687	0.209	99.9
2.36-2.59	0.148	0.122	10.86	16765	4315	4314	0.142	100
2.59-2.89	0.079	0.067	18.24	15128	3879	3879	0.078	100
2.89-3.34	0.037	0.039	30.29	13378	3418	3417	0.045	100
3.34-4.08	0.021	0.026	45.6	11266	2914	2912	0.03	99.9
4.08-5.74	0.015	0.021	55.39	8649	2240	2237	0.024	99.9
5.74-41	0.012	0.017	59.02	4842	1264	1254	0.02	99.2

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	3.72 Å	41.01 Å
Translation	3.72 Å	41.01 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.5.2	位相決定
PHENIX	1.8.1_1168	精密化
PDB_EXTRACT	3.11	データ抽出
MxCuBE		データ収集
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1TWL

1twl

解像度: 1.93→41.01 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU ML: 0.2 / 位相誤差: 22.21 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: hydrogen atoms were added at riding positions

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1996	1005	3.05 %	RANDOM
R_work	0.1555	-	-	-
all	0.1568	33078	-	-
obs	0.1568	32971	99.68 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 105.77 Å² / B_iso mean: 44.49 Å² / B_iso min: 18.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.93→41.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2840	0	2	173	3015

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.019	2925
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.396	3995
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.088	433
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	514
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.371	1109

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.93-2.03	0.268	143	0.221	4542	4685	98
2.03-2.16	0.246	143	0.187	4568	4711	100
2.16-2.33	0.21	144	0.163	4566	4710	100
2.36-2.56	0.226	144	0.162	4569	4713	100
2.56-2.93	0.223	144	0.166	4593	4737	100
2.93-3.69	0.198	144	0.155	4555	4699	100
3.69-41.02	0.168	143	0.137	4573	4716	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.7788	0.73	0.8371	3.0605	1.4941	3.958	0.0754	0.3002	-0.1424	-0.5832	-0.0007	0.4101	0.0343	-0.2818	-0.0399	0.2569	0.0124	-0.1211	0.2861	0.013	0.3369	28.2653	21.888	84.4579
2	2.3302	0.2757	0.1576	3.6118	2.1219	7.89	0.0326	0.5916	0.1291	-0.8099	-0.221	0.3257	-0.8481	-0.7606	0.0177	0.4551	0.0524	-0.0412	0.3764	0.0795	0.3336	33.1493	33.6699	84.0042
3	1.2314	0.2951	0.525	2.3528	1.0124	3.1264	0.0611	0.1846	0.0436	-0.6944	-0.1569	0.6388	-0.694	-0.5584	0.0271	0.4	0.1063	-0.1119	0.3775	0.0341	0.4361	24.076	28.1005	88.2725
4	3.1233	-0.0721	-0.2889	2.0205	1.1716	3.5074	0.1009	0.1689	0.1544	-0.2678	-0.1199	0.4573	-0.2081	-0.7195	0.0074	0.2992	-0.0213	-0.1118	0.4209	0.0427	0.4236	21.9852	21.9233	90.7669
5	3.1175	-1.4841	-1.2739	0.8596	1.0356	1.7238	0.0229	-0.3317	-0.8377	0.2082	-0.0485	1.1197	0.4161	-0.4726	0.0947	0.348	-0.1964	-0.0183	0.5697	0.0055	0.7056	19.8414	10.1705	97.276
6	3.9181	0.2359	0.2784	3.5052	1.0108	3.5463	0.1854	-0.0533	0.6106	-0.1019	-0.0218	1.0081	-0.6405	-1.1033	0.1059	0.3796	0.1328	-0.0418	0.5586	0.06	0.5223	17.099	31.7727	99.1535
7	1.8114	-0.4312	0.2938	2.1428	1.5916	1.7466	0.0311	0.5486	-0.0518	-0.8106	-0.3832	0.7748	-0.484	-0.7364	-0.2374	0.4688	0.1197	-0.3497	0.8376	-0.0267	0.7748	14.8406	21.0314	78.9806
8	1.8362	-0.6339	0.958	2.5034	-1.3302	3.5801	0.1133	-0.1231	-0.0712	0.3295	0.0611	-0.223	-0.0802	0.2883	-0.1401	0.1803	-0.0172	-0.0511	0.2539	-0.0612	0.2574	11.4402	1.5281	66.9224
9	0.9376	-0.6583	1.4154	2.7037	-1.7043	4.7751	-0.0059	-0.0274	0.1087	0.3229	0.0094	-0.4426	-0.4406	0.4683	-0.0157	0.2002	-0.0412	-0.0079	0.3143	-0.0633	0.3146	16.8146	4.6876	63.0461
10	4.2396	0.4	-0.46	2.626	-0.5795	3.5395	0.0154	0.3789	-0.1692	-0.0036	0.0766	-0.6159	0.0911	0.8019	-0.0605	0.2208	0.0721	-0.0672	0.4353	-0.0725	0.3787	19.8091	-5.066	58.4906
11	8.0297	-3.5279	0.49	3.1296	-0.8946	3.4508	0.1293	0.2209	0.7689	-0.0934	0.0001	-0.9282	-0.5755	1.2242	-0.112	0.3083	-0.1196	0.0411	0.6688	-0.0615	0.4631	23.7589	8.4684	52.0335
12	2.7117	0.7017	-0.632	2.44	-0.961	1.0214	0.0274	-0.1102	-0.0226	0.5488	-0.1129	-0.631	0.0037	0.7649	0.1537	0.3254	0.0473	-0.259	0.5908	-0.0539	0.5706	26.1895	-2.0881	72.8298

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	CHAIN A AND (RESSEQ 33:65 )	A	33 - 65
2	X-RAY DIFFRACTION	2	CHAIN A AND (RESSEQ 66:77 )	A	66 - 77
3	X-RAY DIFFRACTION	3	CHAIN A AND (RESSEQ 78:102 )	A	78 - 102
4	X-RAY DIFFRACTION	4	CHAIN A AND (RESSEQ 103:142 )	A	103 - 142
5	X-RAY DIFFRACTION	5	CHAIN A AND (RESSEQ 143:158 )	A	143 - 158
6	X-RAY DIFFRACTION	6	CHAIN A AND (RESSEQ 159:184 )	A	159 - 184
7	X-RAY DIFFRACTION	7	CHAIN A AND (RESSEQ 185:207 )	A	185 - 207
8	X-RAY DIFFRACTION	8	CHAIN B AND (RESSEQ 33:77 )	B	33 - 77
9	X-RAY DIFFRACTION	9	CHAIN B AND (RESSEQ 78:102 )	B	78 - 102
10	X-RAY DIFFRACTION	10	CHAIN B AND (RESSEQ 103:158 )	B	103 - 158
11	X-RAY DIFFRACTION	11	CHAIN B AND (RESSEQ 159:184 )	B	159 - 184
12	X-RAY DIFFRACTION	12	CHAIN B AND (RESSEQ 185:208 )	B	185 - 208

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新型コロナ情報

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)