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- PDB-4lug: Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase PPA1 from Arabidop... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 4lug | ||||||
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Title | Crystal structure of Inorganic Pyrophosphatase PPA1 from Arabidopsis thaliana | ||||||
![]() | Inorganic pyrophosphatase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Hydrolysis of pyrophosphate / Magnesium ion binding / Metal binding | ||||||
Function / homology | ![]() regulation of starch metabolic process / sucrose metabolic process / cell wall biogenesis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / lipid storage / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus ...regulation of starch metabolic process / sucrose metabolic process / cell wall biogenesis / inorganic diphosphatase / inorganic diphosphate phosphatase activity / lipid storage / phosphate-containing compound metabolic process / magnesium ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm Similarity search - Function | ||||||
Biological species | ![]() ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. | ||||||
![]() | ![]() Title: Crystal structure of Inorganic pyrophosphatase PPA1 from Arabidopsis thaliana Authors: Grzechowiak, M. / Ruszkowski, M. / Sikorski, M. / Jaskolski, M. #1: Journal: Febs Lett. / Year: 2004 Title: Identification of an Arabidopsis inorganic pyrophosphatase capable of being imported into chloroplasts Authors: Schulze, S. / Mant, A. / Kossmann, J. / Lloyd, J.R. #2: ![]() Title: Characterization of two soluble inorganic pyrophosphatases from Arabidopsis thaliana Authors: Navarro-De la Sancha, E. / Coello-Coutino, M.P. / Valencia-Turcotte, L.G. / Hernandez-Dominguez, E.E. / Trejo-Yepes, G. / Rodriguez-Sotres, R. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 162.6 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 128.7 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 1twlS S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components on special symmetry positions |
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Components
#1: Protein | Mass: 20790.850 Da / Num. of mol.: 2 / Fragment: UNP residues 33-212 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: Chemical | #3: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.73 Å3/Da / Density % sol: 54.87 % |
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Crystal grow | Temperature: 292 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 7 Details: 0.1M succinic acid, 15%(w/v) PEG 3350, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292.0K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX-225 / Detector: CCD / Date: Nov 17, 2012 / Details: mirrors | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Monochromator: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 0.91841 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 1.93→41.01 Å / Num. all: 33078 / Num. obs: 32974 / % possible obs: 99.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Redundancy: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 40.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Net I/σ(I): 18.76 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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-Phasing
Phasing | Method: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 1TWL Resolution: 1.93→41.01 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.47 / SU ML: 0.2 / Phase error: 22.21 / Stereochemistry target values: Engh & Huber / Details: hydrogen atoms were added at riding positions
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso max: 105.77 Å2 / Biso mean: 44.49 Å2 / Biso min: 18.38 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.93→41.01 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 7
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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