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万見
- PDB-4ltd: Crystal structures of NADH:FMN oxidoreductase (EMOB) - apo form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ltd
タイトルCrystal structures of NADH:FMN oxidoreductase (EMOB) - apo form
要素NADH-dependent FMN reductase
キーワードOXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


FMN reductase [NAD(P)H] activity / alkanesulfonate catabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
NADPH-dependent FMN reductase, SsuE / : / NADPH-dependent FMN reductase-like / NADPH-dependent FMN reductase / Flavodoxin domain / Flavoprotein-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / NADH-dependent FMN reductase
類似検索 - 構成要素
生物種EDTA-degrading bacterium BNC1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.186 Å
データ登録者Nissen, M.S. / Youn, B. / Knowles, B.D. / Ballinger, J.W. / Jun, S. / Belchik, S.M. / Xun, L. / Kang, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2008
タイトル: Crystal structures of NADH:FMN oxidoreductase (EmoB) at different stages of catalysis.
著者: Nissen, M.S. / Youn, B. / Knowles, B.D. / Ballinger, J.W. / Jun, S.Y. / Belchik, S.M. / Xun, L. / Kang, C.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2013年8月7日ID: 2VZF
改定 1.02013年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADH-dependent FMN reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,4995
ポリマ－21,1161
非ポリマー3834
水2,090116
1
A: NADH-dependent FMN reductase
ヘテロ分子

A: NADH-dependent FMN reductase
ヘテロ分子

A: NADH-dependent FMN reductase
ヘテロ分子

A: NADH-dependent FMN reductase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,99520
ポリマ－84,4634
非ポリマー1,53316
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_655-x+1,-y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
crystal symmetry operation11_655-x+y+1,y,-z1
Buried area12510 Å2
ΔGint-228 kcal/mol
Surface area25970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)100.925, 100.925, 129.610
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-346-

HOH

21A-400-

HOH

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要素

#1: タンパク質 NADH-dependent FMN reductase / EmoB


分子量: 21115.639 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) EDTA-degrading bacterium BNC1 (バクテリア)
遺伝子: emoB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9F9T2, FMN reductase (NADH)
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 72.74 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 mg/mL EmoB in 20 mM sodium acetate, pH 5, 1 mM EDTA, 1 mM DTT mixed with an equal volume of reservoir solution (0.1 M MES, pH 6.5, 1.6 M ammonium sulfate, 10% dioxane), VAPOR DIFFUSION, ...詳細: 10 mg/mL EmoB in 20 mM sodium acetate, pH 5, 1 mM EDTA, 1 mM DTT mixed with an equal volume of reservoir solution (0.1 M MES, pH 6.5, 1.6 M ammonium sulfate, 10% dioxane), VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 1.0332, 0.97925, 0.97942, 0.91162
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2007年12月1日
放射モノクロメーター: Double Crystal Si(111) / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
11.03321
20.979251
30.979421
40.911621
反射解像度: 2.186→24.241 Å / Num. all: 36423 / Num. obs: 17012 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル最高解像度: 2.186 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
ADSCQuantumデータ収集
X-PLORモデル構築
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
CrystalClearデータ削減
CrystalClearデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.186→24.241 Å / SU ML: 0.18 / σ(F): 4.1 / 位相誤差: 15.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1918 1702 10 %RANDOM
Rwork0.1685 ---
obs0.1708 17012 81.88 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.186→24.241 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1404 0 20 116 1540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0091456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1671981
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.744517
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.08232
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005252
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.186-2.25070.22061000.1666903X-RAY DIFFRACTION59
2.2507-2.32330.17621100.1652987X-RAY DIFFRACTION66
2.3233-2.40620.21041160.17011044X-RAY DIFFRACTION68
2.4062-2.50250.17951220.16551101X-RAY DIFFRACTION72
2.5025-2.61620.19851330.17361195X-RAY DIFFRACTION78
2.6162-2.7540.18991420.17621277X-RAY DIFFRACTION83
2.754-2.92630.19321470.17841325X-RAY DIFFRACTION86
2.9263-3.15180.21431540.17791387X-RAY DIFFRACTION89
3.1518-3.46810.17731580.17091421X-RAY DIFFRACTION91
3.4681-3.96810.17991680.15331504X-RAY DIFFRACTION95
3.9681-4.99210.16711700.14381539X-RAY DIFFRACTION96
4.9921-24.24290.22451820.19531627X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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