PDB-4ltb: Coiled-coil domain of TRIM25

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4ltb

タイトル

Coiled-coil domain of TRIM25

要素

Tripartite motif-containing 25 variant

キーワード

METAL BINDING PROTEIN / Coiled-coil

機能・相同性

機能・相同性情報

: / regulation of viral entry into host cell / RIG-I binding / suppression of viral release by host / host-mediated suppression of symbiont invasion / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / response to vitamin D / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.59 Å

データ登録者

Pornillos, O. / Sanchez, J.G. / Okreglicka, K.

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: The tripartite motif coiled-coil is an elongated antiparallel hairpin dimer.
著者: Sanchez, J.G. / Okreglicka, K. / Chandrasekaran, V. / Welker, J.M. / Sundquist, W.I. / Pornillos, O.

履歴

登録	2013年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年2月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月19日	Group: Database references
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4ltb.cif.gz	80.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4ltb.ent.gz	61.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4ltb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/4ltb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lt/4ltb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4cfg-d 2140 4cii-d 6bcn-4 6h9l-d 6t4r-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#163 - 2013年7月 HIVカプシド (HIV Capsid) 類似性 (11) #122 - 2010年2月エンハンセオソーム (Enhanceosome) 類似性 (3) #128 - 2010年8月インターフェロン (Interferons) 類似性 (2) #79 - 2006年7月アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein) 類似性 (1) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (1) #186 - 2015年6月終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products) 類似性 (1) #56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#163 - 2013年7月
HIVカプシド (HIV Capsid)
類似性 (11)
#122 - 2010年2月
エンハンセオソーム (Enhanceosome)
類似性 (3)
#128 - 2010年8月
インターフェロン (Interferons)
類似性 (2)
#79 - 2006年7月
アミロイドβ前駆体タンパク質 (Amyloid-beta Precursor Protein)
類似性 (1)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (1)
#186 - 2015年6月
終末糖化産物受容体 (Receptor for Advanced Glycation End Products)
類似性 (1)
#56 - 2004年8月
カスパーゼ (Caspases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Tripartite motif-containing 25 variant

B: Tripartite motif-containing 25 variant

43.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.669, 83.158, 92.851
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details
1	1	1	chain 'B' and (resseq 190:192 or (resseq 193 and backbone)...
2	1	1	chain 'A' and (resseq 190:192 or (resseq 193 and backbone)...
1	1	2	chain 'B' and (resseq 202:208 )
2	1	2	chain 'A' and (resseq 202:208 )
1	1	3	chain 'B' and (resseq 209:215 )
2	1	3	chain 'A' and (resseq 209:215 )
1	1	4	chain 'B' and (resseq 216:217 or (resseq 218 and backbone) or resseq 219:222 )
2	1	4	chain 'A' and (resseq 216:217 or (resseq 218 and backbone) or resseq 219:222 )
1	1	5	chain 'B' and (resseq 223:225 or (resseq 226 and backbone)...
2	1	5	chain 'A' and (resseq 223:225 or (resseq 226 and backbone)...
1	1	6	chain 'B' and (resseq 234:235 or (resseq 236 and backbone...
2	1	6	chain 'A' and (resseq 234:235 or (resseq 236 and backbone...
1	1	7	chain 'B' and (resseq 245:251 )
2	1	7	chain 'A' and (resseq 245:251 )
1	1	8	chain 'B' and (resseq 252:260 or (resseq 261 and backbone) or resseq 262 )
2	1	8	chain 'A' and (resseq 252:260 or (resseq 261 and backbone) or resseq 262 )
1	1	9	chain 'B' and (resseq 263:267 or (resseq 268 and backbone) or resseq 269:273 )
2	1	9	chain 'A' and (resseq 263:267 or (resseq 268 and backbone) or resseq 269:273 )
1	1	10	chain 'B' and (resseq 274:280 )
2	1	10	chain 'A' and (resseq 274:280 )
1	1	11	chain 'B' and (resseq 281:282 or (resseq 283:284 and backbone)...
2	1	11	chain 'A' and (resseq 281:282 or (resseq 283:284 and backbone)...
1	1	12	chain 'B' and (resseq 288:298 )
2	1	12	chain 'A' and (resseq 288:298 )
1	1	13	chain 'B' and (resseq 329:330 or (resseq 331:332 and backbone)...
2	1	13	chain 'A' and (resseq 329:330 or (resseq 331:332 and backbone)...
1	1	14	chain 'B' and (resseq 337:347 )
2	1	14	chain 'A' and (resseq 337:347 )
1	1	15	chain 'B' and (resseq 348:353 or (resseq 354 and backbone) or resseq 355:356 )
2	1	15	chain 'A' and (resseq 348:353 or (resseq 354 and backbone) or resseq 355:356 )
1	1	16	chain 'B' and ((resseq 306:307 and backbone) or resseq 308:314 or (resseq 315 and backbone) )
2	1	16	chain 'A' and (resseq 306:315 )

NCSアンサンブル:

詳細

asymmetric unit

#1: タンパク質	Tripartite motif-containing 25 variant 分子量: 21871.787 Da / 分子数: 2 / 断片: Coiled-coil/L2 fragment residues 203-393 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q59GW5, UniProt: Q14258*PLUS
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 55 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.54 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.67 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 6-12% PEG 4000, 10 mM sodium acetate, pH 5.3-6.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K PH範囲: 5.3-6.6

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2013年2月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 13941 / % possible obs: 96.9 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 13.1 % / B_iso Wilson estimate: 43.8 Å² / R_sym value: 0.14 / Net I/σ(I): 17.3
反射シェル	解像度: 2.6→2.69 Å / 冗長度: 9.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.78 / % possible all: 81.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(AutoMR)	モデル構築
PHENIX	(phenix.refine: dev_1427)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX	(AutoMR)	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.59→42.209 Å / SU ML: 0.33 / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.44 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2572	1296	9.94 %
R_work	0.2028	-	-
obs	0.2082	13042	90.33 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.59→42.209 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2778	0	0	55	2833

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.009	2802
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.165	3752
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.321	1130
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	438
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	480

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)
1	1	B	73	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
1	2	A	73	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
2	1	B	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
2	2	A	60	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.043
3	1	B	55	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
3	2	A	55	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.048
4	1	B	44	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
4	2	A	44	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.051
5	1	B	73	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
5	2	A	73	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.065
6	1	B	81	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
6	2	A	81	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.035
7	1	B	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
7	2	A	58	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.033
8	1	B	76	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
8	2	A	76	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
9	1	B	89	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
9	2	A	89	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
10	1	B	63	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
10	2	A	63	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.041
11	1	B	43	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
11	2	A	43	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.052
12	1	B	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
12	2	A	91	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.039
13	1	B	48	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
13	2	A	48	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.032
14	1	B	90	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
14	2	A	90	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.034
15	1	B	65	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
15	2	A	65	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.038
16	1	B	66	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL
16	2	A	66	X-RAY DIFFRACTION	POSITIONAL	0.045

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.5896-2.6932	0.3643	94	0.3	892	X-RAY DIFFRACTION	63
2.6932-2.8158	0.3646	120	0.2988	1083	X-RAY DIFFRACTION	76
2.8158-2.9642	0.3586	136	0.2686	1230	X-RAY DIFFRACTION	86
2.9642-3.1499	0.314	142	0.229	1309	X-RAY DIFFRACTION	92
3.1499-3.393	0.2839	155	0.2189	1392	X-RAY DIFFRACTION	97
3.393-3.7342	0.2424	155	0.196	1402	X-RAY DIFFRACTION	98
3.7342-4.2741	0.2543	159	0.1757	1431	X-RAY DIFFRACTION	99
4.2741-5.3832	0.1958	162	0.1833	1460	X-RAY DIFFRACTION	100
5.3832-42.2148	0.2327	173	0.178	1547	X-RAY DIFFRACTION	100

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