PDB-4lsz: Caspase-7 in Complex with DARPin D7.18

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lsz

タイトル

Caspase-7 in Complex with DARPin D7.18

要素

Caspase-7 subunit p10
Caspase-7 subunit p20
DARPin D7.18

キーワード

HYDROLASE / Complex structure / Caspase-7 / selected and specific DARPin D7.18

機能・相同性

機能・相同性情報

caspase-7 / lymphocyte apoptotic process / positive regulation of plasma membrane repair / cellular response to staurosporine / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Activation of caspases through apoptosome-mediated cleavage / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / fibroblast apoptotic process / execution phase of apoptosis ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.26 Å

データ登録者

Fluetsch, A. / Lukarska, M. / Gruetter, M.G.

引用

ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2014
タイトル: Combined inhibition of caspase 3 and caspase 7 by two highly selective DARPins slows down cellular demise.
著者: Flutsch, A. / Ackermann, R. / Schroeder, T. / Lukarska, M. / Hausammann, G.J. / Weinert, C. / Briand, C. / Grutter, M.G.

履歴

登録	2013年7月23日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2014年7月2日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年7月9日	Group: Database references
改定 1.2	2017年11月15日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.3	2023年9月20日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lsz.cif.gz	321.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lsz.ent.gz	263 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lsz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lsz_validation.pdf.gz	467.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lsz_full_validation.pdf.gz	472.7 KB	表示
XML形式データ	4lsz_validation.xml.gz	28.7 KB	表示
CIF形式データ	4lsz_validation.cif.gz	40.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/4lsz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ls/4lsz	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	2p2cS 3ibcS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3jyh-1 4jb8-1 1r5i-1 6gb9-1 5xam-2 2oje-1 2oan-1 2oje-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#56 - 2004年8月カスパーゼ (Caspases) 類似性 (21) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (12) #177 - 2014年9月アポトソーム (Apoptosomes) 類似性 (3) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Caspase-7 subunit p20

B: Caspase-7 subunit p10

C: Caspase-7 subunit p20

D: Caspase-7 subunit p10

E: DARPin D7.18

F: DARPin D7.18

101 kDa, 6 ポリマー
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1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	59.840, 82.310, 95.080
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 91.86, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	2
3	3

/ NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Caspase-7 subunit p20 / CASP-7 / Apoptotic protease Mch-3 / CMH-1 / ICE-like apoptotic protease 3 / ICE-LAP3 / Caspase-7 ...CASP-7 / Apoptotic protease Mch-3 / CMH-1 / ICE-like apoptotic protease 3 / ICE-LAP3 / Caspase-7 subunit p20 / Caspase-7 subunit p11 分子量: 19750.766 Da / 分子数: 2 / 断片: Caspase-7 subunit p20, UNP residues 24-198 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP7, MCH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55210, caspase-7
#2: タンパク質	Caspase-7 subunit p10 / CASP-7 / Apoptotic protease Mch-3 / CMH-1 / ICE-like apoptotic protease 3 / ICE-LAP3 / Caspase-7 ...CASP-7 / Apoptotic protease Mch-3 / CMH-1 / ICE-like apoptotic protease 3 / ICE-LAP3 / Caspase-7 subunit p20 / Caspase-7 subunit p11 分子量: 12424.015 Da / 分子数: 2 / 断片: Caspase-7 subunit p10, UNP residues 207-303 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP7, MCH3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P55210, caspase-7
#3: タンパク質	DARPin D7.18 分子量: 18296.254 Da / 分子数: 2 / 断片: DARPin D7.18 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.95 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 0.8M Sodium Formate, 100mM Tris, 13% PEG 4000, pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293.15K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年8月10日
放射	モノクロメーター: X06SA / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.26→50 Å / Num. all: 43329 / Num. obs: 42969 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射シェル	解像度: 2.26→2.32 Å / % possible all: 99.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHASER		位相決定
PHENIX	(phenix.refine: 1.8.2_1309)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3IBC, 2P2C

3ibc

2p2c

解像度: 2.26→12.934 Å / SU ML: 0.24 / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2084	1713	4 %	RANDOM by Phenix
R_work	0.1749	-	-	-
obs	0.1762	42872	99.53 %	-
all	-	43329	-	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.26→12.934 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6084	0	0	141	6225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.008	6221
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.06	8411
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.163	2272
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.076	926
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1107

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.2601-2.3262	0.287	140	0.2311	3376	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3262-2.4008	0.2906	141	0.2229	3395	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4008-2.4861	0.303	143	0.2167	3430	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4861-2.5849	0.2571	142	0.2247	3418	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5849-2.7015	0.2584	143	0.2162	3435	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7015-2.8425	0.2532	143	0.2106	3432	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8425-3.0184	0.2431	143	0.2038	3420	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0184-3.2481	0.2415	143	0.1964	3427	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2481-3.5687	0.2085	143	0.1783	3440	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5687-4.071	0.1906	144	0.1518	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
4.071-5.0769	0.1657	142	0.1331	3446	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0769-12.9347	0.1674	146	0.1616	3494	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	7.503	3.8545	-1.8338	4.0662	-1.1319	3.1035	-0.0746	0.3919	0.3081	-0.0667	0.0639	0.1157	-0.1551	-0.0379	0.0338	0.4091	0.0263	-0.062	0.3866	0.016	0.3168	-5.6946	12.1696	6.9218
2	4.1761	0.4376	-0.1384	1.791	-1.1692	4.6152	-0.1573	0.2521	-0.1966	-0.0006	-0.0114	0.2773	0.1696	-0.3068	0.1586	0.3043	-0.0026	-0.0568	0.3933	-0.0597	0.3158	-14.0665	2.8959	5.8605
3	5.8633	2.0323	-1.6257	3.7022	-1.4258	5.1011	-0.0381	0.2624	-0.2011	0.1156	-0.0915	-0.0336	-0.0626	0.0626	0.1995	0.2687	0.0238	-0.0768	0.3771	-0.0226	0.2802	-5.1287	6.4318	6.5227
4	4.8117	3.3554	-5.0299	3.922	-3.0086	5.4389	-0.3536	-0.1966	-0.5507	-0.1753	-0.0605	-0.0661	0.3944	0.461	0.462	0.4045	0.0781	0.0105	0.4224	-0.0472	0.523	-2.9599	-4.3289	10.2934
5	5.6293	2.034	-2.9111	2.3596	-2.5706	6.3711	-0.184	-0.4454	-0.3282	-0.0665	-0.044	0.085	0.3583	0.1505	0.1704	0.314	0.0123	-0.0515	0.3298	0.0143	0.3722	-6.4206	4.1171	19.3946
6	3.6576	-1.6725	-4.8372	7.025	0.866	6.7401	0.3772	0.335	0.082	-0.1771	-0.6948	-0.8492	0.1033	0.7604	0.113	0.3668	-0.0106	-0.034	0.6012	0.0968	0.4971	11.9595	7.8453	11.9707
7	4.2741	-0.0405	2.7835	2.1741	-3.6951	8.5453	-0.3667	-0.7448	-0.4073	-0.158	0.165	0.305	0.3341	-0.4719	0.2368	0.3634	0.0265	0.0183	0.4011	-0.1105	0.4325	-15.3646	1.5012	21.9005
8	8.7915	5.1515	-0.9061	6.0475	0.0387	2.2267	-0.3066	-0.1419	0.5549	-0.2325	0.143	0.376	-0.2891	-0.4307	0.1224	0.3409	0.0643	-0.0829	0.3954	-0.0002	0.3385	-12.0559	16.4205	19.0026
9	6.1473	5.511	-5.3695	8.8213	-4.9664	4.5799	0.2291	-0.1206	-0.0416	0.2839	0.0139	0.7731	0.0251	-0.4082	-0.1809	0.3249	0.0218	-0.0281	0.4572	-0.0552	0.4507	-18.7705	5.1716	29.0255
10	4.6129	-3.9402	3.9296	4.001	-3.8462	7.2765	-0.1328	0.4051	0.5923	-0.6022	-0.2015	-0.4195	-0.3329	0.6148	0.364	0.3278	-0.0803	-0.082	0.3294	0.0322	0.4425	1.2886	16.7403	15.4609
11	5.3814	-3.8685	-0.7864	7.7475	1.2314	1.636	-0.0381	-0.2617	-0.0089	0.002	-0.0592	-0.2523	-0.1498	0.1763	0.0779	0.395	-0.0262	-0.06	0.473	0.0435	0.2577	10.8025	4.714	39.2667
12	1.7467	-0.5216	-0.1457	1.6505	-0.3451	3.098	-0.06	-0.3649	-0.0972	0.0493	-0.1043	-0.0335	-0.1791	0.1395	0.1797	0.3282	-0.0427	-0.0894	0.5267	0.041	0.3422	9.1722	5.5531	44.3169
13	3.7756	0.0887	-1.5695	7.3148	2.3102	3.1159	-0.3066	-0.2465	-0.5279	-0.1388	0.2406	-0.2164	0.1418	0.1337	0.1031	0.277	-0.0271	-0.0151	0.4119	0.0876	0.3137	7.7733	-3.7541	35.4969
14	5.1471	-1.3483	-1.8968	3.5003	1.3053	4.8996	-0.0063	-0.2642	-0.1549	0.1617	0.0833	-0.0763	0.0938	-0.3308	0.0141	0.2846	-0.0427	-0.0858	0.3996	0.0674	0.3394	0.9972	2.5648	34.8679
15	4.9013	4.9519	-4.5174	5.0039	-4.5843	4.2933	-0.2046	0.8769	0.3474	-0.7539	-0.344	-1.1851	0.1114	1.3308	0.5899	0.7804	-0.0228	-0.0074	0.8889	0.1821	0.5517	16.9145	6.3604	6.0824
16	3.6094	0.7847	-4.7572	3.3744	0.217	6.7252	0.0185	0.7194	-0.2294	0.2341	-0.0867	0.7063	-0.0992	-0.7919	-0.0623	0.3439	0.0079	-0.001	0.533	0.0267	0.4527	-9.5704	6.3012	34.6311
17	9.6589	-0.1673	6.6633	2.891	2.3641	9.1869	-0.3539	0.3519	0.0597	0.1828	0.1417	-0.0829	0.1718	0.7355	0.2336	0.3474	-0.0557	0.0048	0.5459	0.0463	0.4255	17.4194	0.8292	24.5374
18	7.6739	-5.6026	-5.4209	5.4344	5.946	8.1529	-0.2798	0.133	0.884	-0.626	0.6342	-1.4108	-0.6376	1.0911	-0.4382	0.4131	-0.1096	-0.0829	0.5477	0.0345	0.4589	16.2298	13.1789	29.3481
19	8.9565	-5.6096	-3.2894	5.9414	3.5529	3.7202	0.1161	0.1983	0.2607	0.0099	-0.0389	-0.5454	0.001	0.2186	-0.1641	0.3383	-0.0885	-0.0234	0.4187	0.1185	0.4702	15.6778	9.6032	21.3449
20	7.035	0.1943	-0.9298	6.5426	1.1979	4.2381	-0.0818	-0.314	0.4961	0.0316	-0.194	0.1762	-0.4992	-0.187	0.2804	0.3336	0.0167	-0.0763	0.3978	-0.0487	0.3362	-0.3942	14.4523	31.2516
21	4.1037	1.6213	1.0125	3.1607	-3.516	9.2791	-0.1539	-0.0325	2.4512	-0.7601	-0.1367	1.1837	-0.9419	-0.9917	0.2735	0.7357	0.0694	-0.1776	0.5864	-0.0894	1.0322	-22.2361	20.2687	-7.6944
22	5.0333	-2.3343	2.7338	6.415	-1.9765	3.5657	-0.4696	0.2414	1.1109	-0.1446	-0.0546	0.795	-0.8228	0.2954	0.5221	0.5364	-0.0168	-0.0928	0.4729	-0	0.5332	-17.8529	13.1693	-9.9478
23	5.887	1.4977	2.469	7.0916	-0.4472	3.1768	-0.0204	0.4702	-0.0948	-0.2314	0.0587	0.6186	-0.2784	0.1853	-0.0182	0.4891	0.0363	-0.0548	0.6082	-0.0623	0.4174	-19.6091	2.2477	-13.6833
24	4.9743	-1.0075	-1.6773	7.1796	-6.832	7.9484	0.2922	0.0414	-0.7498	1.095	0.6049	1.2149	-0.7898	-1.6089	-0.4072	0.6618	0.0075	-0.0743	0.5703	-0.1466	0.8412	-27.4303	-8.3543	-12.4368
25	6.562	-0.3462	1.1061	7.1604	-3.5285	8.717	0.0592	-0.7961	-1.3836	0.5433	0.499	0.1151	1.2404	-0.5317	-0.5413	0.7085	0.0601	-0.2669	0.6701	-0.1248	0.8842	-20.3978	-15.7549	-10.9993
26	4.0927	-2.2621	4.4242	4.7072	-5.0315	6.7681	-0.6976	0.9803	1.2497	-0.9225	0.8022	-0.0939	-0.2857	-0.3843	0.0525	0.7449	-0.0959	-0.0717	0.7219	0.1016	0.6213	18.3686	18.2996	55.7356
27	9.1716	2.6542	6.0094	5.7193	4.2436	5.9529	-0.2538	0.3156	0.6022	-0.6932	0.0514	-1.3623	-0.4344	0.3575	0.2003	0.7731	-0.1681	-0.1344	0.6974	0.1028	0.7489	26.1053	17.9421	58.4923
28	6.8935	0.0833	3.2802	5.6659	0.2779	5.8708	-0.3901	-0.2237	0.2897	0.089	0.147	-0.4272	-0.4103	-0.3463	0.2128	0.4129	-0.0109	-0.0287	0.6004	0.0302	0.2927	18.2862	5.8638	59.2437
29	4.0595	-1.4133	2.505	7.212	0.7802	5.6947	0.1763	-0.3593	-0.3071	0.093	0.0904	-0.6693	0.2492	-0.0268	-0.2686	0.4584	-0.0351	-0.0318	0.6024	0.1042	0.4729	21.3983	-7.551	60.3673
30	2.6524	-1.5774	1.2326	3.5882	2.5122	4.3766	0.3617	0.5009	-0.9694	-0.306	0.1446	0.0729	1.055	0.1601	-0.4711	0.8509	-0.1134	-0.2386	0.7677	0.1267	0.8906	18.4895	-19.9531	55.6343

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 58:78)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 79:128)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 129:146)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 147:171)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 172:197)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain B and resid 210:220)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain B and resid 221:238)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain B and resid 239:262)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain B and resid 263:291)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain B and resid 292:303)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain C and resid 58:91)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain C and resid 92:134)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain C and resid 135:163)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain C and resid 164:192)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain C and resid 193:198)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain D and resid 209:223)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain D and resid 224:238)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain D and resid 239:251)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain D and resid 252:288)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain D and resid 289:303)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(chain E and resid 12:34)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(chain E and resid 35:60)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(chain E and resid 61:122)
24	X-RAY DIFFRACTION	24	(chain E and resid 123:133)
25	X-RAY DIFFRACTION	25	(chain E and resid 134:164)
26	X-RAY DIFFRACTION	26	(chain F and resid 13:22)
27	X-RAY DIFFRACTION	27	(chain F and resid 23:37)
28	X-RAY DIFFRACTION	28	(chain F and resid 38:90)
29	X-RAY DIFFRACTION	29	(chain F and resid 91:135)
30	X-RAY DIFFRACTION	30	(chain F and resid 136:166)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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