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万見
- PDB-4lsw: Crystallization and Structural Analysis of 2-Hydroxyacid Dehydrog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lsw
タイトルCrystallization and Structural Analysis of 2-Hydroxyacid Dehydrogenase from Ketogulonicigenium vulgare Y25
要素D-2-hydroxyacid dehydrogensase protein
キーワードHYDROLASE / hydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-OH group of donors, NAD or NADP as acceptor / NAD binding
類似検索 - 分子機能
D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, catalytic domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding domain / D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD binding domain / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
D-2-hydroxyacid dehydrogensase protein
類似検索 - 構成要素
生物種Ketogulonicigenium vulgare (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.64 Å
データ登録者Han, X. / Liu, X.
引用ジャーナル: Biotechnol.Lett. / 年: 2014
タイトル: Crystallization and structural analysis of 2-hydroxyacid dehydrogenase from Ketogulonicigenium vulgare.
著者: Han, X. / Xiong, X. / Hu, X. / Li, M. / Zhang, W. / Liu, X.
履歴
登録2013年7月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02013年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12015年6月17日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: D-2-hydroxyacid dehydrogensase protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3941
ポリマ－34,3941
非ポリマー00
水7,746430
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: D-2-hydroxyacid dehydrogensase protein

A: D-2-hydroxyacid dehydrogensase protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,7882
ポリマ－68,7882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5060 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area25970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)111.202, 52.333, 65.647
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.46, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-420-

HOH

21A-422-

HOH

31A-793-

HOH

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要素

#1: タンパク質 D-2-hydroxyacid dehydrogensase protein


分子量: 34394.133 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Ketogulonicigenium vulgare (バクテリア)
株: Y25 / 参照: UniProt: E3F052
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 430 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 6

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.57 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 23% PEG 3350, 0.2M MgCl, 0.1M pH 7.0 HEPES, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BSRF / ビームライン: 1W2B / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年10月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.64→50 Å / Num. obs: 38014 / % possible obs: 85 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル
解像度 (Å)Diffraction-ID% possible all
1.64-1.71100
1.7-2.081100
2.08-2.88198
2.88-4.15199
4.15-50199

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
PHASES位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.7.3_928)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3BA1

3ba1


解像度: 1.64→50 Å / SU ML: 0.23 / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.82 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2514 1900 4.26 %random
Rwork0.2113 ---
all0.247 ---
obs0.2129 38014 87.4 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.47 Å / VDWプローブ半径: 0.8 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 33.584 Å2 / ksol: 0.435 e/Å3
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8904 Å20 Å21.3604 Å2
2--0.7057 Å20 Å2
3---1.1847 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.64→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2419 0 0 430 2849
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062466
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0553352
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.983898
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.069381
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004444
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.5368-1.57520.3142930.3044209158
1.5752-1.61780.30911510.2923339393
1.6178-1.66540.31131570.2559355897
1.6654-1.71920.28491600.2294357998
1.7192-1.78060.26191580.2213357198
1.7806-1.85190.23371600.216357098
1.8519-1.93610.26991320.2102295781
1.9361-2.03810.23071570.1993356297
2.0381-2.16580.24961610.2005360999
2.1658-2.33290.2655860.1955195553
2.3329-2.56740.24011620.2015361198
2.5674-2.93840.23851600.1997361098
2.9384-3.70010.2461300.1963293391
3.7001-24.6740.24051310.2163294181

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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