[日本語] English
万見
- PDB-4ls7: Crystal structure of Bacillus subtilis beta-ketoacyl-ACP synthase... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4ls7
タイトルCrystal structure of Bacillus subtilis beta-ketoacyl-ACP synthase II (FabF) in a non-covalent complex with cerulenin
要素3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
キーワードtransferase/transferase inhibitor / KASII / CONDENSING ENZYME / FATTY ACID ELONGATION / DRUG TARGET / transferase-transferase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / fatty acid biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal ...3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / Beta-ketoacyl synthase / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Cerulenin / : / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / フーリエ合成 / 解像度: 1.674 Å
データ登録者Trajtenberg, F. / Larrieux, N. / Buschiazzo, A.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2014
タイトル: Structural insights into bacterial resistance to cerulenin.
著者: Trajtenberg, F. / Altabe, S. / Larrieux, N. / Ficarra, F. / de Mendoza, D. / Buschiazzo, A. / Schujman, G.E.
履歴
登録2013年7月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02014年4月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年6月4日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
B: 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,19012
ポリマ－91,2192
非ポリマー97110
水12,556697
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8000 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area25550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.266, 87.721, 144.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase 2 / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II / Beta-ketoacyl-ACP synthase II / KAS II


分子量: 45609.285 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: fabF, yjaY, BSU11340 / プラスミド: pQE32L / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): M15
参照: UniProt: O34340, beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase II
#2: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-1X9 / Cerulenin / (2R,3S)-3-[(4E,7E)-nona-4,7-dienoyl]oxirane-2-carboxamide / セルレニン


分子量: 223.268 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H17NO3 / コメント: 抗真菌剤, 抗生剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 697 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.08 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 10% PEG3350, 0.25 M KCl, vapor diffusion, hanging drop, soaking with cerulenin (10 mg/mL) for 30 min , pH 8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2009年3月4日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: multilayer mirrors (Varimax-HF) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.674→144.73 Å / Num. all: 105207 / Num. obs: 105207 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 18.21 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rsym value: 0.046 / Net I/σ(I): 16.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsRsym valueDiffraction-ID% possible all
1.67-1.763.40.4411.70.441195.4
1.76-1.873.50.2952.60.295198.8
1.87-23.50.1854.10.185199
2-2.163.50.1067.20.106199.5
2.16-2.373.60.07110.80.071199.7
2.37-2.653.60.05114.80.051199.9
2.65-3.063.60.036200.0361100
3.06-3.743.60.02428.80.0241100
3.74-5.293.60.01834.30.018199.9
5.29-28.9463.50.01829.40.018198.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALA3.3.20データスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
MAR345dtbデータ収集
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: PDB ENTRY 4LS5

4ls5


解像度: 1.674→28.921 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.16 / SU ML: 0.14 / σ(F): 0.92 / 位相誤差: 18.62 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1801 1051 1.01 %
Rwork0.1507 --
obs0.151 103055 93.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 24.9851 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.674→28.921 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6137 0 60 697 6894
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0076577
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1178926
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8892408
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0771008
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6741-1.71590.26641420.245512564X-RAY DIFFRACTION87
1.7159-1.76230.25391550.226613408X-RAY DIFFRACTION93
1.7623-1.81420.25151320.210913505X-RAY DIFFRACTION94
1.8142-1.87270.24711160.195813605X-RAY DIFFRACTION94
1.8727-1.93960.1951400.178313622X-RAY DIFFRACTION94
1.9396-2.01730.22091250.166413617X-RAY DIFFRACTION94
2.0173-2.10910.20911220.157113695X-RAY DIFFRACTION94
2.1091-2.22020.1761450.146513697X-RAY DIFFRACTION95
2.2202-2.35930.18391220.147113720X-RAY DIFFRACTION95
2.3593-2.54130.18691490.149913737X-RAY DIFFRACTION95
2.5413-2.79690.18881440.148413777X-RAY DIFFRACTION95
2.7969-3.20110.16581680.146913716X-RAY DIFFRACTION95
3.2011-4.03140.14251370.126713800X-RAY DIFFRACTION95
4.0314-28.92490.1561480.129913967X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.5572-0.07960.18171.0611-0.04440.9053-0.0003-0.07610.07120.0543-0.01370.0067-0.1275-0.14010.00940.11480.0170.0070.1352-0.01150.1064-9.043-13.503724.8554
20.7017-0.07530.23950.8313-0.13051.00170.0918-0.0433-0.1314-0.0740.00380.07390.1969-0.1356-0.07720.1455-0.0158-0.04540.12790.01110.1367-13.3232-39.776213.6436
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain A
2X-RAY DIFFRACTION2chain B

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る