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万見
- PDB-4lrr: Ternary complex between E. coli thymidylate synthase, dUMP, and F9 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lrr
タイトルTernary complex between E. coli thymidylate synthase, dUMP, and F9
要素Thymidylate synthase
キーワードTRANSFERASE / Thymidine monophosphate synthesis / N-terminal acetylated methionine / beta-mercaptoethanol modified cysteine
機能・相同性
機能・相同性情報


thymidylate synthase / thymidylate synthase activity / dTMP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / methylation / cytosol
類似検索 - 分子機能
Thymidylate Synthase; Chain A / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase, active site / Thymidylate synthase active site. / Thymidylate synthase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase domain / Thymidylate synthase/dCMP hydroxymethylase superfamily / Thymidylate synthase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CF9 / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Thymidylate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.41 Å
データ登録者Mangani, S. / Pozzi, C. / Ferrari, S. / Costi, M.P.
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2013
タイトル: 2'-Deoxyuridine 5'-Monophosphate Substrate Displacement in Thymidylate Synthase through 6-Hydroxy-2H-naphtho[1,8-bc]furan-2-one Derivatives.
著者: Ferrari, S. / Calo, S. / Leone, R. / Luciani, R. / Costantino, L. / Sammak, S. / Di Pisa, F. / Pozzi, C. / Mangani, S. / Costi, M.P.
履歴
登録2013年7月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月11日Group: Database references
改定 1.22025年3月26日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,00011
ポリマ－30,5881
非ポリマー1,41210
水3,045169
1
A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子

A: Thymidylate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,99922
ポリマ－61,1762
非ポリマー2,82420
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation16_554x,-y,-z-1/21
Buried area8190 Å2
ΔGint-184 kcal/mol
Surface area20530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)131.184, 131.184, 131.184
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 Thymidylate synthase / TS / TSase


分子量: 30587.783 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: O157:H7 / 遺伝子: thyA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A886, thymidylate synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物 ChemComp-CF9 / 2-oxo-2H-naphtho[1,8-bc]furan-6-yl 4-nitrobenzoate


分子量: 335.267 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H9NO6
#4: 化合物 ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP


分子量: 308.182 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H13N2O8P
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.3
詳細: 0.1 M bicine, 3.2 M ammonium sulfate, 2 mM F9 in 10:1 v/v mixture of water/DMSO, 40 mM 2'-deoxyuridine-5'-monophosphate, pH 8.3, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2005年2月11日
放射モノクロメーター: Diamond(001) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.41→65.65 Å / Num. all: 14735 / Num. obs: 14735 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 10.9 % / Biso Wilson estimate: 26.41 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Net I/σ(I): 6.9
反射 シェル解像度: 2.41→2.57 Å / 冗長度: 10 % / Rmerge(I) obs: 0.175 / Mean I/σ(I) obs: 2.8 / Num. unique all: 2307 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOLREP位相決定
REFMAC5.7.0029精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.41→37.87 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.916 / SU B: 5.807 / SU ML: 0.138 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.306 / ESU R Free: 0.233 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23001 746 5.1 %RANDOM
Rwork0.16969 ---
obs0.17263 13989 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 26.399 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error free: 0.233 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.41→37.87 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2141 0 85 169 2395
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0192281
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7451.9683109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.9495262
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.77824.107112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.52915354
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.2351513
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2328
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211754
LS精密化 シェル解像度: 2.41→2.469 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.29 57 -
Rwork0.185 1041 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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