PDB-4lr8: Phosphopentomutase S154A variant soaked with ribose 5-phosphate

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 4lr8

タイトル

Phosphopentomutase S154A variant soaked with ribose 5-phosphate

要素

Phosphopentomutase

キーワード

ISOMERASE / alkaline phosphatase family

機能・相同性

機能・相同性情報

phosphopentomutase / phosphopentomutase activity / cellular metabolic compound salvage / 2-deoxyribose 1-phosphate catabolic process / 5-phosphoribose 1-diphosphate biosynthetic process / nucleotide metabolic process / manganese ion binding / magnesium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus cereus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Birmingham, W.A. / Starbird, C.A. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.

引用

ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2014
タイトル: Bioretrosynthetic construction of a didanosine biosynthetic pathway.
著者: Birmingham, W.R. / Starbird, C.A. / Panosian, T.D. / Nannemann, D.P. / Iverson, T.M. / Bachmann, B.O.

履歴

登録	2013年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2013年7月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2014年3月26日	Group: Database references
改定 1.2	2014年4月9日	Group: Database references
改定 1.3	2014年4月30日	Group: Database references
改定 1.4	2019年7月17日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software / struct_conn Item: _software.name / _software.version / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年9月20日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	4lr8.cif.gz	485.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb4lr8.ent.gz	397.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	4lr8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	4lr8_validation.pdf.gz	493 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	4lr8_full_validation.pdf.gz	504 KB	表示
XML形式データ	4lr8_validation.xml.gz	50.8 KB	表示
CIF形式データ	4lr8_validation.cif.gz	72.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lr8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/lr/4lr8	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4lr7C 4lr9C 4lraC 4lrbC 4lrcC 4lrdC 4lreC 4lrfC 3m8wS 3m8z 3twz 3tx0 3un3 C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3un5-2 6e43-1 4lrb-3 6dpr-2 4k05-1 6sw2-d 4lrf-1 3un5-1 3tx0-d 4lre-3 2hmy-d 1lq8-4 1xu8-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Phosphopentomutase

B: Phosphopentomutase

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

141 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.3 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Phosphopentomutase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.168, 76.497, 106.967
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 108.89, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 ABC

#1: タンパク質

Phosphopentomutase / Phosphodeoxyribomutase

分子量: 46464.375 Da / 分子数: 3 / 変異: S154A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Bacillus cereus (バクテリア) / 遺伝子: BC_4087, deoB / プラスミド: pET / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q818Z9, phosphopentomutase

#5: 糖

ChemComp-HSX / 5-O-phosphono-alpha-D-ribofuranose / 5-O-phosphono-alpha-D-ribose / 5-O-phosphono-D-ribose / 5-O-phosphono-ribose / α-D-リボフラノ-ス5-りん酸

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 230.110 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₅H₁₁O₈P

-
非ポリマー , 4種, 745分子

#2: 化合物	ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 733 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: 17% PEG3350, 50 mM manganese chloride, 50 mM ammonium acetate, 100 mM Bis-Tris, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.979 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 90848 / % possible obs: 96.6 % / Observed criterion σ(F): -3 / R_sym value: 0.08 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / R_sym value: 0.37 / % possible all: 85.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
CNS		精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3M8W

3m8w

解像度: 2→20 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.945 / SU B: 7.359 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.202	4452	4.9 %	RANDOM
R_work	0.16382	-	-	-
obs	0.16562	86343	96.47 %	-
all	-	89502	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.389 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.78 Å²	0 Å²	-0.6 Å²
2-	-	-1.37 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→20 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9185	0	57	733	9975

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.022	9501
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.174	1.99	12858
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.563	5	1190
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.618	25	444
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	13.958	15	1673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.861	15	49
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.076	0.2	1398
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.021	7227
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.366	1.5	5873
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.72	2	9467
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.402	3	3628
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.392	4.5	3391
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2→2.051 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.258	272	-
R_work	0.224	5488	-
obs	-	-	83.37 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.9573	-0.3019	-0.2773	1.6031	0.429	1.5396	-0.0087	0.3099	-0.0049	-0.3159	0.0089	0.1062	-0.0121	0.0106	-0.0002	0.1383	-0.0026	-0.0011	0.0699	0.0113	0.0431	1.9447	5.8108	-14.5639
2	4.3692	-0.1261	2.821	0.1361	-0.3595	2.7426	0.1168	0.0708	0.0252	-0.0044	-0.1201	-0.1015	0.0668	0.4692	0.0033	0.1551	0.0076	0.001	0.1996	-0.0308	0.2239	21.033	18.2445	6.8571
3	2.3289	-0.6791	0.7925	6.5211	-3.0517	5.0804	0.08	-0.2867	-0.0335	0.0905	-0.0557	0.0223	0.079	-0.1418	-0.0242	0.0408	-0.0151	-0.0259	0.1852	-0.0395	0.1149	18.5321	15.5951	16.2843
4	1.4232	-0.2021	-0.4668	1.6791	0.2276	1.2019	-0.0269	-0.0547	0.0336	0.0407	0.0132	0.1512	0.0301	-0.0543	0.0137	0.0589	-0.0083	-0.0085	0.01	0.0044	0.0369	-2.1149	9.1845	-2.4363
5	2.7835	-0.6673	3.0089	1.7318	-1.3987	7.0993	-0.1119	0.0076	0.1153	-0.0776	0.067	0.1887	-0.2307	-0.3949	0.0449	0.0322	0.0064	0.0115	0.0443	-0.0048	0.1175	-27.3078	-0.7368	46.0959
6	1.2114	0.5394	-0.0293	2.4973	0.1838	1.7366	-0.0492	0.1551	-0.0805	-0.1194	0.0912	0.2991	0.1043	-0.2486	-0.0419	0.0317	0.0002	-0.0119	0.0859	0.0056	0.1381	-30.128	-5.2136	45.9861
7	5.3121	-1.7894	-0.216	2.4038	0.7166	3.3856	0.0753	0.334	0.1476	-0.0255	-0.1435	-0.0027	0.0432	0.0345	0.0682	0.1229	-0.0281	0.0137	0.1062	0.0424	0.0699	-1.4232	3.9978	29.1826
8	1.0846	0.1466	0.3827	1.5753	0.0465	1.7792	-0.0135	-0.0241	0.0119	0.0353	0.0184	0.0438	-0.013	0.0035	-0.0049	0.013	0.0029	0.0293	0.0013	0.0055	0.069	-20.1841	-3.6414	52.4139
9	1.4256	-0.5289	1.0685	1.7807	-1.5499	4.1699	0.0452	0.1154	0.0327	-0.0691	-0.2861	-0.3014	0.371	1.1317	0.2409	0.0958	0.123	0.0023	0.5216	0.0781	0.1994	25.0932	-7.6082	62.006
10	6.5602	0.4526	-2.1263	4.5034	-1.3793	3.1973	0.171	-0.8029	0.1251	0.3088	-0.2837	-0.5918	-0.1585	0.8189	0.1127	0.2079	0.0125	-0.0399	0.3931	-0.013	0.1446	1.798	-1.6453	84.8864
11	5.0146	0.9589	-0.6776	5.0262	-0.5223	5.3103	-0.122	-0.2081	-0.015	-0.165	0.08	-0.1931	0.0172	0.3445	0.042	0.0598	0.0571	0.006	0.1223	-0.0202	0.0595	-4.3781	-3.4646	77.9148
12	1.2196	-0.5268	0.8074	1.5928	-1.3003	4.5813	0.0682	0.1303	0.02	-0.1316	-0.1576	-0.064	0.31	0.6779	0.0894	0.0704	0.0766	0.0116	0.2608	0.0179	0.1235	16.3233	-5.2431	55.9364

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 79
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	80 - 158
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	159 - 215
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	216 - 392
5	X-RAY DIFFRACTION	5	B	3 - 31
6	X-RAY DIFFRACTION	6	B	32 - 100
7	X-RAY DIFFRACTION	7	B	101 - 216
8	X-RAY DIFFRACTION	8	B	217 - 392
9	X-RAY DIFFRACTION	9	C	3 - 98
10	X-RAY DIFFRACTION	10	C	99 - 140
11	X-RAY DIFFRACTION	11	C	141 - 215
12	X-RAY DIFFRACTION	12	C	216 - 392

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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