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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 4lr4 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of a putative secreted protein (EUBREC_3654) from Eubacterium rectale at 2.43 A resolution | ||||||
![]() | hypothetical protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / an orphan / two domains protein / N-terminus has a sandwich 10 strands in 2 sheets and jelly-roll fold / C -terminus has galactose-binding domain-like fold / Joint Center for Structural Genomics / JCSG / Protein Structure Initiative / PSI-BIOLOGY | ||||||
機能・相同性 | Jelly Rolls - #1420 / Jelly Rolls - #1430 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / PHOSPHATE ION / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a hypothetical protein (EUBREC_3654) from Eubacterium rectale at 2.43 A resolution 著者: Joint Center for Structural Genomics (JCSG) | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 562.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 470.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 41218.746 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: ATCC 33656 / VPI 0990 / 遺伝子: EUBREC_3654, RER070207000171 / プラスミド: SpeedET / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-GOL / #3: 化合物 | ChemComp-PO4 / #4: 化合物 | ChemComp-CL / #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | THE CONSTRUCT (26-394) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATION TAG MGSDKIHHHHHHENLYFQG. THE TAG WAS ...THE CONSTRUCT (26-394) WAS EXPRESSED WITH A PURIFICATI | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.28 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.83 詳細: 1.5M ammonium dihydrogen phosphate, 20.0% Glycerol, 0.01M magnesium chloride, 0.1M TRIS pH 7.83, NANODROP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月2日 詳細: Flat mirror (vertical focusing); single crystal Si(111) bent monochromator (horizontal focusing) | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: single crystal Si(111) bent / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.43→48.963 Å / Num. obs: 87733 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 52.762 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Net I/σ(I): 9.58 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED ...詳細: 1. A MET-INHIBITION PROTOCOL WAS USED FOR SELENOMETHIONINE INCORPORATION DURING PROTEIN EXPRESSION. THE OCCUPANCY OF THE SE ATOMS IN THE MSE RESIDUES WAS REDUCED TO 0.75 FOR THE REDUCED SCATTERING POWER DUE TO PARTIAL S-MET INCORPORATION. 2. ATOM RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL B FACTORS. ANISOU RECORD CONTAINS SUM OF TLS AND RESIDUAL U FACTORS. 3. THE MAD PHASES WERE USED AS RESTRAINTS DURING REFINEMENT. 4. PHOSPHATE (PO4), GLYCEROL (GOL), AND CHLORIDE (CL) MODELED WERE PRESENT IN PROTEIN/CYRO CONDITIONS. 5.NCS RESTRAINTS WERE IMPOSED BY AUTOBUSTER'S LSSR PROCEDURE (-AUTONCS). 6. RAMACHANDRAN OUTLIERS (A,D/378, A-D/181) ARE SUPPORTED BY DENSITY.
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原子変位パラメータ | Biso max: 179.94 Å2 / Biso mean: 52.857 Å2 / Biso min: 20.29 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.348 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.43→48.963 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.43→2.49 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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