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- PDB-4lps: Crystal structure of HypB from Helicobacter pylori in complex wit... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lps
タイトルCrystal structure of HypB from Helicobacter pylori in complex with nickel
要素Hydrogenase/urease nickel incorporation protein HypB
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / Hydrogenase nickel incorporation GTPase
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation binding / protein maturation / GTPase activity / GTP binding / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
Hydrogenase maturation factor HypB / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / CobW/HypB/UreG, nucleotide-binding domain / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / MALONATE ION / NICKEL (II) ION / PHOSPHATE ION / Hydrogenase/urease maturation factor HypB
類似検索 - 構成要素
生物種Helicobacter pylori (ピロリ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Lebrette, H. / Sydor, A.M. / Ariyakumaran, R. / Zamble, D.B. / Cavazza, C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Relationship between Ni(II) and Zn(II) Coordination and Nucleotide Binding by the Helicobacter pylori [NiFe]-Hydrogenase and Urease Maturation Factor HypB.
著者: Sydor, A.M. / Lebrette, H. / Ariyakumaran, R. / Cavazza, C. / Zamble, D.B.
履歴
登録2013年7月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12014年3月26日Group: Database references
改定 1.22023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydrogenase/urease nickel incorporation protein HypB
B: Hydrogenase/urease nickel incorporation protein HypB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,11222
ポリマ－54,6932
非ポリマー2,41920
水6,035335
1
A: Hydrogenase/urease nickel incorporation protein HypB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,54311
ポリマ－27,3461
非ポリマー1,19710
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Hydrogenase/urease nickel incorporation protein HypB
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,56911
ポリマ－27,3461
非ポリマー1,22310
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.820, 50.160, 53.680
Angle α, β, γ (deg.)102.16, 99.05, 90.65
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hydrogenase/urease nickel incorporation protein HypB


分子量: 27346.443 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Helicobacter pylori (ピロリ菌) / 株: ATCC 700392 / 26695 / 遺伝子: hypB, HP_0900 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O25560

-
非ポリマー , 7種, 355分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 335 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 1.0 M Malonate, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.97969 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月11日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97969 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→40.152 Å / Num. obs: 33146 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(I): -3 / Rsym value: 0.099
反射 シェル解像度: 2→2.1 Å / 冗長度: 3.84 % / Mean I/σ(I) obs: 3.47 / Rsym value: 0.516 / % possible all: 96.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MXCUBEデータ収集
PHASER位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 2HF9

2hf9


解像度: 2→40.15 Å / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 21.16 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1964 1734 5.23 %RANDOM
Rwork0.1704 ---
obs0.1721 33146 97.85 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→40.15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3380 0 147 335 3862
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0934826
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05890.27831370.23332596X-RAY DIFFRACTION92
2.0589-2.12540.24021370.20882594X-RAY DIFFRACTION92
2.1254-2.20130.22871370.19162608X-RAY DIFFRACTION93
2.2013-2.28950.22341370.18312602X-RAY DIFFRACTION92
2.2895-2.39360.21331390.18162638X-RAY DIFFRACTION93
2.3936-2.51980.2321380.18552630X-RAY DIFFRACTION93
2.5198-2.67770.23071370.17522603X-RAY DIFFRACTION93
2.6777-2.88430.21271380.17552614X-RAY DIFFRACTION93
2.8843-3.17450.18451400.16382659X-RAY DIFFRACTION93
3.1745-3.63360.16591390.14882640X-RAY DIFFRACTION94
3.6336-4.57680.16631390.13532640X-RAY DIFFRACTION94
4.5768-38.97110.17481400.1752659X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.6621-1.19742.68758.3887-3.10228.4312-0.08080.0406-0.3468-0.17160.1641-0.1795-0.0393-0.0976-0.07240.0692-0.0178-0.0490.1748-0.03350.098637.7528-10.5468-4.3566
23.7682-0.094-0.65031.08140.24891.69440.05070.26160.338-0.1728-0.0402-0.053-0.1649-0.0739-0.02010.15820.0003-0.04860.1160.01050.114620.46320.7643-5.1821
32.88920.00770.41610.3747-0.13922.63770.12520.1635-0.2045-0.1864-0.0886-0.04820.2772-0.1562-0.02910.1825-0.0348-0.04380.2325-0.01790.086718.5873-10.26-8.7726
42.6675-0.54861.15930.9201-0.79532.4564-0.0550.3716-0.1249-0.1899-0.03490.01950.0136-0.06370.00950.2028-0.0214-0.05180.2116-0.04480.091722.0432-10.9533-10.831
52.1815-0.5219-0.53771.33230.35320.2786-0.0098-0.09240.09940.0944-0.0415-0.1137-0.1080.07020.04680.1355-0.0142-0.06260.1369-0.00780.088921.9258-4.7884.2168
67.4758-0.15873.5332.7080.98785.5044-0.2071-0.62550.20450.35020.081-0.013-0.1864-0.14220.12750.2207-0.0064-0.03040.1322-0.03970.088312.32063.067115.7145
73.86040.6023-1.06471.11860.65861.48990.1993-0.11510.57420.0809-0.0018-0.202-0.26220.0832-0.15130.1969-0.0452-0.00810.1248-0.00710.241624.58316.20372.7621
83.3892-0.0949-3.12793.7215-0.47822.97270.0395-0.2165-0.10890.0057-0.1292-0.1338-0.06340.08710.12020.1532-0.0124-0.04630.1334-0.02190.099311.8784-36.946217.1668
91.04480.0429-0.12952.8555-1.21541.6879-0.0104-0.19090.04030.30020.04810.1224-0.1496-0.1024-0.03980.17-0.0133-0.02550.1664-0.02470.07192.0009-19.787518.8853
105.3488-2.4285-6.33051.59432.46578.04470.5298-0.39120.9417-0.17920.0599-0.4482-1.43330.487-0.58660.5141-0.0601-0.03080.3374-0.10420.27229.7907-12.597725.3201
110.7476-0.3308-0.0561.9012-0.70790.9646-0.0419-0.03740.00010.07820.0013-0.017-0.018-0.03960.05050.1429-0.0319-0.03950.1329-0.03850.07177.2706-20.259912.0889
120.8206-0.50150.03052.3914-1.30341.95780.01190.0992-0.1696-0.1740.11920.32760.2063-0.2951-0.1120.1349-0.0533-0.05850.1846-0.01590.1586-4.1345-22.67916.486
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1CHAIN A AND (RESID 28:43 )
2X-RAY DIFFRACTION2CHAIN A AND (RESID 44:73 )
3X-RAY DIFFRACTION3CHAIN A AND (RESID 74:84 )
4X-RAY DIFFRACTION4CHAIN A AND (RESID 85:123 )
5X-RAY DIFFRACTION5CHAIN A AND (RESID 124:183 )
6X-RAY DIFFRACTION6CHAIN A AND (RESID 184:204 )
7X-RAY DIFFRACTION7CHAIN A AND (RESID 205:242 )
8X-RAY DIFFRACTION8CHAIN B AND (RESID 28:43 )
9X-RAY DIFFRACTION9CHAIN B AND (RESID 44:80 )
10X-RAY DIFFRACTION10CHAIN B AND (RESID 81:93 )
11X-RAY DIFFRACTION11CHAIN B AND (RESID 94:193 )
12X-RAY DIFFRACTION12CHAIN B AND (RESID 194:242 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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