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万見
- PDB-4lp8: A Novel Open-State Crystal Structure of the Prokaryotic Inward Re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lp8
タイトルA Novel Open-State Crystal Structure of the Prokaryotic Inward Rectifier KirBac3.1
要素Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
キーワードMETAL TRANSPORT / Potassium Channel / Membrane
機能・相同性
機能・相同性情報


inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set ...G protein-activated inward rectifier potassium channel 1 / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir, cytoplasmic / Potassium channel, inwardly rectifying, Kir / Inward rectifier potassium channel, C-terminal / Inward rectifier potassium channel C-terminal domain / Helix Hairpins - #70 / Potassium channel domain / Ion channel / Helix Hairpins / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
類似検索 - 構成要素
生物種Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Zubcevic, L. / Bavro, V.N. / Muniz, J.R.C. / Schmidt, M.R. / Wang, S. / De Zorzi, R. / Venien-Bryan, C. / Sansom, M.S.P. / Nichols, C.G. / Tucker, S.J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2014
タイトル: Control of KirBac3.1 Potassium Channel Gating at the Interface between Cytoplasmic Domains.
著者: Zubcevic, L. / Bavro, V.N. / Muniz, J.R. / Schmidt, M.R. / Wang, S. / De Zorzi, R. / Venien-Bryan, C. / Sansom, M.S. / Nichols, C.G. / Tucker, S.J.
履歴
登録2013年7月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年11月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年12月18日Group: Database references
改定 1.22014年1月22日Group: Database references
改定 1.32023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,40413
ポリマ－33,8791
非ポリマー52512
水3,369187
1
A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,61752
ポリマ－135,5164
非ポリマー2,10148
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-x,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_555-y+1/2,x+1/2,z1
crystal symmetry operation4_455y-1/2,-x+1/2,z1
Buried area20450 Å2
ΔGint-135 kcal/mol
Surface area50000 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.650, 105.650, 89.900
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-402-

K

21A-403-

K

31A-404-

K

41A-405-

K

51A-406-

K

61A-407-

K

71A-408-

K

81A-409-

K

91A-410-

CL

101A-411-

CL

-
要素

#1: タンパク質 Inward rectifier potassium channel Kirbac3.1


分子量: 33878.961 Da / 分子数: 1 / 変異: S129R, S205L / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)
プラスミド: pET30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: D9N164
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.78 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: 10% (v/v) glycerol, 90 mM HEPES, 20% (v/v) PEG 400, 5% (w/v) PEG 4000, 2.5% (w/v) PEG 8000, 10mM spermidine, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2011年7月23日
放射モノクロメーター: ACCEL fixed exit double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→74.71 Å / Num. obs: 19087 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 9 % / Biso Wilson estimate: 51.59 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.211 / Net I/σ(I): 6.8
反射 シェル解像度: 2.46→2.59 Å / 冗長度: 9 % / Rmerge(I) obs: 0.01016 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Rsym value: 0.01016 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
BUSTER2.10.0精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3ZRS

3zrs


解像度: 2.46→24.82 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9127 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.8687 / SU R Cruickshank DPI: 0.227 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2485 978 5.14 %RANDOM
Rwork0.1799 ---
obs0.1832 19036 99.99 %-
原子変位パラメータBiso mean: 50.62 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.0411 Å20 Å20 Å2
2---7.0411 Å20 Å2
3---14.0821 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.277 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.46→24.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2221 0 18 187 2426
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.012311HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.13143HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1043SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes39HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes354HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2311HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd0SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.12
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion2.94
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion307SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact2689SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.59 Å / Total num. of bins used: 10
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2746 151 5.58 %
Rwork0.2124 2553 -
all0.2158 2704 -
obs--99.99 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0857-0.1332-1.85887.51981.16810.01220.1226-0.1570.0787-0.2724-0.18230.13290.26890.36320.05970.01020.1506-0.0663-0.08440.0583-0.15110.247232.382320.6789
200.14810.35690.01470.21444.01190.0233-0.1154-0.05080.0849-0.0299-0.01920.30560.40080.00650.02480.0677-0.0320.07990.0084-0.039710.280945.19652.5159
31.0429-0.6049-0.20092.03912.89348.2464-0.00710.2017-0.1279-0.1696-0.02390.19910.0712-0.3050.031-0.0286-0.1107-0.059-0.06040.0182-0.0174-10.545433.57045.5507
40.3042-0.0123-0.79532.3672.06857.26220.05450.0957-0.18410.0542-0.0598-0.1893-0.03350.34980.0053-0.1786-0.0057-0.0291-0.155-0.0026-0.0413-5.071237.91486.3481
50.39932.8962-0.69730.1809-0.6160-0.00430.1198-0.077-0.18160.1367-0.25070.07670.2679-0.1324-0.12970.04510.10040.2711-0.152-0.026910.945631.2495-4.8592
61.2077-0.7054-0.49263.50591.39637.69650.00090.1361-0.1008-0.38410.0639-0.12960.19080.42-0.0648-0.0944-0.0422-0.021-0.09040.00890.0026-5.900634.6592-0.9483
72.3551-1.4427-0.31880.0736-0.71945.5616-0.0486-0.0109-0.02490.00540.0348-0.2143-0.0971-0.07090.0138-0.1288-0.0153-0.0427-0.08520.01260.0508-6.081239.750715.2128
81.3932.85122.88317.69912.87035.96450.0505-0.0716-0.181-0.1946-0.0644-0.0740.5337-0.26520.01390.0108-0.1461-0.0658-0.13270.0066-0.0603-16.075226.3850.9979
92.96532.91040.30044.79121.046200.0578-0.05420.0461-0.1667-0.19690.12590.2381-0.05240.1391-0.0473-0.152-0.0364-0.0807-0.0555-0.0928-22.426626.27844.3654
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A13 - 45
2X-RAY DIFFRACTION2A46 - 135
3X-RAY DIFFRACTION3A136 - 165
4X-RAY DIFFRACTION4A166 - 185
5X-RAY DIFFRACTION5A186 - 198
6X-RAY DIFFRACTION6A199 - 247
7X-RAY DIFFRACTION7A248 - 260
8X-RAY DIFFRACTION8A261 - 277
9X-RAY DIFFRACTION9A282 - 298

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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