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- PDB-4lp1: Crystal structure of CyaY protein from Psychromonas ingrahamii in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4lp1
タイトルCrystal structure of CyaY protein from Psychromonas ingrahamii in complex with Eu(III)
要素Protein CyaY
キーワードMETAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


iron-sulfur cluster assembly / ferric iron binding / ferrous iron binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / Frataxin/CyaY / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily ...: / Frataxin/CyaY / Metal Transport, Frataxin; Chain A / Frataxin/CyaY / Frataxin conserved site / Frataxin-like domain / Frataxin family signature. / Frataxin family profile. / Frataxin-like domain / Frataxin/CyaY superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
EUROPIUM (III) ION / Iron-sulfur cluster assembly protein CyaY
類似検索 - 構成要素
生物種Psychromonas ingrahamii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.803 Å
データ登録者Noguera, M.E. / Roman, E.A. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Santos, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Inorg.Chem. / 年: 2015
タイトル: Structural characterization of metal binding to a cold-adapted frataxin
著者: Noguera, M.E. / Roman, E.A. / Rigal, J.B. / Cousido-Siah, A. / Mitschler, A. / Podjarny, A. / Santos, J.
履歴
登録2013年7月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02014年7月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年9月21日Group: Database references
改定 1.22017年11月15日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein CyaY
B: Protein CyaY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,95811
ポリマ－24,5912
非ポリマー1,3689
水81145
1
A: Protein CyaY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)12,9035
ポリマ－12,2951
非ポリマー6084
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Protein CyaY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0556
ポリマ－12,2951
非ポリマー7605
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.821, 49.992, 46.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.430, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Protein CyaY


分子量: 12295.387 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Psychromonas ingrahamii (バクテリア)
株: 37 / 遺伝子: cyaY, Ping_0042 / プラスミド: pJexpress411:56977 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: A1SR01
#2: 化合物
ChemComp-EU3 / EUROPIUM (III) ION


分子量: 151.964 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 45 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.76 %
結晶化温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 20mM sodium acetate, 200mM MgCl2, 29.5% PEG 4000, pH 4.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 297K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 0.91907 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月2日
放射モノクロメーター: Bartels Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.91907 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. all: 30293 / Num. obs: 30293 / % possible obs: 91.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.039 / Χ2: 1.052 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
1.8-1.861.60.29829351.012189.8
1.86-1.941.60.20930211.086191.4
1.94-2.031.60.13830501.078192.2
2.03-2.131.50.10329771.085190.1
2.13-2.271.60.07530821.026193.5
2.27-2.441.70.0631801.048195.4
2.44-2.691.70.05230941.01194.3
2.69-3.081.70.03931301.068194.4
3.08-3.881.60.02730631.037193
3.88-501.60.01927611.076183.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.11データ抽出
HKL-2000データ収集
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX1.8.2_1309精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 4HS5

4hs5


解像度: 1.803→31.147 Å / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.28 / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 位相誤差: 26.62 / 立体化学のターゲット値: ML
詳細: NUMBER UNIQUE REFLECTIONS (ALL): ANOMALOUS PAIRS TREATED SEPARATELY. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2602 814 5.07 %RANDOM
Rwork0.2135 ---
obs0.2158 16054 94.37 %-
all-30293 --
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 91.85 Å2 / Biso mean: 33.4858 Å2 / Biso min: 8.63 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.803→31.147 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1718 0 9 45 1772
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.235
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.306
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obs% reflection obs (%)
1.8026-1.91550.31731090.2519X-RAY DIFFRACTION686
1.9155-2.06340.26411370.2255X-RAY DIFFRACTION695
2.0634-2.2710.27681450.2187X-RAY DIFFRACTION696
2.271-2.59940.24831360.2219X-RAY DIFFRACTION698
2.5994-3.27450.28691530.2326X-RAY DIFFRACTION699
3.2745-31.15150.23651340.1919X-RAY DIFFRACTION693

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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