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- PDB-4loo: Structural basis of autoactivation of p38 alpha induced by TAB1 (... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4loo
タイトルStructural basis of autoactivation of p38 alpha induced by TAB1 (Monoclinic crystal form)
要素
  • Mitogen-activated protein kinase 14
  • TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
キーワードTRANSFERASE / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC / protein kinase / kinase-regulatory protein complex / MAPK / autoactivation / autophosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / cardiac septum development / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling ...IRAK2 mediated activation of TAK1 complex / Alpha-protein kinase 1 signaling pathway / JNK (c-Jun kinases) phosphorylation and activation mediated by activated human TAK1 / TRAF6-mediated induction of TAK1 complex within TLR4 complex / IRAK2 mediated activation of TAK1 complex upon TLR7/8 or 9 stimulation / TNFR1-induced NF-kappa-B signaling pathway / cardiac septum development / TAK1-dependent IKK and NF-kappa-B activation / FCERI mediated NF-kB activation / CLEC7A (Dectin-1) signaling / Interleukin-1 signaling / p38MAPK events / Activation of the AP-1 family of transcription factors / Platelet sensitization by LDL / RHO GTPases Activate NADPH Oxidases / ERK/MAPK targets / myoblast differentiation involved in skeletal muscle regeneration / Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / activated TAK1 mediates p38 MAPK activation / NOD1/2 Signaling Pathway / Oxidative Stress Induced Senescence / ADP signalling through P2Y purinoceptor 1 / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / Myogenesis / positive regulation of cGAS/STING signaling pathway / Ub-specific processing proteases / VEGFA-VEGFR2 Pathway / coronary vasculature development / kinase activator activity / non-canonical NF-kappaB signal transduction / regulation of synaptic membrane adhesion / stress-induced premature senescence / cell surface receptor protein serine/threonine kinase signaling pathway / aorta development / positive regulation of myoblast fusion / cellular response to UV-B / cartilage condensation / mitogen-activated protein kinase p38 binding / positive regulation of myotube differentiation / NFAT protein binding / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / D-glucose import / p38MAPK cascade / fatty acid oxidation / response to dietary excess / cellular response to lipoteichoic acid / response to muramyl dipeptide / protein serine/threonine phosphatase activity / MAP kinase activity / regulation of ossification / cellular response to vascular endothelial growth factor stimulus / mitogen-activated protein kinase / chondrocyte differentiation / vascular endothelial growth factor receptor signaling pathway / negative regulation of hippo signaling / positive regulation of myoblast differentiation / heart morphogenesis / stress-activated MAPK cascade / skeletal muscle tissue development / positive regulation of cardiac muscle cell proliferation / positive regulation of brown fat cell differentiation / response to muscle stretch / striated muscle cell differentiation / Neutrophil degranulation / positive regulation of interleukin-12 production / transforming growth factor beta receptor signaling pathway / lung development / positive regulation of erythrocyte differentiation / osteoclast differentiation / lipopolysaccharide-mediated signaling pathway / DNA damage checkpoint signaling / placenta development / protein serine/threonine kinase activator activity / tumor necrosis factor-mediated signaling pathway / positive regulation of D-glucose import / cellular response to ionizing radiation / stem cell differentiation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / response to insulin / bone development / cellular response to virus / positive regulation of protein import into nucleus / glucose metabolic process / positive regulation of reactive oxygen species metabolic process / cell morphogenesis / spindle pole / osteoblast differentiation / cellular response to tumor necrosis factor / kinase activity / MAPK cascade / cellular response to lipopolysaccharide / angiogenesis / protein phosphatase binding / response to lipopolysaccharide / molecular adaptor activity / in utero embryonic development / transcription by RNA polymerase II / protein kinase activity / positive regulation of MAPK cascade / intracellular signal transduction
類似検索 - 分子機能
Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. ...Protein phosphatase 2C / Protein phosphatase 2C family / Serine/threonine phosphatases, family 2C, catalytic domain / PPM-type phosphatase domain profile. / PPM-type phosphatase-like domain / PPM-type phosphatase-like domain superfamily / Mitogen-activated protein kinase 14 / Mitogen-activated protein (MAP) kinase p38-like / Mitogen-activated protein (MAP) kinase, conserved site / MAP kinase signature. / : / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-SB4 / Mitogen-activated protein kinase 14 / TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Chaikuad, A. / DeNicola, G.F. / Krojer, T. / Allerston, C.K. / von Delft, F. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Marber, M.S. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2013
タイトル: Mechanism and consequence of the autoactivation of p38 alpha mitogen-activated protein kinase promoted by TAB1.
著者: De Nicola, G.F. / Martin, E.D. / Chaikuad, A. / Bassi, R. / Clark, J. / Martino, L. / Verma, S. / Sicard, P. / Tata, R. / Atkinson, R.A. / Knapp, S. / Conte, M.R. / Marber, M.S.
履歴
登録2013年7月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02013年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12013年9月11日Group: Database references
改定 1.22013年10月2日Group: Database references
改定 1.32013年10月23日Group: Database references
改定 1.42023年9月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitogen-activated protein kinase 14
B: TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8363
ポリマ－44,4982
非ポリマー3381
水3,081171
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2840 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area17490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)43.340, 73.580, 59.190
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.15, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Mitogen-activated protein kinase 14 / MAP kinase 14 / MAPK 14 / CRK1 / Mitogen-activated protein kinase p38 alpha / MAP kinase p38 alpha


分子量: 41395.211 Da / 分子数: 1 / 断片: kinase domain (1-360) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: MAPK14, Crk1, Csbp1, Csbp2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P47811, mitogen-activated protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド TGF-beta-activated kinase 1 and MAP3K7-binding protein 1 / Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase ...Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 7-interacting protein 1 / TGF-beta-activated kinase 1-binding protein 1 / TAK1-binding protein 1


分子量: 3102.515 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 384-412 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide / 由来: (合成) Mus musculus (ハツカネズミ) / 参照: UniProt: Q8CF89
#3: 化合物 ChemComp-SB4 / 4-(4-FLUOROPHENYL)-1-(4-PIPERIDINYL)-5-(2-AMINO-4-PYRIMIDINYL)-IMIDAZOLE / SB220025


分子量: 338.382 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H19FN6
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 171 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.99 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 25% medium-molecular weight PEG Smears, 0.1 M MES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: PSI PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2012年4月21日
放射モノクロメーター: Si (111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→59.18 Å / Num. all: 27022 / Num. obs: 27019 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 33.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 1.95→2.06 Å / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.758 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique all: 3898 / % possible all: 98.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
GDAデータ収集
PHASER位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3QUE

3que


解像度: 1.95→46.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.963 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 9.841 / SU ML: 0.146 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 2 / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.174 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25024 1354 5 %RANDOM
Rwork0.19754 ---
all0.241 27019 --
obs0.20033 25658 99.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 46.518 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.66 Å20 Å2-0.29 Å2
2---1.38 Å20 Å2
3----1.29 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.272 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→46.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2913 0 25 171 3109
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.023036
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022005
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5961.9734141
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0513.0044911
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2645375
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.62324.135133
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.78815497
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.3811515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.090.2470
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0213351
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02607
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.327 104 -
Rwork0.305 1809 -
obs--98.46 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.2419-0.8390.51731.7991.03161.8368-0.142-0.00690.22550.02960.1993-0.2728-0.00430.1975-0.05720.2565-0.0255-0.00310.2389-0.01650.267421.9483-20.92639.8005
21.0265-0.1862-0.0511.517-0.86842.8410.04320.10860.159-0.0748-0.02060.0057-0.1272-0.3638-0.02260.24260.017-0.00170.27370.00790.22268.1352-15.101516.2511
30.8652-0.2910.35670.83070.43673.0486-0.04950.0474-0.01060.0334-0.0050.12690.0374-0.42360.05450.1912-0.0595-0.01270.2624-0.01890.20213.9602-21.821623.8697
45.2512-9.118-0.008418.1639-2.09651.92350.2580.96680.2136-0.5898-0.864-1.00670.2806-0.67820.6060.69980.15770.0030.4881-0.18970.18812.7846-26.1399-0.3804
50.30812.67572.10324.630320.198217.10.07650.06030.04552.3091.0445-0.5562.16191.4346-1.1210.41490.3305-0.29210.5723-0.4010.685121.6594-34.605514.2587
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A5 - 109
2X-RAY DIFFRACTION2A110 - 264
3X-RAY DIFFRACTION3A265 - 353
4X-RAY DIFFRACTION4B384 - 394
5X-RAY DIFFRACTION5B395 - 411

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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